Programme d'oncogénomique personnalisée (POG) de la Colombie-Britannique

La carcinogenèse est un processus extrêmement complexe tel que même au sein d'un sous-type de cancer histologique - par exemple l'adénocarcinome du poumon ou du sein - il existe une variabilité significative du comportement du cancer et de la réponse au traitement. Les analyses de patients individuels démontrent des signatures moléculaires uniques pour chaque cancer examiné. Souvent, plusieurs voies différentes sont impliquées dans la croissance et la progression de la maladie et le processus dominant varie d'une personne à l'autre et peut-être même dans différents sites de la maladie chez une même personne. De plus, ces variations évoluent en réponse au traitement.

Reconnaître les aberrations génétiques qui favorisent la maladie facilite le traitement ciblé ; cela a été démontré dans plusieurs petits sous-groupes de cancers dans lesquels des mutations ou des translocations génétiques spécifiques ont été traitées avec succès avec des agents de chimiothérapie ciblés. Avec de nombreuses mutations et aberrations reconnues, l'évaluation personnalisée de la signature génétique codée dans l'ADN et l'ARN peut fournir des informations diagnostiques importantes et potentiellement permettre une thérapie dirigée vers la voie oncologique appropriée, fournissant ainsi des informations pour aider à guider les choix de chimiothérapie.

Notre projet pilote initial a démontré la faisabilité de cette approche dans notre établissement (avec 100 patients). Nous savons maintenant qu'il est possible d'identifier et de consentir aux patients, de séquencer le génome et le transcriptome, d'analyser et de signaler les anomalies, et d'identifier des cibles potentielles exploitables dans un délai cliniquement pertinent.

Le programme d'oncogénomique personnalisée (POG) est opérationnel dans toute la province de la Colombie-Britannique depuis 2012. La phase initiale de deux ans a établi l'infrastructure et le flux de travail par lesquels les patients atteints de cancers métastatiques ou incurables pouvaient être identifiés, consentis et biopsiés pour le séquençage génomique dans un laboratoire cliniquement accrédité (Laskin et al., 2015). La phase suivante du programme POG (2014 - 2017) comprenait un solide processus d'éducation et d'engagement, de sorte que 83 (80 %) des oncologues médicaux de BC Cancer ont été formés pour consentir et inscrire des patients au POG. Cela signifie que la communauté oncologique de la Colombie-Britannique possède une vaste formation en génomique du cancer et sur la manière dont ces données peuvent être appliquées à des patients individuels. Depuis 2017, le programme a été intégré à l'unité d'essais cliniques de phase 1 du Vancouver Cancer Centre et l'accent a été mis sur l'utilisation des patients et des données de l'étude pour aborder des essais thérapeutiques cliniques plus ciblés tels que l'étude CCTG CAPTUR (Skamene et al., 2018 ). La WGTA de type POG a été la force motrice de la création du Réseau des centres de cancérologie du Marathon de l'espoir Terry Fox (MOHCCN), un programme national de partage de données génomiques sur le cancer à travers le Canada.

Le thème général de ce programme POG est de créer un catalogage complet des mutations cancéreuses somatiques et des anomalies des voies cellulaires qui pourraient générer des informations approfondies sur les modèles génétiques qui sous-tendent des phénotypes particuliers du cancer et fournir des informations pronostiques et prédictives précieuses.

Les sujets éligibles auront plusieurs échantillons analysés : une biopsie tumorale fraîche (généralement 5 carottes sont nécessaires), un échantillon de sang pour comparaison normale et des tumeurs archivées lorsqu'elles sont disponibles. De plus, la technologie s'est améliorée à tel point que nous pouvons envisager d'utiliser des matériaux enrobés de paraffine. Un séquençage complet de l'ADN et de l'ARN est effectué, suivi d'une analyse bioinformatique approfondie pour identifier les mutations somatiques, les changements d'expression génique ou d'autres anomalies qui pourraient être des « moteurs » du cancer ou fournir des cibles exploitables (diagnostiques) ou médicamenteuses. L'équipe POG se réunit chaque semaine pour discuter des rapports génomiques détaillés pour les patients, envisager des tests de validation supplémentaires si nécessaire et débattre des questions de recherche. Les cliniciens (généralement 5 à 10) parviennent à un consensus sur les thérapies systémiques qui pourraient être appropriées sur la base de ces résultats. Dans la mesure du possible, les sujets sont appariés aux essais cliniques.