Personalised Oncogenomics (POG)-programma van British Columbia

Carcinogenese is een immens complex proces, zodat zelfs binnen een histologisch kankersubtype - bijvoorbeeld adenocarcinoom van de long of borst - er een aanzienlijke variabiliteit is in kankergedrag en respons op therapie. Analyses van individuele patiënten tonen unieke moleculaire kenmerken aan voor elke onderzochte kanker. Vaak zijn er meerdere verschillende routes betrokken bij de groei en progressie van de ziekte en het dominante proces varieert van persoon tot persoon en misschien zelfs binnen verschillende ziekteplaatsen binnen één persoon. Ook evolueren deze variaties als reactie op de behandeling.

Het herkennen van genetische afwijkingen die ziekte bevorderen, maakt gerichte behandeling mogelijk; dit is aangetoond in verschillende kleine subgroepen van kanker waarin specifieke genetische mutaties of translocaties met succes zijn behandeld met gerichte chemotherapiemiddelen. Met veel erkende mutaties en afwijkingen, kan gepersonaliseerde evaluatie van de genetische handtekening gecodeerd in DNA en RNA belangrijke diagnostische informatie opleveren en mogelijk gerichte therapie mogelijk maken voor de juiste oncologische route, waardoor informatie wordt verstrekt om chemotherapiekeuzes te begeleiden

Ons eerste pilootproject toonde de haalbaarheid aan van deze aanpak in onze instelling (met 100 patiënten). We weten nu dat het mogelijk is om patiënten te identificeren en toestemming te geven, het genoom en transcriptoom te sequensen, afwijkingen te analyseren en te rapporteren, en potentiële bruikbare doelen te identificeren in een klinisch relevant tijdsbestek.

Het Personalised OncoGenomics (POG)-programma is sinds 2012 operationeel in de provincie BC. In de eerste fase van twee jaar werden de infrastructuur en workflow tot stand gebracht waarmee patiënten met uitgezaaide of ongeneeslijke kankers konden worden geïdentificeerd, goedgekeurd en een biopsie konden worden uitgevoerd voor genomische sequencing in een klinisch geaccrediteerd laboratorium (Laskin et al., 2015). De volgende fase van het POG-programma (2014 - 2017) omvatte een sterk educatief en betrokkenheidsproces, zodat 83 (80%) van de medische oncologen bij BC Cancer werden opgeleid om in te stemmen met en patiënten in te schrijven voor POG. Dit betekent dat de oncologiegemeenschap in BC een brede opleiding heeft in kankergenomica en hoe deze gegevens kunnen worden toegepast op individuele patiënten. Sinds 2017 is het programma geïntegreerd in de afdeling fase 1 klinische studies van het Vancouver Cancer Centre en is de focus verschoven naar het gebruik van de patiënten en gegevens van de studie om meer gerichte klinische therapeutische studies aan te pakken, zoals de CCTG CAPTUR-studie (Skamene et al., 2018). ). POG-achtige WGTA is de drijvende kracht geweest achter de oprichting van het Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN), een nationaal programma voor het delen van genomische gegevens over kanker in heel Canada.

Het overkoepelende thema van dit POG-programma is het creëren van een uitgebreide catalogus van somatische kankermutaties en afwijkingen in de cellulaire route die diepgaande inzichten kunnen genereren in genetische patronen die ten grondslag liggen aan bepaalde kankerfenotypes, en waardevolle prognostische en voorspellende informatie kunnen opleveren.

In aanmerking komende proefpersonen zullen verschillende monsters laten analyseren: een verse tumorbiopsie (doorgaans zijn 5 kernen vereist), een bloedmonster voor normale vergelijking en gearchiveerde tumoren indien beschikbaar. Ook is de technologie zodanig verbeterd dat we kunnen overwegen om in paraffine ingebedde materialen te gebruiken. Uitgebreide DNA- en RNA-sequencing wordt uitgevoerd, gevolgd door een diepgaande bio-informatica-analyse om somatische mutaties, veranderingen in genexpressie of andere afwijkingen te identificeren die kanker "drivers" kunnen zijn of bruikbare (diagnostische) of medicijnbare doelen kunnen bieden. Het POG-team komt wekelijks bijeen om de gedetailleerde genomische rapporten voor patiënten te bespreken, indien nodig aanvullende validatietesten te overwegen en onderzoeksvragen te bespreken. De clinici (meestal 5 - 10) komen op basis van deze resultaten tot een consensus over welke systemische therapieën geschikt kunnen zijn. Waar mogelijk worden proefpersonen gekoppeld aan klinische onderzoeken.