British Columbia személyre szabott onkogenomikai (POG) programja

A karcinogenezis egy rendkívül összetett folyamat, így még a szövettani rák altípuson belül is – például a tüdő vagy az emlő adenokarcinómájában – jelentős eltérések mutatkoznak a rák viselkedésében és a terápiára adott válaszban. Az egyes betegek elemzése minden vizsgált rák esetében egyedi molekuláris aláírásokat mutat be. A betegség növekedésében és progressziójában gyakran több különböző útvonal is szerepet játszik, és a domináns folyamat személyenként változik, sőt, akár egy személyen belül a betegség különböző helyein belül is. Valamint ezek a variációk a kezelés hatására alakulnak ki.

A betegségeket elősegítő genetikai rendellenességek felismerése megkönnyíti a célzott kezelést; ezt a rákos megbetegedések több kis alcsoportjában kimutatták, amelyekben specifikus genetikai mutációkat vagy transzlokációkat sikeresen kezeltek célzott kemoterápiás szerekkel. Számos felismert mutáció és aberráció esetén a DNS-ben és RNS-ben kódolt genetikai aláírás személyre szabott értékelése fontos diagnosztikai információkkal szolgálhat, és potenciálisan lehetővé teheti a megfelelő onkológiai útvonalra irányított terápiát, ezáltal információkat nyújtva a kemoterápia megválasztásában.

Kezdeti kísérleti projektünk bemutatta ennek a megközelítésnek a megvalósíthatóságát intézményünkben (100 beteggel). Ma már tudjuk, hogy lehetséges a betegek azonosítása és beleegyezése, a genom és a transzkriptom szekvenálása, a rendellenességek elemzése és jelentése, valamint a potenciális célpontok azonosítása klinikailag releváns időkereten belül.

A Personalized OncoGenomics (POG) program 2012 óta működik BC tartományban. A kezdeti kétéves szakasz létrehozta azt az infrastruktúrát és munkafolyamatot, amellyel a metasztatikus vagy gyógyíthatatlan rákos megbetegedésekben szenvedő betegek azonosíthatók, beleegyeztek, és klinikailag akkreditált laboratóriumban biopsziát vehettek a genomi szekvenáláshoz (Laskin et al., 2015). A POG-program következő szakasza (2014-2017) egy erős oktatási és bevonási folyamatot tartalmazott, így a BC Cancer orvosi onkológusainak 83-át (80%) képezték ki a betegek beleegyezésére és a POG-ba való felvételére. Ez azt jelenti, hogy a BC-ben az onkológiai közösség széles körű oktatással rendelkezik a rák genomikája és az adatok egyes betegekre történő alkalmazásának módjában. 2017 óta a program beépült a Vancouver Cancer Centre 1. fázisú klinikai vizsgálati részlegébe, és a hangsúly áthelyeződött a vizsgálati betegek és adatok olyan célzottabb klinikai terápiás vizsgálatokhoz, mint például a CCTG CAPTUR vizsgálat (Skamene et al., 2018). ). A POG-szerű WGTA volt a hajtóereje a Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN) létrehozásának, amely egy nemzeti program a rákos genomi adatok megosztására Kanadában.

A POG program átfogó témája a szomatikus rákmutációk és a sejtútvonal-rendellenességek átfogó katalogizálása, amely mélyreható betekintést nyújthat bizonyos rákfenotípusok hátterében álló genetikai mintákba, és értékes prognosztikai és prediktív információkat szolgáltathat.

A jogosult alanyoknak több mintát kell elemezniük: friss tumorbiopsziát (általában 5 mag szükséges), vérmintát a normál összehasonlításhoz és archív daganatokat, ha rendelkezésre állnak. Emellett a technológia olyan mértékben fejlődött, hogy fontolóra vehetjük paraffinba ágyazott anyagok használatát. Átfogó DNS- és RNS-szekvenálást végeznek, majd mélyreható bioinformatikai elemzést végeznek, hogy azonosítsák a szomatikus mutációkat, génexpressziós változásokat vagy más olyan rendellenességeket, amelyek a rák „hajtóerejeként” lehetnek, vagy hatásos (diagnosztikai) vagy gyógyszeres célpontot jelenthetnek. A POG-csapat hetente találkozik, hogy megvitassák a betegek részletes genomikai jelentését, szükség esetén további validációs teszteket fontolgassanak, és megvitassák a kutatási kérdéseket. A klinikusok (általában 5-10) ezen eredmények alapján konszenzusra jutnak abban, hogy milyen szisztémás terápiák lehetnek megfelelőek. Amikor csak lehetséges, az alanyokat a klinikai vizsgálatokhoz kell igazítani.