Programma di oncogenomica personalizzata (POG) della Columbia Britannica

La carcinogenesi è un processo immensamente complesso tale che anche all'interno di un sottotipo di cancro istologico - ad esempio l'adenocarcinoma del polmone o della mammella - esiste una variabilità significativa nel comportamento del cancro e nella risposta alla terapia. Le analisi dei singoli pazienti dimostrano firme molecolari uniche per ogni tumore esaminato. Spesso, più percorsi diversi sono coinvolti nella crescita e nella progressione della malattia e il processo dominante varia da persona a persona e forse anche all'interno di diversi siti di malattia all'interno di una persona. Inoltre queste variazioni si evolvono in risposta al trattamento.

Riconoscere le aberrazioni genetiche che promuovono la malattia facilita il trattamento mirato; ciò è stato dimostrato in diversi piccoli sottogruppi di tumori in cui specifiche mutazioni genetiche o traslocazioni sono state trattate con successo con agenti chemioterapici mirati. Con molte mutazioni e aberrazioni riconosciute, la valutazione personalizzata della firma genetica codificata nel DNA e nell'RNA può fornire importanti informazioni diagnostiche e potenzialmente consentire una terapia diretta al percorso oncologico appropriato, fornendo così informazioni per aiutare a guidare le scelte chemioterapiche

Il nostro progetto pilota iniziale ha dimostrato la fattibilità di questo approccio presso la nostra istituzione (con 100 pazienti). Ora sappiamo che è possibile identificare e dare il consenso ai pazienti, sequenziare il genoma e il trascrittoma, analizzare e segnalare anomalie e identificare potenziali bersagli attuabili in un lasso di tempo clinicamente rilevante.

Il programma di oncogenomica personalizzata (POG) è operativo in tutta la provincia di BC dal 2012. La fase iniziale di due anni ha stabilito l'infrastruttura e il flusso di lavoro attraverso il quale i pazienti con tumori metastatici o incurabili potevano essere identificati, autorizzati e sottoposti a biopsia per il sequenziamento genomico in un laboratorio clinicamente accreditato (Laskin et al., 2015). La fase successiva del programma POG (2014-2017) ha incluso un forte processo educativo e di coinvolgimento tale che 83 (80%) degli oncologi medici presso BC Cancer sono stati formati per acconsentire e iscrivere i pazienti al POG. Ciò significa che la comunità oncologica in BC ha un'ampia formazione sulla genomica del cancro e su come questi dati possono essere applicati ai singoli pazienti. Dal 2017, il programma è stato integrato nell'unità di studi clinici di fase 1 del Vancouver Cancer Centre e l'attenzione si è spostata sull'utilizzo dei pazienti e dei dati dello studio per affrontare studi terapeutici clinici più mirati come lo studio CCTG CAPTUR (Skamene et al., 2018 ). Il WGTA simile a POG è stato la forza trainante dietro la creazione della Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN), un programma nazionale per la condivisione di dati genomici sul cancro in tutto il Canada.

Il tema generale di questo programma POG è quello di creare una catalogazione completa delle mutazioni del cancro somatico e delle anomalie del percorso cellulare che potrebbe generare profonde intuizioni sui modelli genetici che sono alla base di particolari fenotipi del cancro e fornire preziose informazioni prognostiche e predittive.

Ai soggetti idonei verranno analizzati diversi campioni: una nuova biopsia del tumore (in genere sono richiesti 5 nuclei), un campione di sangue per il confronto normale e tumori d'archivio quando disponibili. Inoltre, la tecnologia è migliorata in modo tale che potremmo prendere in considerazione l'utilizzo di materiali incorporati in paraffina. Viene eseguito un sequenziamento completo di DNA e RNA seguito da un'analisi bioinformatica approfondita per identificare mutazioni somatiche, cambiamenti di espressione genica o altre anomalie che potrebbero essere "driver" del cancro o fornire bersagli attuabili (diagnostici) o farmacologici. Il team POG si riunisce ogni settimana per discutere i rapporti genomici dettagliati per i pazienti, prendere in considerazione ulteriori test di convalida quando necessario e discutere questioni di ricerca. I medici (tipicamente 5-10) giungono a un consenso su quali terapie sistemiche potrebbero essere appropriate sulla base di questi risultati. Quando possibile, i soggetti vengono abbinati agli studi clinici.