Programa de oncogenómica personalizada (POG) de la Columbia Británica

La carcinogénesis es un proceso inmensamente complejo, de modo que incluso dentro de un subtipo histológico de cáncer, por ejemplo, adenocarcinoma de pulmón o mama, existe una variabilidad significativa en el comportamiento del cáncer y la respuesta a la terapia. Los análisis de pacientes individuales demuestran firmas moleculares únicas para cada cáncer examinado. Con frecuencia, múltiples vías diferentes están involucradas en el crecimiento y progresión de la enfermedad y el proceso dominante varía de persona a persona y quizás incluso dentro de diferentes sitios de enfermedad dentro de una persona. Además, estas variaciones evolucionan en respuesta al tratamiento.

Reconocer las aberraciones genéticas que promueven la enfermedad facilita el tratamiento dirigido; esto se ha demostrado en varios subgrupos pequeños de cánceres en los que mutaciones o translocaciones genéticas específicas se han tratado con éxito con agentes de quimioterapia dirigidos. Con muchas mutaciones y aberraciones reconocidas, la evaluación personalizada de la firma genética codificada en el ADN y el ARN puede proporcionar información diagnóstica importante y potencialmente permitir una terapia dirigida a la vía oncológica adecuada, proporcionando así información para ayudar a guiar las opciones de quimioterapia.

Nuestro proyecto piloto inicial demostró la viabilidad de este enfoque en nuestra institución (con 100 pacientes). Ahora sabemos que es posible identificar y dar consentimiento a los pacientes, secuenciar el genoma y el transcriptoma, analizar e informar anomalías e identificar posibles objetivos procesables en un marco de tiempo clínicamente relevante.

El programa OncoGenómica Personalizada (POG) ha estado operativo en toda la provincia de BC desde 2012. La fase inicial de dos años estableció la infraestructura y el flujo de trabajo mediante los cuales los pacientes con cánceres metastásicos o incurables podían ser identificados, autorizados y sometidos a biopsia para la secuenciación genómica en un laboratorio clínicamente acreditado (Laskin et al., 2015). La siguiente fase del programa POG (2014 - 2017) incluyó un sólido proceso educativo y de participación, de modo que 83 (80 %) de los oncólogos médicos de BC Cancer recibieron capacitación para dar su consentimiento e inscribir a los pacientes en POG. Esto significa que la comunidad de oncología en BC tiene una amplia educación en genómica del cáncer y cómo se pueden aplicar estos datos a pacientes individuales. Desde 2017, el programa se ha integrado en la unidad de ensayos clínicos de fase 1 del Vancouver Cancer Centre y el enfoque ha cambiado para utilizar los pacientes y los datos del estudio para abordar ensayos clínicos terapéuticos más centrados, como el estudio CCTG CAPTUR (Skamene et al., 2018). ). WGTA, similar a POG, ha sido la fuerza impulsora detrás de la creación de Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN), que es un programa nacional para compartir datos genómicos del cáncer en Canadá.

El tema general de este programa POG es crear una catalogación integral de las mutaciones del cáncer somático y las anomalías de las vías celulares que podrían generar conocimientos profundos sobre los patrones genéticos que subyacen a los fenotipos de cáncer particulares y proporcionar información valiosa para el pronóstico y la predicción.

A los sujetos elegibles se les analizarán varias muestras: una biopsia de tumor reciente (por lo general, se requieren 5 núcleos), una muestra de sangre para comparación normal y tumores de archivo cuando estén disponibles. Además, la tecnología ha mejorado tanto que podemos considerar el uso de materiales incrustados en parafina. Se realiza una secuenciación completa de ADN y ARN, seguida de un análisis bioinformático en profundidad para identificar mutaciones somáticas, cambios en la expresión génica u otras anomalías que podrían ser "impulsores" del cáncer o proporcionar objetivos accionables (diagnósticos) o farmacológicos. El equipo de POG se reúne todas las semanas para analizar los informes genómicos detallados de los pacientes, considerar pruebas de validación adicionales cuando sea necesario y debatir cuestiones de investigación. Los médicos (típicamente de 5 a 10) llegan a un consenso sobre qué terapias sistémicas podrían ser apropiadas en función de estos resultados. Siempre que sea posible, los sujetos se emparejarán con los ensayos clínicos.