British Columbian henkilökohtainen onkogenomiikka (POG) -ohjelma

Karsinogeneesi on äärimmäisen monimutkainen prosessi, joten jopa histologisessa syövän alatyypissä - esimerkiksi keuhkojen tai rintojen adenokarsinoomassa - syövän käyttäytymisessä ja hoitovasteessa on merkittävää vaihtelua. Yksittäisten potilaiden analyysit osoittavat ainutlaatuiset molekyyliset allekirjoitukset jokaiselle tutkitulle syövälle. Usein taudin kasvuun ja etenemiseen liittyy useita eri polkuja, ja hallitseva prosessi vaihtelee henkilöstä toiseen ja ehkä jopa yhden henkilön eri taudin paikoissa. Nämä vaihtelut kehittyvät myös vasteena hoidolle.

Tautia edistävien geneettisten poikkeavuuksien tunnistaminen helpottaa kohdennettua hoitoa; tämä on osoitettu useissa pienissä syöpien alaryhmissä, joissa spesifisiä geneettisiä mutaatioita tai translokaatioita on hoidettu onnistuneesti kohdistetuilla kemoterapia-aineilla. Monien tunnistettujen mutaatioiden ja poikkeavuuksien vuoksi DNA:han ja RNA:han koodatun geneettisen allekirjoituksen henkilökohtainen arviointi voi tarjota tärkeää diagnostista tietoa ja mahdollisesti mahdollistaa ohjatun hoidon sopivalle onkologiselle reitille, mikä antaa tietoa kemoterapiavalintojen ohjaamiseksi.

Ensimmäinen pilottiprojektimme osoitti tämän lähestymistavan toteutettavuuden laitoksessamme (100 potilaalla). Tiedämme nyt, että on mahdollista tunnistaa potilaat ja antaa suostumuksensa, sekvensoida genomi ja transkriptio, analysoida ja raportoida poikkeavuuksia sekä tunnistaa mahdollisia toimintakelpoisia kohteita kliinisesti merkityksellisessä ajassa.

Personalised OncoGenomics (POG) -ohjelma on ollut toiminnassa koko BC:n maakunnassa vuodesta 2012. Ensimmäisessä kaksivuotisessa vaiheessa luotiin infrastruktuuri ja työnkulku, jonka avulla potilaat, joilla oli etäpesäkkeitä tai parantumattomia syöpiä, voitiin tunnistaa, antaa suostumus ja biopsia genomisen sekvensointia varten kliinisesti akkreditoidussa laboratoriossa (Laskin et al., 2015). POG-ohjelman seuraava vaihe (2014–2017) sisälsi vahvan koulutus- ja sitoutumisprosessin siten, että 83 (80 %) BC Cancerin lääketieteellisistä onkologeista koulutettiin suostumaan ja rekisteröimään potilaat POG:iin. Tämä tarkoittaa, että BC:n onkologiayhteisöllä on laaja koulutus syövän genomiikasta ja siitä, kuinka näitä tietoja voidaan soveltaa yksittäisiin potilaisiin. Vuodesta 2017 lähtien ohjelma on integroitu Vancouver Cancer Centerin vaiheen 1 kliinisten tutkimusten yksikköön, ja painopiste on siirtynyt käyttämään tutkimuspotilaita ja dataa kohdennetumpiin kliinisiin terapeuttisiin tutkimuksiin, kuten CCTG CAPTUR -tutkimukseen (Skamene et al., 2018). ). POG:n kaltainen WGTA on ollut liikkeellepaneva voima Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network -verkoston (MOHCCN) luomisessa. Tämä on kansallinen ohjelma syövän genomitietojen jakamiseen Kanadassa.

Tämän POG-ohjelman pääteemana on luoda kattava luettelo somaattisista syöpämutaatioista ja solupolun poikkeavuuksista, jotka voivat tuottaa syvällisiä näkemyksiä tiettyjen syöpäfenotyyppien taustalla olevista geneettisistä malleista ja tarjota arvokasta ennuste- ja ennustavaa tietoa.

Tukikelpoisille koehenkilöille analysoidaan useita näytteitä: tuore kasvainbiopsia (tavallisesti vaaditaan 5 ydintä), verinäyte normaalia vertailua varten ja arkistoidut kasvaimet, jos saatavilla. Myös tekniikka on parantunut niin, että voimme harkita parafiiniin upotettujen materiaalien käyttöä. Suoritetaan kattava DNA- ja RNA-sekvensointi, jota seuraa syvällinen bioinformaattinen analyysi somaattisten mutaatioiden, geenien ilmentymismuutosten tai muiden poikkeavuuksien tunnistamiseksi, jotka voivat olla syövän "ajureita" tai tarjota toimivia (diagnostisia) tai lääkeaineita. POG-tiimi kokoontuu joka viikko keskustelemaan potilaiden yksityiskohtaisista genomiraporteista, harkitsemaan tarvittaessa muita validointitestejä ja keskustelemaan tutkimuskysymyksistä. Kliinikot (tyypillisesti 5–10) pääsevät näiden tulosten perusteella yhteisymmärrykseen siitä, mitkä systeemiset hoidot voivat olla sopivia. Aina kun mahdollista, kohteet yhdistetään kliinisiin kokeisiin.