Spersonalizowany program onkogenomiki (POG) Kolumbii Brytyjskiej

Karcynogeneza jest niezwykle złożonym procesem, tak że nawet w ramach histologicznego podtypu raka - na przykład gruczolakoraka płuc lub piersi - istnieje znaczna zmienność w zachowaniu raka i odpowiedzi na terapię. Analizy poszczególnych pacjentów wykazują unikalne sygnatury molekularne dla każdego badanego raka. Często we wzroście i progresji choroby zaangażowanych jest wiele różnych ścieżek, a dominujący proces różni się w zależności od osoby, a być może nawet w obrębie różnych miejsc choroby u jednej osoby. Również te zmiany ewoluują w odpowiedzi na leczenie.

Rozpoznanie aberracji genetycznych, które sprzyjają chorobom, ułatwia ukierunkowane leczenie; wykazano to w kilku małych podgrupach nowotworów, w których określone mutacje lub translokacje genetyczne zostały skutecznie wyleczone celowanymi środkami chemioterapeutycznymi. Przy wielu rozpoznanych mutacjach i aberracjach spersonalizowana ocena sygnatury genetycznej zakodowanej w DNA i RNA może dostarczyć ważnych informacji diagnostycznych i potencjalnie umożliwić ukierunkowaną terapię na odpowiednią ścieżkę onkologiczną, dostarczając w ten sposób informacji pomagających w wyborze chemioterapii

Nasz początkowy projekt pilotażowy wykazał wykonalność tego podejścia w naszej instytucji (ze 100 pacjentami). Teraz wiemy, że możliwa jest identyfikacja i wyrażenie zgody na leczenie pacjentów, sekwencjonowanie genomu i transkryptomu, analizowanie i zgłaszanie nieprawidłowości oraz identyfikowanie potencjalnych możliwych do zastosowania celów w klinicznie istotnych ramach czasowych.

Program Personalized OncoGenomics (POG) działa w całej prowincji BC od 2012 roku. W początkowej dwuletniej fazie ustanowiono infrastrukturę i przepływ pracy, dzięki którym pacjenci z przerzutowymi lub nieuleczalnymi nowotworami mogli być identyfikowani, wyrażani na zgodę i poddawani biopsji w celu sekwencjonowania genomu w laboratorium akredytowanym klinicznie (Laskin i in., 2015). Kolejna faza programu POG (2014 - 2017) obejmowała silny proces edukacyjny i angażujący, tak że 83 (80%) onkologów medycznych w BC Cancer zostało przeszkolonych w zakresie wyrażania zgody i zapisywania pacjentów do POG. Oznacza to, że społeczność onkologów w Kolumbii Brytyjskiej ma szerokie wykształcenie w zakresie genomiki raka i tego, jak te dane mogą być stosowane u poszczególnych pacjentów. Od 2017 r. program został zintegrowany z jednostką badań klinicznych fazy 1 Vancouver Cancer Centre, a punkt ciężkości przesunął się na wykorzystanie badanych pacjentów i danych do bardziej ukierunkowanych klinicznych badań terapeutycznych, takich jak badanie CCTG CAPTUR (Skamene i in., 2018 ). WGTA podobna do POG była siłą napędową powstania Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN), który jest krajowym programem udostępniania danych genomicznych raka w całej Kanadzie.

Nadrzędnym tematem tego programu POG jest stworzenie kompleksowego katalogu mutacji somatycznych raka i nieprawidłowości szlaków komórkowych, które mogłyby wygenerować głęboki wgląd we wzorce genetyczne leżące u podstaw poszczególnych fenotypów raka i dostarczyć cennych informacji prognostycznych i predykcyjnych.

Kwalifikujący się uczestnicy zostaną poddani analizie kilku próbek: świeża biopsja guza (zwykle wymaganych jest 5 rdzeni), próbka krwi do normalnego porównania i archiwalne guzy, jeśli są dostępne. Ponadto technologia poprawiła się tak, że możemy rozważyć użycie materiałów zatopionych w parafinie. Przeprowadzane jest kompleksowe sekwencjonowanie DNA i RNA, po którym następuje dogłębna analiza bioinformatyczna w celu zidentyfikowania mutacji somatycznych, zmian w ekspresji genów lub innych nieprawidłowości, które mogą być „kierowcami” raka lub dostarczać możliwych do działania (diagnostycznych) lub dających się leczyć celów. Zespół POG spotyka się co tydzień, aby omówić szczegółowe raporty genomiczne dla pacjentów, w razie potrzeby rozważyć dodatkowe testy walidacyjne i omówić kwestie badawcze. Na podstawie tych wyników klinicyści (zwykle 5–10) dochodzą do konsensusu co do tego, jakie terapie systemowe mogą być odpowiednie. W miarę możliwości badani są dopasowywani do badań klinicznych.