Программа персонализированной онкогеномики (POG) Британской Колумбии

Канцерогенез представляет собой чрезвычайно сложный процесс, так что даже в пределах гистологического подтипа рака, например аденокарциномы легкого или молочной железы, существует значительная вариабельность поведения рака и реакции на терапию. Анализы отдельных пациентов демонстрируют уникальные молекулярные сигнатуры для каждого исследованного рака. Часто в рост и прогрессирование заболевания вовлечено несколько различных путей, и доминирующий процесс варьируется от человека к человеку и, возможно, даже в разных очагах заболевания у одного человека. Кроме того, эти изменения развиваются в ответ на лечение.

Распознавание генетических аберраций, способствующих заболеванию, облегчает целенаправленное лечение; это было продемонстрировано в нескольких небольших подгруппах рака, в которых специфические генетические мутации или транслокации успешно лечили таргетными химиотерапевтическими агентами. При многих известных мутациях и аберрациях персонализированная оценка генетической сигнатуры, закодированной в ДНК и РНК, может предоставить важную диагностическую информацию и потенциально сделать возможной направленную терапию на соответствующий онкологический путь, тем самым предоставив информацию, которая поможет выбрать химиотерапию.

Наш первоначальный пилотный проект продемонстрировал осуществимость этого подхода в нашем учреждении (со 100 пациентами). Теперь мы знаем, что можно идентифицировать и давать согласие пациентам, секвенировать геном и транскриптом, анализировать и сообщать об аномалиях, а также идентифицировать потенциальные действенные цели в клинически значимых временных рамках.

Программа Personalized OncoGenomics (POG) действует в провинции Британская Колумбия с 2012 года. На начальном двухлетнем этапе была создана инфраструктура и рабочий процесс, с помощью которых можно было идентифицировать пациентов с метастатическим или неизлечимым раком, дать согласие и провести биопсию для секвенирования генома в клинически аккредитованной лаборатории (Laskin et al., 2015). Следующий этап программы POG (2014–2017 гг.) включал в себя активный процесс обучения и вовлечения, в результате чего 83 (80%) медицинских онкологов в BC Cancer были обучены давать согласие и регистрировать пациентов в POG. Это означает, что онкологическое сообщество в Британской Колумбии имеет обширное образование в области геномики рака и того, как эти данные могут быть применены к отдельным пациентам. С 2017 года программа была интегрирована в отдел клинических испытаний фазы 1 Ванкуверского онкологического центра, и акцент был смещен на использование пациентов и данных исследования для проведения более целенаправленных клинических терапевтических испытаний, таких как исследование CCTG CAPTUR (Skamene et al., 2018). ). WGTA, похожая на POG, была движущей силой создания сети онкологических центров Terry Fox Marathon of Hope (MOHCCN), которая представляет собой национальную программу обмена геномными данными о раке в Канаде.

Главной темой этой программы POG является создание всеобъемлющей каталогизации мутаций соматического рака и аномалий клеточных путей, которая может дать глубокое понимание генетических моделей, лежащих в основе конкретных фенотипов рака, и предоставить ценную прогностическую и прогностическую информацию.

Подходящим субъектам будет проанализировано несколько образцов: биопсия свежей опухоли (обычно требуется 5 ядер), образец крови для нормального сравнения и архивные опухоли, если они доступны. Кроме того, технология улучшилась, так что мы можем рассмотреть возможность использования залитых парафином материалов. Выполняется комплексное секвенирование ДНК и РНК с последующим углубленным биоинформационным анализом для выявления соматических мутаций, изменений экспрессии генов или других аномалий, которые могут быть «движителями» рака или обеспечивать действенные (диагностические) или лекарственные мишени. Команда POG собирается каждую неделю, чтобы обсудить подробные геномные отчеты для пациентов, при необходимости рассмотреть дополнительные проверочные тесты и обсудить вопросы исследования. Клиницисты (обычно 5-10 человек) приходят к единому мнению о том, какие системные методы лечения могут быть целесообразными, на основе этих результатов. Когда это возможно, субъекты подбираются для клинических испытаний.