Personalized Oncogenomics (POG) Program for British Columbia

Karsinogenese er en uhyre kompleks prosess slik at selv innenfor en histologisk kreftsubtype - for eksempel adenokarsinom i lunge eller bryst - er det betydelig variasjon i kreftatferd og respons på terapi. Analyser av individuelle pasienter viser unike molekylære signaturer for hver kreft som undersøkes. Ofte er flere forskjellige veier involvert i sykdomsvekst og -progresjon, og den dominerende prosessen varierer fra person til person og kanskje til og med innenfor forskjellige sykdomssteder innen én person. I tillegg utvikler disse variasjonene seg som respons på behandlingen.

Å gjenkjenne genetiske avvik som fremmer sykdom letter målrettet behandling; dette har blitt påvist i flere små undergrupper av kreftformer der spesifikke genetiske mutasjoner eller translokasjoner har blitt behandlet med målrettede kjemoterapimidler. Med mange anerkjente mutasjoner og aberrasjoner, kan personlig evaluering av den genetiske signaturen kodet i DNA og RNA gi viktig diagnostisk informasjon og potensielt muliggjøre rettet terapi til den aktuelle onkologiske veien og derved gi informasjon som kan hjelpe med å veilede valg av kjemoterapi

Vårt første pilotprosjekt demonstrerte gjennomførbarheten av denne tilnærmingen ved vår institusjon (med 100 pasienter). Vi vet nå at det er mulig å identifisere og samtykke pasienter, sekvensere genomet og transkriptomet, analysere og rapportere abnormiteter og identifisere potensielle handlingsbare mål i en klinisk relevant tidsramme.

Personalized OncoGenomics (POG)-programmet har vært operativt over hele provinsen BC siden 2012. Den første toårige fasen etablerte infrastrukturen og arbeidsflyten der pasienter med metastatisk eller uhelbredelig kreft kunne identifiseres, samtykkes og biopsieres for genomisk sekvensering i et klinisk akkreditert laboratorium (Laskin et al., 2015). Den neste fasen av POG-programmet (2014 - 2017) inkluderte en sterk utdannings- og engasjementsprosess slik at 83 (80 %) av de medisinske onkologene ved BC Cancer ble opplært til å samtykke og registrere pasienter til POG. Dette betyr at onkologimiljøet i BC har en bred utdanning innen kreftgenomikk og hvordan disse dataene kan brukes på individuelle pasienter. Siden 2017 har programmet blitt integrert i Vancouver Cancer Centres fase 1 kliniske utprøvingsenhet, og fokus har flyttet seg til å bruke studiepasientene og dataene til å adressere mer fokuserte kliniske terapeutiske studier som CCTG CAPTUR-studien (Skamene et al., 2018) ). POG-lignende WGTA har vært drivkraften bak opprettelsen av Terry Fox Marathon of Hope Cancer Center Network (MOHCCN) som er et nasjonalt program for kreftgenomisk datadeling over hele Canada.

Det overordnede temaet for dette POG-programmet er å lage en omfattende katalogisering av somatiske kreftmutasjoner og cellulære baneavvik som kan generere dyp innsikt i genetiske mønstre som ligger til grunn for spesielle kreftfenotyper, og gi verdifull prognostisk og prediktiv informasjon.

Kvalifiserte forsøkspersoner vil få analysert flere prøver: en ny tumorbiopsi (vanligvis 5 kjerner kreves), en blodprøve for normal sammenligning og arkivsvulster når tilgjengelig. Teknologien har også forbedret seg slik at vi kan vurdere å bruke parafininnstøpte materialer. Omfattende DNA- og RNA-sekvensering utføres etterfulgt av en dybdegående bioinformatisk analyse for å identifisere somatiske mutasjoner, genuttrykksendringer eller andre abnormiteter som kan være "drivere" for kreft eller gi handlingsbare (diagnostiske) eller medisinerbare mål. POG-teamet møtes hver uke for å diskutere de detaljerte genomiske rapportene for pasienter, vurdere ytterligere valideringstester når det er nødvendig, og diskutere forskningsspørsmål. Klinikere (typisk 5 - 10) kommer til enighet om hvilke systemiske terapier som kan være passende basert på disse resultatene. Når det er mulig, tilpasses forsøkspersoner til kliniske studier.