Profilování onkologických pacientů v rámci klinické péče a výzkumu (PROSPER)

PROSPER je pilotní projekt, který posoudí schopnost integrovat genomické výsledky do péče o pacienty a výzkumu.

Všichni pacienti budou souhlasit se zapojením. Zapojení bude zcela dobrovolné. Pacienti s gynekologickými nádory nebo pacienti potenciálně způsobilí pro studii fáze I, kteří dostávají onkologickou péči v rámci lékařské onkologie v Auckland City Hospital, budou osloveni, aby zvážili účast v této studii. Budou zvažováni všichni pacienti, kteří jsou starší 18 let a jsou potenciálně způsobilí pro další terapii (standardní péče nebo jako součást klinické studie).

Pacienti, kteří souhlasí s účastí v PROSPER, poskytnou archivované vzorky nádoru (primární nádor a/nebo metastázy; blok nádoru nebo 15–20 nebarvených sklíček zalitých v parafínu [minimálně 15 nebarvených sklíček, pokud blok není k dispozici], plus jedno sklíčko barvené H&E). Molekulární profilování bude prováděno na University of Auckland s využitím místních odborných znalostí. Bude použit přístup hybridizačního záchytu DNA sekvenování získávající 500x-1000x pokrytí panelu 578 rakovinných genů. Tento přístup byl nedávno použit k úspěšné analýze více než 40 spárovaných nádorových a normálních tkání FFPE v laboratoři univerzity v Aucklandu prof. Cristin Printové (komplexní panel rakoviny NimbleGen). Nádorová tkáň, která zůstane po molekulárním profilování, bude uložena (se souhlasem pacientů) a může být podrobena další analýze genomového sekvenování (např. sekvenování celého genomu), analýza exprese RNA (Affymetrix Primeview), analýza exprese proteinů (např. Western blot, IHC) a/nebo analýza počtu kopií DNA (např. array CGH, kvantitativní PCR, FISH) na základě dostupných zdrojů. Pouze ověřené výsledky těchto analýz budou předány ošetřujícím lékařům a zpřístupněny v záznamech pacientů.

Pacienti musí souhlasit s poskytnutím plné krve pro biobanking. To poskytne zdroj normální DNA pro diferenciaci konstitučních versus somatických (nádorových) molekulárních změn. Vzorky krve budou také použity k detekci cirkulující nádorové DNA, aby se to vyhodnotilo jako alternativa k čerstvým biopsiím.

Na základě dokumentace o relapsu budou pacienti požádáni (pokud je to možné) o poskytnutí biopsie nádoru a vzorku krve pro další profilování. Vzhledem k tomu, že se biopsie stávají stále běžnějším požadavkem v klinických studiích, ochota pacientů, bezpečnost postupu a užitečná akvizice tkáně jsou rozhodujícími prvky úspěchu. U pacientek s vysokým stupněm serózní rakoviny vaječníků se výzkumné biopsie ukázaly jako bezpečné a proveditelné. V tomto projektu budou výzkumníci shromažďovat ctDNA (cirkulující nádorovou DNA) spolu s biopsiemi nádorů, aby umožnili korelaci a ověření role ctDNA jako neinvazivní alternativy k biopsiím. Spojení základních profilů exprese s výsledky léčby u každého pacienta pomůže optimalizovat lékovou terapii zlepšením výběru a monitorování pacientů. Tento projekt bude stavět na plazmatických genomických iniciativách, které již probíhají u rakoviny prsu, kolorektálního karcinomu a neuroendokrinního karcinomu.

Veškeré rozhodování o vhodnosti biopsie a místě odběru vzorků bude na uvážení klinického lékaře (kliniků), kteří mají primární péči o účastníky. Pacientovi budou plně vysvětlena možná rizika a přínosy získání dalších čerstvých vzorků nádoru v době relapsu nebo vzniku lékové rezistence. Souhlas s provedením biopsie za účelem získání čerstvého nádoru bude zcela dobrovolný a neovlivní způsobilost pacienta k účasti v PROSPER nebo k účasti v související klinické studii. Účastníci budou moci odmítnout biopsii v jakékoli fázi, i když s tím dříve souhlasili. Biopsie při relapsu mohou být odebrány chirurgicky nebo radiologicky v závislosti na proveditelnosti a na tom, jaké další intervence jsou prováděny jako součást standardní péče. Malá část těchto pacientů s izolovaným relapsem může podstoupit chirurgický zákrok a v tomto scénáři budou v tuto chvíli odebrány vzorky. Pokud mají být biopsie provedeny radiologicky, budou odebrány alespoň tři biopsie jádrového tumoru o velikosti 14-16 gauge.

PROSPER posoudí klinický význam a proveditelnost programu profilování. Měřítka přínosu budou zahrnovat procento pacientů léčených v rámci klinické studie; počet pacientů, kteří dostávají cílenou terapii založenou na molekulárních aberacích; a integrace molekulárních informací v praxi. Cílem studie je profilovat 50–100 pacientů v prvním roce. V Aucklandské nemocnici se ročně ošetří 150 nových pacientek s rakovinou vaječníků, děložního čípku nebo endometria. Kromě toho je každý rok léčeno 100-150 pacientů s relapsem onemocnění. To vytváří velkou populaci, která bude způsobilá pro tento projekt.

Bude vytvořena bezpečná databáze PROSPER pro registraci klinických údajů pacientů. Po celou dobu trvání studie budou procesy správy dat dodržovány v souladu s místními SOP ve snaze maximalizovat kvalitu a bezpečnost dat.

Registr bude chráněn heslem a bude přístupný pouze registrovaným uživatelům. Lékaři, kteří pacienty doporučují k zápisu do programu PROSPER, budou moci zobrazit výsledky každého pacienta v identifikovatelném formátu pro použití při klinickém rozhodování. Ostatní registrovaní lékaři budou moci vidět všechny další podrobnosti o pacientech bez identifikace, což jim umožní zobrazit klinické podrobnosti a výsledky testů podobných pacientů. Pokud jsou informace o pacientech zasílány do zámoří jako součást studie, budou zaslány pouze neidentifikované údaje.

Budou podniknuty příslušné kroky k ochraně zdravotních informací před ztrátou, neoprávněným přístupem, použitím, úpravou nebo zveřejněním nebo jiným zneužitím. Při odběru tkáně budou informace o pacientovi deidentifikovány a každému účastníkovi bude přidělen nový jedinečný alfanumerický identifikátor pro všechny vzorky tkáně. Identifikace jednotlivců bude možná pouze na základě hlavního indexu, který bude uložen na tištěné podobě v uzamčeném souboru v zabezpečené oblasti a v zaheslované zašifrované databázi. Pokud jsou tkáně nebo izolované molekulární produkty zasílány do zámoří ke specializovaným vědeckým studiím, poskytne se pouze anonymizované ID studie.

Klinická data budou shromažďována hlavním zkoušejícím, projektovým manažerem, místním klinickým vedoucím nebo jiným zdravotnickým pracovníkem se souhlasem místního klinického vedoucího, ze zdravotních záznamů pacientů do centrální databáze chráněné heslem umístěné na zabezpečeném serveru pod odpovědností univerzity. z Aucklandu. Všechna data budou deidentifikována v místě extrakce z databáze před jakoukoli analýzou.

V publikacích vyplývajících z této studie nebudou zahrnuty žádné přímo identifikovatelné informace, ani čísla NHI, data narození nebo jména dárců nebudou sdílena se spolupracovníky, s výjimkou spolupracovníků podílejících se na péči o pacienta.

Lékaři, kteří se podílejí na péči o pacienty, budou mít přístup k výsledkům profilování, pokud s tím pacienti poskytnou souhlas.