Onkológiai betegek profilalkotása a klinikai ellátás és kutatás részeként (PROSPER)

A PROSPER egy kísérleti projekt, amely felméri a genomikai eredményeknek a betegellátásba és a kutatásba való integrálásának képességét.

Minden beteg beleegyezik a részvételbe. A részvétel teljesen önkéntes lesz. Azokat a nőgyógyászati ​​rákos betegeket, illetve az I. fázisú vizsgálatra potenciálisan alkalmas betegeket, akik az Aucklandi Városi Kórházban orvosi onkológiai kezelésben részesülnek, megkeresik, hogy fontolják meg részvételüket ebben a vizsgálatban. Minden olyan beteget figyelembe vesznek, aki elmúlt 18 éves és potenciálisan jogosult további terápiára (standard ellátás vagy klinikai vizsgálat részeként).

Azok a betegek, akik beleegyeznek a PROSPER-ben való részvételbe, archivált tumormintákat bocsátanak rendelkezésre (elsődleges tumor és/vagy áttét; tumorblokk vagy 15-20 festetlen paraffinba ágyazott tárgylemez [legalább 15 festetlen tárgylemez, ha blokk nem áll rendelkezésre], plusz egy H&E festett tárgylemez). A molekuláris profilalkotást az Aucklandi Egyetemen végzik majd, kihasználva a helyi szakértelmet. Hibridizációs befogási DNS-szekvenálási megközelítést alkalmaznak, amely 578 rákgénből álló panel 500-1000-szeres lefedettségét eredményezi. Ezt a megközelítést a közelmúltban több mint 40 páros tumor és normál FFPE szövet sikeres elemzésére alkalmazta Prof. Cristin Print Aucklandi Egyetem laboratóriuma (NimbleGen átfogó rákpanel). A molekuláris profilalkotás után visszamaradt daganatszövetet bankba zárják (a betegek beleegyezésével), és további genomi szekvenálási elemzésnek vethetik alá (pl. teljes genom szekvenálás), RNS expressziós elemzés (Affymetrix Primeview), fehérje expressziós elemzés (pl. Western-blot, IHC) és/vagy DNS-kópiaszám-analízis (pl. tömb CGH, kvantitatív PCR, FISH) a rendelkezésre álló erőforrások alapján. Csak ezeknek az elemzéseknek a validált eredményeit adjuk át a kezelőorvosoknak, és teszik elérhetővé a betegek nyilvántartásában.

A betegeknek bele kell egyezniük, hogy teljes vért biztosítanak a biobank-kezeléshez. Ez biztosítja a normál DNS forrását az alkotmányos és a szomatikus (tumor) molekuláris változások megkülönböztetéséhez. Vérmintákat is használnak a keringő tumor DNS kimutatására, hogy ezt a friss biopsziák alternatívájaként értékeljék.

A visszaesés dokumentálásakor a betegeket felkérik (ahol lehetséges), hogy adjanak tumorbiopsziát és vérmintát a további profilalkotáshoz. Mivel a biopszia egyre gyakoribb követelmény a klinikai vizsgálatok során, a betegek hajlandósága, az eljárás biztonsága és a hasznos szövetgyűjtés a siker kritikus elemei. Magas fokú savós petefészekrákos betegeknél a kutatási biopsziák biztonságosnak és kivitelezhetőnek bizonyultak. Ebben a projektben a kutatók ctDNS-t (keringő tumor DNS-t) gyűjtenek a tumorbiopsziák mellett, hogy lehetővé tegyék a ctDNS mint a biopsziák nem invazív alternatívája szerepének korrelációját és validálását. Az alapvonali expressziós profiloknak a kezelési eredményekhez való viszonyítása minden egyes beteg esetében elősegíti a gyógyszeres terápia optimalizálását a betegek kiválasztásának és monitorozásának javításával. Ez a projekt az emlőrák, a vastagbélrák és a neuroendokrin daganatok területén már folyamatban lévő plazmagenomikai kezdeményezésekre épül.

A biopszia célszerűségével és a mintavétel helyével kapcsolatos minden döntés a résztvevőkért elsődlegesen felelős klinikus(ok) belátása szerint történik. A betegnek teljes körűen elmagyarázzák a további friss daganatminták lehetséges kockázatait és előnyeit a visszaesés vagy a gyógyszerrezisztencia kialakulásakor. A friss daganat kinyerésére irányuló biopsziához való beleegyezés teljes mértékben önkéntes, és nem befolyásolja a beteg jogosultságát a PROSPER-ben vagy egy kapcsolódó klinikai vizsgálatban való részvételre. A résztvevők bármely szakaszban visszautasíthatják a biopsziát, még akkor is, ha korábban ehhez hozzájárultak. A relapszus utáni biopsziát sebészeti vagy radiológiai úton lehet venni, attól függően, hogy a megvalósíthatóság és milyen egyéb beavatkozások zajlanak a standard ellátás részeként. Az izolált relapszusban szenvedő betegek kis része műtéten eshet át, és ebben a forgatókönyvben ebben az időben mintákat gyűjtenek. Ha a biopsziát radiológiailag kell elvégezni, legalább három 14-16 gauge core tumor biopsziát vesznek.

A PROSPER felméri egy profilalkotási program klinikai jelentőségét és megvalósíthatóságát. A haszon mértéke magában foglalja a klinikai vizsgálat részeként kezelt betegek százalékos arányát; a molekuláris aberrációk alapján célzott terápiában részesülő betegek száma; és a molekuláris információk integrálása a gyakorlatba. A vizsgálat célja 50-100 beteg profilozása az első évben. Az aucklandi kórházban évente 150 új petefészek-, méhnyak- vagy méhnyálkahártyarákos beteget kezelnek. Ezenkívül évente 100-150 visszaeső betegségben szenvedő beteget kezelnek. Ez nagy populációt hoz létre, amely jogosult lesz erre a projektre.

Létrejön egy biztonságos PROSPER adatbázis a betegek klinikai adatainak nyilvántartására. A tanulmány teljes időtartama alatt az adatkezelési folyamatokat a helyi szabványos működési szabályoknak megfelelően követik, az adatok minőségének és biztonságának maximalizálása érdekében.

A rendszerleíró adatbázis jelszóval védett, és csak regisztrált felhasználók számára érhető el. A betegeket PROSPER-be való felvételre utaló orvosok azonosítható formátumban tekinthetik meg pácienseik eredményeit a klinikai döntéshozatal során. Más regisztrált orvosok az összes többi betegadatot azonosítatlan módon láthatják, így megtekinthetik a hasonló betegek klinikai adatait és vizsgálati eredményeit. Ha a vizsgálat részeként a betegek adatait külföldre küldik, csak az azonosítatlan adatokat küldik el.

Megfelelő lépéseket kell tenni az egészségügyi információk elvesztése, jogosulatlan hozzáférése, felhasználása, módosítása, nyilvánosságra hozatala vagy más visszaélés ellen. A szövetek begyűjtése során a páciens adatait azonosítják, és minden résztvevőhöz új egyedi alfanumerikus azonosítót rendelnek minden szövetmintához. Az egyének azonosítása csak egy törzsindexre való hivatkozással lesz lehetséges, amelyet nyomtatott példányon, egy zárt fájlban, biztonságos területen, valamint egy jelszóval védett titkosított adatbázisban tárolnak. Ha szövetet vagy izolált molekuláris termékeket speciális tudományos vizsgálatok céljából külföldre küldenek, csak az anonimizált vizsgálati azonosítót kell megadni.

A klinikai adatokat a vezető kutató, a projektmenedzser, a helyi klinikai vezető vagy más egészségügyi szakember gyűjti a helyi klinikai vezető jóváhagyásával a betegek egészségügyi feljegyzéseiből egy jelszóval védett központi adatbázisba, amely az Egyetem felelőssége alatt található biztonságos szerveren található. az aucklandi. Az adatbázisból való kinyerés helyén minden adatot azonosítunk minden elemzés előtt.

A jelen tanulmányból származó publikációk nem tartalmaznak közvetlenül azonosítható információkat, és az NHI-számokat, születési dátumokat vagy a donorok nevét sem osztják meg a munkatársakkal, kivéve a beteg ellátásában részt vevő munkatársakat.

A betegellátásban részt vevő klinikusok hozzáférhetnek a profilalkotás eredményeihez, ha a betegek ehhez hozzájárultak.