Profilage des patients en oncologie dans le cadre des soins cliniques et de la recherche (PROSPER)

PROSPER est un projet pilote qui évaluera la capacité d'intégrer les résultats génomiques dans les soins aux patients et la recherche.

Tous les patients auront accepté d'être impliqués. La participation sera entièrement volontaire. Les patients atteints de cancers gynécologiques ou les patients potentiellement éligibles pour un essai de phase I qui reçoivent des soins contre le cancer en oncologie médicale à l'hôpital d'Auckland seront approchés pour envisager de participer à cette étude. Tous les patients âgés de plus de 18 ans et potentiellement éligibles à un traitement ultérieur (traitement standard ou dans le cadre d'un essai clinique) seront pris en compte.

Les patients qui acceptent de participer à PROSPER fourniront des échantillons tumoraux archivés (tumeur primaire et/ou métastase ; bloc tumoral ou 15 à 20 lames non colorées incluses en paraffine [minimum de 15 lames non colorées si le bloc n'est pas disponible], plus une lame colorée H&E). Le profilage moléculaire sera effectué à l'Université d'Auckland en tirant parti de l'expertise locale. Une approche de séquençage d'ADN par capture d'hybridation obtenant une couverture de 500x à 1000x d'un panel de 578 gènes de cancer sera utilisée. Cette approche a récemment été utilisée pour analyser avec succès plus de 40 tissus tumoraux et normaux FFPE appariés par le laboratoire de l'Université d'Auckland du professeur Cristin Print (panel complet sur le cancer NimbleGen). Le tissu tumoral qui reste après le profilage moléculaire sera mis en banque (avec le consentement des patients) et pourra faire l'objet d'une analyse de séquençage génomique supplémentaire (par ex. séquençage du génome entier), analyse de l'expression de l'ARN (Affymetrix Primeview), analyse de l'expression des protéines (par ex. Western blot, IHC) et/ou analyse du nombre de copies d'ADN (par ex. array CGH, PCR quantitative, FISH) en fonction des ressources disponibles. Seuls les résultats validés de ces analyses seront communiqués aux médecins traitants et mis à disposition dans les dossiers des patients.

Les patients doivent accepter de fournir du sang total pour la biobanque. Cela fournira une source d'ADN normal pour la différenciation des changements moléculaires constitutionnels par rapport aux changements moléculaires somatiques (tumeurs). Des échantillons de sang seront également utilisés pour détecter l'ADN tumoral circulant afin de l'évaluer comme une alternative aux biopsies fraîches.

Sur documentation de la rechute, les patients seront invités (si possible) à fournir une biopsie tumorale et un échantillon de sang pour un profilage plus approfondi. Alors que les biopsies deviennent une exigence de plus en plus courante dans les essais cliniques, la volonté des patients, la sécurité des procédures et l'acquisition de tissus utiles sont des éléments essentiels du succès. Chez les patientes atteintes d'un cancer séreux de l'ovaire de haut grade, les biopsies de recherche se sont révélées sûres et réalisables. Dans ce projet, les chercheurs recueilleront l'ADNc (ADN tumoral circulant) parallèlement aux biopsies tumorales pour permettre la corrélation et la validation du rôle de l'ADNc comme alternative non invasive aux biopsies. Relier les profils d'expression de base aux résultats du traitement pour chaque patient aidera à optimiser la pharmacothérapie en améliorant la sélection et le suivi des patients. Ce projet s'appuiera sur des initiatives de génomique plasmatique déjà en cours dans les cancers du sein, colorectal et neuroendocrinien.

Toute prise de décision concernant l'opportunité d'une biopsie et le site à prélever sera à la discrétion du ou des cliniciens qui ont la responsabilité des soins primaires pour les participants. Les risques et avantages possibles de l'obtention d'échantillons de tumeurs fraîches supplémentaires au moment de la rechute ou de l'émergence d'une résistance aux médicaments seront pleinement expliqués au patient. Le consentement à subir une biopsie pour obtenir une tumeur fraîche sera entièrement volontaire et n'affectera pas l'éligibilité du patient à participer à PROSPER ou à participer à un essai clinique connexe. Les participants seront autorisés à refuser les biopsies à tout moment, même s'ils y ont consenti auparavant. Les biopsies lors de la rechute peuvent être réalisées chirurgicalement ou radiologiquement selon la faisabilité et les autres interventions entreprises dans le cadre de la norme de soins. Une petite proportion de ces patients présentant une rechute isolée peut subir une intervention chirurgicale et, dans ce scénario, des échantillons seront prélevés à ce moment. Si des biopsies doivent être effectuées par voie radiologique, au moins trois biopsies de tumeur centrale de calibre 14-16 seront prélevées.

PROSPER évaluera l'importance clinique et la faisabilité d'un programme de profilage. Les mesures de bénéfice incluront le pourcentage de patients traités dans le cadre d'un essai clinique ; nombre de patients recevant une thérapie ciblée basée sur des aberrations moléculaires ; et l'intégration des informations moléculaires dans la pratique. L'étude vise à dresser le profil de 50 à 100 patients au cours de la première année. À l'hôpital d'Auckland, 150 nouvelles patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire, du col de l'utérus ou de l'endomètre sont traitées chaque année. De plus, 100 à 150 patients en rechute sont traités chaque année. Cela crée une grande population qui sera éligible pour ce projet.

Une base de données sécurisée PROSPER pour enregistrer les détails cliniques des patients sera établie. Pendant toute la durée de l'étude, les processus de gestion des données seront suivis conformément aux SOP locales, dans le but de maximiser la qualité et la sécurité des données.

Le registre sera protégé par un mot de passe et accessible uniquement aux utilisateurs enregistrés. Les médecins référant des patients pour l'inscription à PROSPER pourront voir chacun des résultats de leur patient dans un format identifiable pour une utilisation dans la prise de décision clinique. D'autres médecins enregistrés pourront voir tous les autres détails du patient de manière anonymisée, ce qui leur permettra de voir les détails cliniques et les résultats d'analyse de patients similaires. Si les informations des patients sont envoyées à l'étranger dans le cadre de l'étude, seules les données anonymisées seront envoyées.

Des mesures appropriées seront prises pour protéger les informations de santé contre la perte, l'accès non autorisé, l'utilisation, la modification ou la divulgation ou toute autre utilisation abusive. Pour la collecte de tissus, les informations sur les patients seront anonymisées et un nouvel identifiant alphanumérique unique sera attribué à chaque participant pour tous les échantillons de tissus. L'identification des personnes ne sera possible que par référence à un fichier maître, qui sera conservé sur support papier dans un dossier verrouillé dans un espace sécurisé, et sur une base de données cryptée et protégée par un mot de passe. Si des tissus ou des produits moléculaires isolés sont envoyés à l'étranger pour des études scientifiques spécialisées, seul l'ID d'étude anonymisé sera fourni.

Les données cliniques seront recueillies par le chercheur principal, le chef de projet, le responsable clinique local ou un autre professionnel de la santé sous l'approbation du responsable clinique local, à partir des dossiers médicaux des patients dans une base de données centrale protégée par mot de passe hébergée sur un serveur sécurisé sous la responsabilité de l'Université. d'Auckland. Toutes les données seront anonymisées au point d'extraction de la base de données avant toute analyse.

Aucune information directement identifiable ne sera incluse dans les publications découlant de cette étude, et les numéros NHI, les dates de naissance ou les noms des donneurs ne seront pas partagés avec les collaborateurs, à l'exception des collaborateurs impliqués dans les soins du patient.

Les cliniciens impliqués dans les soins aux patients auront accès aux résultats du profilage si les patients y ont consenti.