Profilazione dei pazienti oncologici come parte dell'assistenza clinica e della ricerca (PROSPER)

PROSPER è un progetto pilota che valuterà la capacità di integrare i risultati genomici nella cura dei pazienti e nella ricerca.

Tutti i pazienti saranno acconsentiti a essere coinvolti. Il coinvolgimento sarà del tutto volontario. Pazienti con tumori ginecologici o pazienti potenzialmente idonei per uno studio di fase I che stanno ricevendo cure oncologiche in oncologia medica presso l'Auckland City Hospital saranno contattati per prendere in considerazione la partecipazione a questo studio. Saranno presi in considerazione tutti i pazienti che hanno più di 18 anni e potenzialmente idonei per un'ulteriore terapia (standard di cura o come parte di una sperimentazione clinica).

I pazienti che accettano di partecipare a PROSPER forniranno campioni tumorali archiviati (tumore primario e/o metastasi; blocco del tumore o 15-20 vetrini non colorati inclusi in paraffina [minimo 15 vetrini non colorati se il blocco non è disponibile], più un vetrino colorato H&E). Il profilo molecolare sarà eseguito presso l'Università di Auckland avvalendosi delle competenze locali. Verrà utilizzato un approccio di sequenziamento del DNA di cattura dell'ibridazione ottenendo una copertura 500x-1000x di un pannello di 578 geni del cancro. Questo approccio è stato recentemente utilizzato per analizzare con successo oltre 40 tumori accoppiati e tessuti FFPE normali dal laboratorio dell'Università di Auckland del Prof. Cristin Print (pannello completo sul cancro NimbleGen). Il tessuto tumorale che rimane dopo la profilazione molecolare sarà conservato (con il consenso dei pazienti) e potrà essere soggetto ad analisi di sequenziamento genomico aggiuntive (ad es. sequenziamento dell'intero genoma), analisi dell'espressione dell'RNA (Affymetrix Primeview), analisi dell'espressione proteica (ad es. Western blot, IHC) e/o analisi del numero di copie del DNA (ad es. array CGH, PCR quantitativa, FISH) in base alle risorse disponibili. Solo i risultati convalidati di queste analisi saranno trasmessi ai medici curanti e resi disponibili nelle cartelle cliniche dei pazienti.

I pazienti devono accettare di fornire sangue intero per la biobanca. Ciò fornirà una fonte di DNA normale per la differenziazione dei cambiamenti molecolari costituzionali rispetto a quelli somatici (tumorali). Verranno utilizzati anche campioni di sangue per rilevare il DNA tumorale circolante per valutarlo come alternativa alle biopsie fresche.

Sulla documentazione della recidiva, ai pazienti verrà chiesto (ove possibile) di fornire una biopsia del tumore e un campione di sangue per un'ulteriore profilazione. Poiché le biopsie diventano un requisito sempre più comune negli studi clinici, la disponibilità dei pazienti, la sicurezza procedurale e l'acquisizione di tessuto utile sono elementi critici per il successo. Nelle pazienti con carcinoma ovarico sieroso di alto grado, le biopsie di ricerca si sono dimostrate sicure e fattibili. In questo progetto, i ricercatori raccoglieranno il ctDNA (DNA tumorale circolante) insieme alle biopsie tumorali per consentire la correlazione e la convalida del ruolo del ctDNA come alternativa non invasiva alle biopsie. Mettere in relazione i profili di espressione basale con i risultati del trattamento per ciascun paziente contribuirà a ottimizzare la terapia farmacologica migliorando la selezione e il monitoraggio dei pazienti. Questo progetto si baserà su iniziative di genomica plasmatica già in corso nei tumori al seno, colorettali e neuroendocrini.

Tutto il processo decisionale sull'opportunità della biopsia e del sito da campionare sarà a discrezione dei medici che hanno la responsabilità delle cure primarie per i partecipanti. I possibili rischi e benefici derivanti dall'ottenimento di ulteriori campioni tumorali freschi al momento della ricaduta o dell'insorgenza di resistenza ai farmaci saranno spiegati completamente al paziente. Il consenso a sottoporsi a biopsia per ottenere un tumore fresco sarà interamente volontario e non influirà sull'idoneità del paziente a partecipare a PROSPER oa partecipare a una sperimentazione clinica correlata. I partecipanti potranno rifiutare le biopsie in qualsiasi momento, anche se hanno acconsentito in precedenza. Le biopsie alla recidiva possono essere prelevate chirurgicamente o radiologicamente a seconda della fattibilità e di quali altri interventi vengono intrapresi come parte dello standard di cura. Una piccola percentuale di questi pazienti con recidiva isolata può essere sottoposta a intervento chirurgico e in questo scenario verranno raccolti campioni in questo momento. Se le biopsie devono essere eseguite radiologicamente, verranno raccolte almeno tre biopsie del tumore del nucleo di calibro 14-16.

PROSPER valuterà il significato clinico e la fattibilità di un programma di profilazione. Le misure di beneficio includeranno la percentuale di pazienti trattati nell'ambito di una sperimentazione clinica; numero di pazienti sottoposti a terapia mirata basata su aberrazioni molecolari; e l'integrazione delle informazioni molecolari nella pratica. Lo studio mira a profilare 50-100 pazienti nel primo anno. Nell'ospedale di Auckland vengono curati ogni anno 150 nuovi pazienti affetti da carcinoma ovarico, cervicale o endometriale. Inoltre, ogni anno vengono curati 100-150 pazienti con malattia recidivante. Questo crea una grande popolazione che sarà eleggibile per questo progetto.

Verrà creato un database PROSPER sicuro per registrare i dettagli clinici dei pazienti. Per tutta la durata dello studio, i processi di gestione dei dati saranno seguiti in conformità con le SOP locali, nel tentativo di massimizzare la qualità e la sicurezza dei dati.

Il registro sarà protetto da password e accessibile solo agli utenti registrati. I medici che inviano i pazienti per l'arruolamento in PROSPER saranno in grado di visualizzare i risultati di ciascuno dei loro pazienti in un formato identificabile per l'utilizzo nel processo decisionale clinico. Altri medici registrati saranno in grado di vedere tutti gli altri dettagli del paziente in modo non identificato, consentendo loro di visualizzare i dettagli clinici e i risultati del test di pazienti simili. Se le informazioni dei pazienti vengono inviate all'estero come parte dello studio, verranno inviati solo i dati anonimi.

Saranno adottate misure appropriate per proteggere le informazioni sanitarie da perdita, accesso non autorizzato, utilizzo, modifica o divulgazione o altro uso improprio. Per la raccolta del tessuto, le informazioni del paziente verranno anonimizzate e verrà assegnato un nuovo identificatore alfanumerico univoco a ciascun partecipante per tutti i campioni di tessuto. L'identificazione delle persone sarà possibile solo facendo riferimento a un indice principale, che sarà conservato su supporto cartaceo in un file bloccato in un'area sicura e su un database crittografato protetto da password. Se tessuti o prodotti molecolari isolati vengono inviati all'estero per studi scientifici specializzati, verrà fornito solo l'ID dello studio reso anonimo.

I dati clinici saranno raccolti dal ricercatore principale, dal project manager, dal capo clinico locale o da altro professionista sanitario sotto l'approvazione del capo clinico locale, dalle cartelle cliniche dei pazienti in un database centrale protetto da password ospitato su un server sicuro sotto la responsabilità dell'Università di Auckland. Tutti i dati saranno anonimizzati al momento dell'estrazione dal database prima di qualsiasi analisi.

Nessuna informazione direttamente identificabile sarà inclusa nelle pubblicazioni derivanti da questo studio, né i numeri NHI, le date di nascita o i nomi dei donatori saranno condivisi con i collaboratori, ad eccezione dei collaboratori coinvolti nella cura del paziente.

I medici coinvolti nella cura del paziente avranno accesso ai risultati della profilazione se i pazienti hanno fornito il consenso per questo.