Profilering av onkologiska patienter som en del av klinisk vård och forskning (PROSPER)

PROSPER är ett pilotprojekt som ska bedöma förmågan att integrera genomiska resultat i patientvård och forskning.

Alla patienter kommer att samtyckas till att vara involverade. Engagemanget kommer att vara helt frivilligt. Patienter med gynekologisk cancer eller patienter som potentiellt är kvalificerade för en fas I-studie som får cancervård under medicinsk onkologi vid Auckland City Hospital kommer att kontaktas för att överväga deltagande i denna studie. Alla patienter som är över 18 och potentiellt kvalificerade för ytterligare terapi (standardvård eller som en del av en klinisk prövning) kommer att övervägas.

Patienter som går med på att delta i PROSPER kommer att tillhandahålla arkiverade tumörprover (primär tumör och/eller metastaser; tumörblock eller 15-20 ofärgade paraffininbäddade objektglas [minst 15 ofärgade objektglas om block ej tillgängligt], plus ett H&E-färgat objektglas). Molekylär profilering kommer att utföras vid University of Auckland med utnyttjande av lokal expertis. En hybridiseringsmetod för infångning av DNA-sekvensering som ger 500x-1000x täckning av en panel av 578 cancergener kommer att användas. Denna metod har nyligen använts för att framgångsrikt analysera över 40 parade tumörer och normala FFPE-vävnader av professor Cristin Prints laboratorium vid University of Auckland (NimbleGen omfattande cancerpanel). Tumörvävnad som finns kvar efter molekylär profilering kommer att lagras (med patientens samtycke) och kan bli föremål för ytterligare genomisk sekvenseringsanalys (t. helgenomsekvensering), RNA-expressionsanalys (Affymetrix Primeview), proteinexpressionsanalys (t.ex. Western blot, IHC) och/eller DNA-kopiatalanalys (t.ex. array CGH, kvantitativ PCR, FISH) baserat på tillgängliga resurser. Endast validerade resultat av dessa analyser kommer att förmedlas till behandlande läkare och göras tillgängliga i patientjournaler.

Patienterna måste gå med på att tillhandahålla helblod för biobanking. Detta kommer att tillhandahålla en källa till normalt DNA för differentiering av konstitutionella kontra somatiska (tumör) molekylära förändringar. Blodprover kommer också att användas för att detektera cirkulerande tumör-DNA för att bedöma detta som ett alternativ till färska biopsier.

Vid dokumentation av återfall kommer patienter att uppmanas (där det är möjligt) att tillhandahålla en tumörbiopsi och ett blodprov för ytterligare profilering. Eftersom biopsier blir ett allt vanligare krav i kliniska prövningar, är patienters vilja, procedursäkerhet och användbar vävnadsinsamling avgörande framgångsfaktorer. Hos patienter med höggradig serös äggstockscancer har forskningsbiopsier visat sig vara säkra och genomförbara. I detta projekt kommer utredarna att samla in ctDNA (cirkulerande tumör-DNA) tillsammans med tumörbiopsier för att möjliggöra korrelation och validering av ctDNA:s roll som ett icke-invasivt alternativ till biopsier. Att relatera baslinjeuttrycksprofiler till behandlingsresultat för varje patient kommer att hjälpa till att optimera läkemedelsbehandlingen genom att förbättra patienturval och övervakning. Detta projekt kommer att bygga på genomiska plasmainitiativ som redan pågår inom bröst-, kolorektal- och neuroendokrina cancerformer.

Allt beslutsfattande om lämpligheten av biopsi och provtagningsställe kommer att fattas av läkaren/läkaren som har primärvårdsansvaret för deltagarna. De möjliga riskerna och fördelarna med att erhålla ytterligare färska tumörprover vid tidpunkten för återfall eller uppkomst av läkemedelsresistens kommer att förklaras fullständigt för patienten. Samtycke att genomgå en biopsi för att få en ny tumör kommer att vara helt frivilligt och kommer inte att påverka patientens behörighet att delta i PROSPER eller att delta i en relaterad klinisk prövning. Deltagare kommer att tillåtas att tacka nej till biopsier när som helst, även om de har samtyckt tidigare. Biopsier vid återfall kan tas kirurgiskt eller radiologiskt beroende på genomförbarhet och vilka andra ingrepp som görs som en del av standardvården. En liten del av dessa patienter med isolerat återfall kan genomgå operation och i detta scenario kommer prover att samlas in vid denna tidpunkt. Om biopsier ska göras radiologiskt kommer minst tre 14-16 gauge kärntumörbiopsier att samlas in.

PROSPER kommer att bedöma den kliniska betydelsen och genomförbarheten av ett profileringsprogram. Mått på nyttan kommer att omfatta procentandelen patienter som behandlas som en del av en klinisk prövning; antal patienter som får riktad terapi baserad på molekylära avvikelser; och integration av molekylär information i praktiken. Studien syftar till att profilera 50-100 patienter under det första året. På Auckland Hospital behandlas årligen 150 nya patienter med äggstockscancer, livmoderhalscancer eller endometriecancer. Dessutom behandlas 100-150 patienter med återfall varje år. Detta skapar en stor befolkning som kommer att vara berättigad till detta projekt.

En säker PROSPER-databas för att registrera patienters kliniska uppgifter kommer att upprättas. Under hela studiens varaktighet kommer datahanteringsprocesser att följas i enlighet med lokala SOP, i ett försök att maximera datakvalitet och säkerhet.

Registret kommer att vara lösenordsskyddat och endast tillgängligt för registrerade användare. Läkare som hänvisar patienter för inskrivning i PROSPER kommer att kunna se var och en av deras patients resultat i ett identifierbart format för användning i kliniskt beslutsfattande. Andra registrerade läkare kommer att kunna se alla andra patientdetaljer på ett avidentifierat sätt så att de kan se kliniska detaljer och analysresultat för liknande patienter. Om patientinformation skickas utomlands som en del av studien kommer endast avidentifierade data att skickas.

Lämpliga åtgärder kommer att vidtas för att skydda hälsoinformation mot förlust, obehörig åtkomst, användning, modifiering eller avslöjande eller annan missbruk. För insamling av vävnad kommer patientinformation att avidentifieras och en ny unik alfanumerisk identifierare kommer att tilldelas varje deltagare för alla vävnadsprover. Identifiering av individer kommer endast att vara möjlig genom hänvisning till ett huvudindex, som kommer att förvaras på papperskopia i en låst fil i ett säkert område, och på en lösenordsskyddad krypterad databas. Om vävnad eller isolerade molekylära produkter skickas utomlands för specialiserade vetenskapliga studier, skulle endast det anonymiserade studie-ID:t tillhandahållas.

Klinisk data kommer att samlas in av huvudutredaren, projektledaren, lokal klinisk ledare eller annan hälso- och sjukvårdspersonal under godkännande av den lokala kliniska ledaren, från patienternas journaler till en lösenordsskyddad central databas inrymd på en säker server under universitetets ansvar av Auckland. All data kommer att avidentifieras vid utvinningspunkten från databasen före eventuell analys.

Ingen direkt identifierbar information kommer att inkluderas i publikationer som härrör från denna studie, inte heller kommer NHI-nummer, födelsedatum eller namn på donatorer att delas med medarbetare, med undantag för medarbetare som är involverade i vården av patienten.

Kliniker som är involverade i patientvården kommer att ha tillgång till profileringsresultaten om patienterna har gett sitt samtycke till detta.