Profilering af onkologiske patienter som en del af klinisk pleje og forskning (PROSPER)

PROSPER er et pilotprojekt, der skal vurdere evnen til at integrere genomiske resultater i patientbehandling og forskning.

Alle patienter vil få samtykke til at blive involveret. Inddragelsen vil være helt frivillig. Patienter med gynækologisk kræft eller patienter, der potentielt er kvalificerede til et fase I-forsøg, som modtager kræftbehandling under medicinsk onkologi på Auckland City Hospital, vil blive kontaktet for at overveje deltagelse i denne undersøgelse. Alle patienter, der er over 18 og potentielt kvalificerede til yderligere behandling (standardbehandling eller som en del af et klinisk forsøg) vil blive overvejet.

Patienter, der accepterer at deltage i PROSPER, vil give arkiverede tumorprøver (primær tumor og/eller metastase; tumorblok eller 15-20 ufarvede paraffinindlejrede objektglas [minimum 15 ufarvede objektglas, hvis blok ikke tilgængelig], plus et H&E-farvet objektglas). Molekylær profilering vil blive udført på University of Auckland ved at drage fordel af lokal ekspertise. En hybridiseringsindfangnings-DNA-sekventeringsmetode, der opnår 500x-1000x dækning af et panel af 578 cancergener, vil blive brugt. Denne tilgang er for nylig blevet brugt til med succes at analysere over 40 parrede tumor- og normale FFPE-væv af prof. Cristin Prints laboratorium ved University of Auckland (NimbleGen omfattende cancerpanel). Tumorvæv, der er tilbage efter molekylær profilering, vil blive banket (med patientens samtykke) og kan blive genstand for yderligere genomisk sekventeringsanalyse (f.eks. helgenomsekventering), RNA-ekspressionsanalyse (Affymetrix Primeview), proteinekspressionsanalyse (f.eks. Western blot, IHC) og/eller DNA-kopinummeranalyse (f.eks. array CGH, kvantitativ PCR, FISH) baseret på tilgængelige ressourcer. Kun validerede resultater af disse analyser vil blive formidlet til behandlende læger og gjort tilgængelige i patienternes journaler.

Patienterne skal acceptere at levere fuldblod til biobanking. Dette vil give en kilde til normalt DNA til differentiering af konstitutionelle versus somatiske (tumor) molekylære ændringer. Blodprøver vil også blive brugt til at påvise cirkulerende tumor-DNA for at vurdere dette som et alternativ til friske biopsier.

Ved dokumentation af tilbagefald vil patienter blive bedt (hvor det er muligt) om at give en tumorbiopsi og blodprøve til yderligere profilering. Efterhånden som biopsier bliver et mere og mere almindeligt krav i kliniske forsøg, er patienters villighed, proceduremæssig sikkerhed og nyttig vævsopsamling kritiske elementer for succes. Hos patienter med serøs ovariecancer af høj kvalitet har det vist sig, at biopsier er sikre og gennemførlige. I dette projekt vil efterforskere indsamle ctDNA (cirkulerende tumor-DNA) sammen med tumorbiopsier for at muliggøre korrelation og validering af ctDNA's rolle som et ikke-invasivt alternativ til biopsier. At relatere basislinjeekspressionsprofiler til behandlingsresultater for hver patient vil hjælpe med at optimere lægemiddelbehandlingen ved at forbedre patientvalg og monitorering. Dette projekt vil bygge på plasma genomiske initiativer, der allerede er i gang inden for bryst-, kolorektal- og neuroendokrine kræftformer.

Al beslutningstagning om tilrådeligheden af ​​en biopsi og det sted, der skal prøves, vil være efter klinikerens skøn, som har det primære plejeansvar for deltagerne. De mulige risici og fordele ved at få yderligere friske tumorprøver på tidspunktet for tilbagefald eller fremkomst af lægemiddelresistens vil blive forklaret fuldstændigt for patienten. Samtykke til at gennemgå en biopsi for at få frisk tumor vil være helt frivilligt og vil ikke påvirke patientens berettigelse til at deltage i PROSPER eller til at deltage i et relateret klinisk forsøg. Deltagerne får lov til at afslå biopsier på et hvilket som helst tidspunkt, selvom de tidligere har givet sit samtykke. Biopsier ved tilbagefald kan tages kirurgisk eller radiologisk afhængigt af gennemførligheden og hvilke andre indgreb, der foretages som en del af standardbehandlingen. En lille del af disse patienter med isoleret tilbagefald kan blive opereret, og i dette scenarie vil der blive indsamlet prøver på dette tidspunkt. Hvis biopsier skal udføres radiologisk, vil der blive indsamlet mindst tre 14-16 gauge kernetumorbiopsier.

PROSPER vil vurdere den kliniske betydning og gennemførlighed af et profileringsprogram. Mål for fordele vil omfatte procentdelen af ​​patienter, der behandles som en del af et klinisk forsøg; antal patienter, der modtager målrettet behandling baseret på molekylære aberrationer; og integration af molekylær information i praksis. Undersøgelsen har til formål at profilere 50-100 patienter i det første år. På Auckland Hospital behandles 150 nye patienter med kræft i æggestokkene, livmoderhalsen eller endometrie årligt. Derudover behandles 100-150 patienter med recidiverende sygdom hvert år. Dette skaber en stor befolkning, der vil være berettiget til dette projekt.

Der vil blive etableret en sikker PROSPER-database til registrering af patienters kliniske detaljer. Gennem hele undersøgelsens varighed vil datahåndteringsprocesser blive fulgt i overensstemmelse med lokale SOP'er i et forsøg på at maksimere datakvalitet og sikkerhed.

Registret vil være adgangskodebeskyttet og kun tilgængeligt for registrerede brugere. Læger, der henviser patienter til tilmelding til PROSPER, vil være i stand til at se hver af deres patients resultater i et identificerbart format til brug i klinisk beslutningstagning. Andre registrerede læger vil være i stand til at se alle andre patientoplysninger på en afidentificeret måde, så de kan se kliniske detaljer og analyseresultater for lignende patienter. Hvis patientoplysninger sendes til udlandet som en del af undersøgelsen, vil der kun blive sendt afidentificerede data.

Der vil blive taget passende skridt for at beskytte helbredsoplysninger mod tab, uautoriseret adgang, brug, ændring eller offentliggørelse eller anden misbrug. Til indsamling af væv vil patientoplysninger blive afidentificeret, og en ny unik alfanumerisk identifikator vil blive tildelt hver deltager for alle vævsprøver. Identifikation af enkeltpersoner vil kun være mulig ved henvisning til et hovedindeks, som opbevares på papir i en låst fil i et sikkert område, og på en kodeordsbeskyttet krypteret database. Hvis væv eller isolerede molekylære produkter sendes til udlandet til specialiserede videnskabelige undersøgelser, vil kun det anonymiserede undersøgelses-id blive oplyst.

Kliniske data vil blive indsamlet af den primære investigator, projektleder, lokal klinisk leder eller anden sundhedsprofessionel under godkendelse af den lokale kliniske leder, fra patienters medicinske journaler til en adgangskodebeskyttet central database placeret på en sikker server under ansvar af universitetet af Auckland. Alle data vil blive afidentificeret på udtrækspunktet fra databasen før enhver analyse.

Ingen direkte identificerbare oplysninger vil blive inkluderet i publikationer, der stammer fra denne undersøgelse, og NHI-numre, fødselsdatoer eller navne på donorer vil heller ikke blive delt med samarbejdspartnere, med undtagelse af samarbejdspartnere, der er involveret i plejen af ​​patienten.

Klinikere, der er involveret i patientbehandling, vil have adgang til profileringsresultaterne, hvis patienterne har givet samtykke hertil.