Profilering av onkologiske pasienter som en del av klinisk omsorg og forskning (PROSPER)

PROSPER er et pilotprosjekt som skal vurdere evnen til å integrere genomiske resultater i pasientbehandling og forskning.

Alle pasienter vil få samtykke til å bli involvert. Engasjement vil være helt frivillig. Pasienter med gynekologisk kreft eller pasienter som potensielt er kvalifisert for en fase I-studie som mottar kreftbehandling under medisinsk onkologi ved Auckland City Hospital, vil bli kontaktet for å vurdere deltakelse i denne studien. Alle pasienter som er over 18 og potensielt kvalifisert for videre behandling (standardbehandling eller som del av en klinisk studie) vil bli vurdert.

Pasienter som godtar å delta i PROSPER vil gi arkiverte tumorprøver (primær tumor og/eller metastase; tumorblokk eller 15-20 ufargede parafininnstøpte objektglass [minimum 15 ufargede objektglass hvis blokk ikke tilgjengelig], pluss ett H&E-farget objektglass). Molekylær profilering vil bli utført ved University of Auckland ved å dra nytte av lokal ekspertise. En hybridiserings-fangst-DNA-sekvenseringsmetode som oppnår 500x-1000x dekning av et panel med 578 kreftgener vil bli brukt. Denne tilnærmingen har nylig blitt brukt til å lykkes med å analysere over 40 sammenkoblede tumor- og normalt FFPE-vev av professor Cristin Prints laboratorium ved University of Auckland (NimbleGen omfattende kreftpanel). Tumorvev som gjenstår etter molekylær profilering vil bli banket (med pasientens samtykke) og kan bli gjenstand for ytterligere genomisk sekvenseringsanalyse (f.eks. helgenomsekvensering), RNA-ekspresjonsanalyse (Affymetrix Primeview), proteinekspresjonsanalyse (f.eks. Western blot, IHC) og/eller DNA-kopinummeranalyse (f.eks. array CGH, quantitative PCR, FISH) basert på tilgjengelige ressurser. Kun validerte resultater av disse analysene vil bli formidlet til behandlende leger og gjort tilgjengelig i pasientjournaler.

Pasienter må godta å gi fullblod til biobanking. Dette vil gi en kilde til normalt DNA for differensiering av konstitusjonelle versus somatiske (tumor) molekylære endringer. Blodprøver vil også bli brukt til å påvise sirkulerende tumor-DNA for å vurdere dette som et alternativ til ferske biopsier.

Ved dokumentasjon av tilbakefall vil pasienter bli bedt (der det er mulig) om å gi en tumorbiopsi og blodprøve for videre profilering. Ettersom biopsier blir et stadig mer vanlig krav i kliniske studier, er vilje hos pasienter, prosedyresikkerhet og nyttig vevsinnsamling kritiske elementer for suksess. Hos pasienter med høy grad av serøs eggstokkreft har forskningsbiopsier vist seg å være trygge og mulige. I dette prosjektet vil etterforskere samle inn ctDNA (sirkulerende tumor-DNA) sammen med tumorbiopsier for å tillate korrelasjon og validering av rollen til ctDNA som et ikke-invasivt alternativ til biopsier. Å knytte grunnlinjeekspresjonsprofiler til behandlingsresultater for hver pasient vil bidra til å optimalisere medikamentbehandlingen ved å forbedre pasientvalg og overvåking. Dette prosjektet vil bygge på plasmagenomiske initiativer som allerede er i gang innen brystkreft, kolorektal og nevroendokrine kreftformer.

All beslutningstaking om tilrådligheten av biopsi og sted som skal prøves vil være etter skjønn av klinikeren(e) som har primæromsorgsansvaret for deltakerne. De mulige risikoene og fordelene ved å skaffe ytterligere friske tumorprøver ved tilbakefall eller fremkomst av medikamentresistens, vil bli fullstendig forklart for pasienten. Samtykke til å gjennomgå en biopsi for å få ny svulst vil være helt frivillig og vil ikke påvirke pasientens berettigelse til å delta i PROSPER eller til å delta i en relatert klinisk studie. Deltakere vil få lov til å avslå biopsier når som helst, selv om de har samtykket tidligere. Biopsier ved tilbakefall kan tas kirurgisk eller radiologisk avhengig av gjennomførbarhet og hvilke andre intervensjoner som blir utført som en del av standardbehandling. En liten andel av disse pasientene med isolert tilbakefall kan gjennomgå kirurgi og i dette scenariet vil prøver bli samlet inn på dette tidspunktet. Dersom biopsier skal utføres radiologisk, vil det bli tatt inn minst tre 14-16 gauge kjernetumorbiopsier.

PROSPER vil vurdere den kliniske betydningen og gjennomførbarheten av et profileringsprogram. Mål for nytte vil inkludere prosentandelen av pasienter som behandles som en del av en klinisk studie; antall pasienter som mottar målrettet terapi basert på molekylære aberrasjoner; og integrering av molekylær informasjon i praksis. Studien tar sikte på å profilere 50-100 pasienter det første året. I Auckland Hospital behandles 150 nye pasienter med eggstok-, livmorhals- eller endometriekreft årlig. I tillegg behandles 100-150 pasienter med residiverende sykdom hvert år. Dette skaper en stor befolkning som vil være kvalifisert for dette prosjektet.

En sikker PROSPER-database for å registrere pasientenes kliniske detaljer vil bli etablert. Gjennom hele studiens varighet vil databehandlingsprosesser følges i samsvar med lokale SOP-er, i et forsøk på å maksimere datakvalitet og sikkerhet.

Registeret vil være passordbeskyttet og kun tilgjengelig for registrerte brukere. Leger som henviser pasienter for registrering i PROSPER vil kunne se hver av pasientens resultater i et identifiserbart format for bruk i klinisk beslutningstaking. Andre registrerte leger vil kunne se alle andre pasientdetaljer på en avidentifisert måte, slik at de kan se kliniske detaljer og analyseresultater for lignende pasienter. Hvis pasientopplysninger sendes til utlandet som en del av studien, vil kun avidentifiserte data bli sendt.

Hensiktsmessige skritt vil bli tatt for å beskytte helseinformasjon mot tap, uautorisert tilgang, bruk, modifikasjon eller avsløring eller annen misbruk. For innsamling av vev vil pasientinformasjon bli avidentifisert og en ny unik alfanumerisk identifikator vil bli tildelt hver deltaker for alle vevsprøver. Identifikasjon av enkeltpersoner vil kun være mulig ved referanse til en hovedindeks, som vil bli lagret på papir i en låst fil i et sikkert område, og på en passordbeskyttet kryptert database. Hvis vev eller isolerte molekylære produkter sendes til utlandet for spesialiserte vitenskapelige studier, vil bare den anonymiserte studie-ID-en bli oppgitt.

Kliniske data vil bli samlet inn av hovedetterforsker, prosjektleder, lokal klinisk leder eller annen helsepersonell under godkjenning av den lokale kliniske lederen, fra pasientenes medisinske journaler til en passordbeskyttet sentral database plassert på en sikker server under ansvar av universitetet av Auckland. Alle data vil bli avidentifisert ved utvinningspunktet fra databasen før enhver analyse.

Ingen direkte identifiserbar informasjon vil bli inkludert i publikasjoner som kommer fra denne studien, og heller ikke NHI-nummer, fødselsdato eller navn på givere vil bli delt med samarbeidspartnere, med unntak av samarbeidspartnere som er involvert i omsorgen for pasienten.

Klinikere involvert i pasientbehandling vil ha tilgang til profileringsresultatene dersom pasienter har gitt samtykke til dette.