Onkologisten potilaiden profilointi osana kliinistä hoitoa ja tutkimusta (PROSPER)

PROSPER on pilottiprojekti, jossa arvioidaan kykyä integroida genomituloksia potilaiden hoitoon ja tutkimukseen.

Kaikille potilaille annetaan suostumus osallistumiseen. Osallistuminen tulee olemaan täysin vapaaehtoista. Potilaita, joilla on gynekologinen syöpä tai potilaat, jotka voivat mahdollisesti osallistua vaiheen I tutkimukseen ja jotka saavat syöpähoitoa lääketieteellisessä onkologiassa Auckland City Hospitalissa, pyydetään harkitsemaan osallistumista tähän tutkimukseen. Kaikki potilaat, jotka ovat yli 18-vuotiaita ja mahdollisesti oikeutettuja jatkohoitoon (normaalihoito tai osana kliinistä tutkimusta), otetaan huomioon.

Potilaat, jotka suostuvat osallistumaan PROSPERiin, toimittavat arkistoidut kasvainnäytteet (primaarinen kasvain ja/tai etäpesäke; tuumorilohko tai 15–20 värjäämätöntä parafiiniin upotettua objektilasia [vähintään 15 värjäämätöntä objektilasia, jos lohkoa ei ole saatavilla] sekä yksi H&E-värjätty objektilasi). Molekyyliprofilointi suoritetaan Aucklandin yliopistossa paikallista asiantuntemusta hyödyntäen. Käytetään hybridisaatiokaappaus-DNA-sekvensointimenetelmää, jolla saadaan 500x-1000x kattavuus 578 syöpägeenin paneelille. Professori Cristin Printin Aucklandin yliopiston laboratorio (NimbleGenin kattava syöpäpaneeli) on äskettäin käyttänyt tätä lähestymistapaa menestyksekkäästi yli 40 parillisen kasvaimen ja normaalin FFPE-kudoksen analysointiin. Kasvainkudos, joka jää jäljelle molekyyliprofiloinnin jälkeen, tallennetaan (potilaan suostumuksella) ja sille voidaan tehdä lisägenomisekvensointianalyysi (esim. koko genomin sekvensointi), RNA-ekspressioanalyysi (Affymetrix Primeview), proteiinien ilmentymisanalyysi (esim. Western blot, IHC) ja/tai DNA-kopiolukuanalyysi (esim. array CGH, kvantitatiivinen PCR, FISH) käytettävissä olevien resurssien perusteella. Vain validoidut näiden analyysien tulokset välitetään hoitaville lääkäreille ja ne asetetaan saataville potilaiden asiakirjoihin.

Potilaiden on suostuttava toimittamaan kokoverta biopankkia varten. Tämä tarjoaa normaalin DNA:n lähteen perustuslaillisten ja somaattisten (kasvain) molekyylimuutosten erottamiseen. Verinäytteitä käytetään myös kiertävän kasvain-DNA:n havaitsemiseen tämän arvioimiseksi vaihtoehtona tuoreille biopsioille.

Relapsien dokumentoinnin yhteydessä potilaita pyydetään (jos mahdollista) toimittamaan kasvainbiopsia ja verinäyte jatkoprofilointia varten. Koska biopsiasta tulee yhä yleisempi vaatimus kliinisissä tutkimuksissa, potilaiden halukkuus, toimenpiteiden turvallisuus ja hyödyllinen kudosten hankinta ovat kriittisiä onnistumisen tekijöitä. Potilailla, joilla on korkea-asteinen seroosi munasarjasyöpä, tutkimusbiopsiat on osoitettu turvallisiksi ja mahdollisiksi. Tässä projektissa tutkijat keräävät ctDNA:ta (kierrettävä kasvain-DNA) kasvainbiopsioiden rinnalle mahdollistaakseen ctDNA:n roolin korreloinnin ja validoinnin non-invasiivisena vaihtoehtona biopsioille. Perustason ilmentymisprofiilien suhteuttaminen kunkin potilaan hoitotuloksiin auttaa optimoimaan lääkehoitoa parantamalla potilaan valintaa ja seurantaa. Tämä projekti perustuu plasmagenomialoitteisiin, jotka ovat jo käynnissä rinta-, paksusuolen- ja neuroendokriinisyövän hoidossa.

Kaikki päätöksenteko biopsian ja näytteenottopaikan tarkoituksenmukaisuudesta on osallistujista ensisijaista hoitoa vastaavan kliinikon tai lääkärien harkinnassa. Potilaalle selitetään täysin mahdolliset riskit ja hyödyt uusien kasvainnäytteiden ottamisesta uusiutumisen tai lääkeresistenssin ilmaantuessa. Suostumus biopsiaan uuden kasvaimen saamiseksi on täysin vapaaehtoinen, eikä se vaikuta potilaan kelpoisuuteen osallistua PROSPERiin tai siihen liittyvään kliiniseen tutkimukseen. Osallistujat voivat kieltäytyä biopsiasta missä tahansa vaiheessa, vaikka he olisivat aiemmin suostuneet. Biopsiat uusiutumisen yhteydessä voidaan ottaa kirurgisesti tai radiologisesti riippuen toteutettavuudesta ja siitä, mitä muita interventioita tehdään osana normaalia hoitoa. Pieni osa näistä potilaista, joilla on eristetty uusiutuminen, voidaan joutua leikkaukseen, ja tässä skenaariossa näytteet kerätään tällä hetkellä. Jos biopsiat on tehtävä radiologisesti, otetaan vähintään kolme 14-16 gauge -ytimen kasvainbiopsiaa.

PROSPER arvioi profilointiohjelman kliinisen merkityksen ja toteutettavuuden. Hyötymittaukset sisältävät kliinisen tutkimuksen osana hoidettujen potilaiden prosenttiosuuden; potilaiden määrä, jotka saavat kohdennettua molekyylipoikkeavuuksiin perustuvaa hoitoa; ja molekyylitiedon integrointi käytännössä. Tutkimuksen tavoitteena on profiloida 50-100 potilasta ensimmäisen vuoden aikana. Aucklandin sairaalassa hoidetaan vuosittain 150 uutta potilasta, joilla on munasarja-, kohdunkaulan tai endometriumin syöpä. Lisäksi hoidetaan vuosittain 100-150 potilasta, joilla on uusiutunut sairaus. Tämä luo suuren väestön, joka on oikeutettu tähän hankkeeseen.

Potilaiden kliinisten tietojen rekisteröintiä varten perustetaan suojattu PROSPER-tietokanta. Tiedonhallintaprosesseja seurataan koko tutkimuksen ajan paikallisten SOP-ohjeiden mukaisesti tiedon laadun ja turvallisuuden maksimoimiseksi.

Rekisteri on suojattu salasanalla ja vain rekisteröityneille käyttäjille. Lääkärit, jotka lähettävät potilaita PROSPER-ilmoittautumiseen, voivat tarkastella jokaisen potilaan tuloksia tunnistettavissa olevassa muodossa käytettäväksi kliinisen päätöksenteon yhteydessä. Muut rekisteröidyt lääkärit näkevät kaikki muut potilastiedot tunnistamattomalla tavalla, jolloin he voivat tarkastella samankaltaisten potilaiden kliinisiä tietoja ja määritystuloksia. Jos potilaiden tiedot lähetetään ulkomaille osana tutkimusta, lähetetään vain tunnistamattomia tietoja.

Asianmukaiset toimenpiteet suoritetaan terveystietojen suojaamiseksi katoamiselta, luvattomalta käytöltä, käytöltä, muuttamiselta, paljastamiselta tai muulta väärinkäytöltä. Kudosten keräämistä varten potilastietojen tunniste poistetaan ja jokaiselle osallistujalle annetaan uusi yksilöllinen alfanumeerinen tunniste kaikille kudosnäytteille. Henkilöiden tunnistaminen on mahdollista vain viittaamalla perushakemistoon, joka säilytetään paperilla lukitussa tiedostossa suojatulla alueella ja salasanalla suojatussa salatussa tietokannassa. Jos kudosta tai eristettyjä molekyylituotteita lähetetään ulkomaille erikoistuneita tieteellisiä tutkimuksia varten, vain anonymisoitu tutkimustunnus toimitetaan.

Päätutkija, projektipäällikkö, paikallinen kliininen johtaja tai muu terveydenhuollon ammattilainen kerää paikallisen kliinisen johtajan suostumuksella kliiniset tiedot potilaiden potilaskertomuksista salasanasuojattuun keskustietokantaan, joka sijaitsee turvallisella palvelimella yliopiston vastuulla. Aucklandista. Kaikkien tietojen tunnistaminen poistetaan tietokannasta poimimispisteessä ennen analyysiä.

Tästä tutkimuksesta syntyviin julkaisuihin ei sisällytetä suoraan tunnistettavia tietoja, eikä NHI-numeroita, syntymäaikoja tai luovuttajien nimiä jaeta yhteistyökumppaneiden kanssa, lukuun ottamatta potilaan hoitoon osallistuvia yhteistyökumppaneita.

Potilaiden hoitoon osallistuvilla kliinikoilla on pääsy profiloinnin tuloksiin, jos potilaat ovat antaneet siihen suostumuksen.