Profilering van oncologiepatiënten als onderdeel van klinische zorg en onderzoek (PROSPER)

PROSPER is een proefproject dat het vermogen zal beoordelen om genomische resultaten te integreren in patiëntenzorg en onderzoek.

Alle patiënten zullen ermee instemmen om mee te doen. Deelname zal volledig vrijwillig zijn. Patiënten met gynaecologische kankers of patiënten die mogelijk in aanmerking komen voor een fase I-studie die kankerzorg krijgen onder medische oncologie in het Auckland City Hospital zullen worden benaderd om deelname aan deze studie te overwegen. Alle patiënten die ouder zijn dan 18 jaar en mogelijk in aanmerking komen voor verdere therapie (standaardbehandeling of als onderdeel van een klinische proef) komen in aanmerking.

Patiënten die ermee instemmen om deel te nemen aan PROSPER, zullen gearchiveerde tumorspecimens verstrekken (primaire tumor en/of metastase; tumorblok of 15-20 ongekleurde in paraffine ingebedde objectglaasjes [minimaal 15 ongekleurde objectglaasjes indien blok niet beschikbaar], plus één met H&E gekleurd objectglaasje). Moleculaire profilering zal worden uitgevoerd aan de Universiteit van Auckland, gebruikmakend van lokale expertise. Er zal gebruik worden gemaakt van een hybridisatie-capture-DNA-sequencingbenadering die een dekking van 500x-1000x van een panel van 578 kankergenen verkrijgt. Deze aanpak is onlangs gebruikt om met succes meer dan 40 gepaarde tumor- en normale FFPE-weefsels te analyseren door het laboratorium van prof. Cristin Print van de Universiteit van Auckland (NimbleGen uitgebreid kankerpanel). Tumorweefsel dat overblijft na moleculaire profilering zal worden opgeslagen (met toestemming van de patiënt) en kan worden onderworpen aan aanvullende genomische sequencing-analyse (bijv. sequentiebepaling van het gehele genoom), RNA-expressie-analyse (Affymetrix Primeview), eiwit-expressie-analyse (bijv. Western blot, IHC) en/of analyse van het aantal DNA-kopieën (bijv. array CGH, kwantitatieve PCR, FISH) op basis van beschikbare bronnen. Alleen gevalideerde resultaten van deze analyses zullen worden doorgegeven aan behandelend artsen en beschikbaar worden gesteld in patiëntendossiers.

Patiënten moeten ermee instemmen om volbloed te verstrekken voor biobanking. Dit zal een bron van normaal DNA vormen voor differentiatie van constitutionele versus somatische (tumor) moleculaire veranderingen. Bloedmonsters zullen ook worden gebruikt om circulerend tumor-DNA te detecteren om dit te beoordelen als alternatief voor verse biopsieën.

Bij het documenteren van terugval zullen patiënten (indien mogelijk) worden gevraagd om een ​​tumorbiopsie en bloedmonster te verstrekken voor verdere profilering. Aangezien biopsieën een steeds algemenere vereiste worden in klinische onderzoeken, zijn bereidheid van patiënten, procedurele veiligheid en verwerving van bruikbaar weefsel cruciale elementen van succes. Bij patiënten met hooggradige sereuze eierstokkanker is uit onderzoek gebleken dat biopsieën veilig en haalbaar zijn. In dit project zullen onderzoekers ctDNA (circulerend tumor-DNA) verzamelen naast tumorbiopten om correlatie en validatie van de rol van ctDNA als niet-invasief alternatief voor biopsieën mogelijk te maken. Het relateren van baseline-expressieprofielen aan de behandelingsresultaten voor elke patiënt zal helpen bij het optimaliseren van de medicamenteuze behandeling door de selectie en monitoring van patiënten te verbeteren. Dit project bouwt voort op plasma-genomische initiatieven die al aan de gang zijn in borst-, colorectale en neuro-endocriene kankers.

Alle besluitvorming over de wenselijkheid van een biopsie en de te bemonsteren plaats is ter beoordeling van de clinicus(s) die de eerstelijnszorg voor de deelnemers heeft/hebben. De mogelijke risico's en voordelen van het verkrijgen van extra verse tumormonsters op het moment van terugval of het ontstaan ​​van geneesmiddelresistentie, zullen volledig aan de patiënt worden uitgelegd. Toestemming om een ​​biopsie te ondergaan om een ​​verse tumor te verkrijgen, is volledig vrijwillig en heeft geen invloed op de geschiktheid van de patiënt om deel te nemen aan PROSPER of om deel te nemen aan een gerelateerde klinische studie. Deelnemers mogen in elk stadium biopsieën weigeren, zelfs als ze eerder hebben ingestemd. Biopsieën bij terugval kunnen chirurgisch of radiologisch worden genomen, afhankelijk van de haalbaarheid en welke andere interventies worden ondernomen als onderdeel van de standaardzorg. Een klein deel van deze patiënten met geïsoleerde terugval kan een operatie ondergaan en in dit scenario zullen op dit moment monsters worden verzameld. Als biopten radiologisch moeten worden uitgevoerd, zullen er ten minste drie 14-16 gauge kerntumorbiopten worden afgenomen.

PROSPER zal de klinische betekenis en haalbaarheid van een profileringsprogramma beoordelen. Maatregelen van voordeel omvatten het percentage patiënten dat wordt behandeld als onderdeel van een klinische proef; aantal patiënten dat gerichte therapie krijgt op basis van moleculaire afwijkingen; en integratie van moleculaire informatie in de praktijk. De studie heeft tot doel om 50-100 patiënten in het eerste jaar te profileren. In het Auckland Hospital worden jaarlijks 150 nieuwe patiënten met eierstok-, baarmoederhals- of endometriumkanker behandeld. Bovendien worden jaarlijks 100-150 patiënten met recidiverende ziekte behandeld. Hierdoor ontstaat een grote populatie die in aanmerking komt voor dit project.

Er zal een beveiligde PROSPER-database worden opgezet om de klinische gegevens van patiënten te registreren. Gedurende de duur van het onderzoek zullen gegevensbeheerprocessen worden gevolgd in overeenstemming met lokale SOP's, in een poging om de gegevenskwaliteit en -beveiliging te maximaliseren.

Het register is beveiligd met een wachtwoord en alleen toegankelijk voor geregistreerde gebruikers. Artsen die patiënten doorverwijzen voor inschrijving in PROSPER, kunnen de resultaten van elk van hun patiënten in een identificeerbaar formaat bekijken voor gebruik bij klinische besluitvorming. Andere geregistreerde artsen kunnen alle andere patiëntgegevens op een geanonimiseerde manier zien, zodat ze klinische details en testresultaten van soortgelijke patiënten kunnen bekijken. Als patiëntgegevens naar het buitenland worden verzonden als onderdeel van het onderzoek, worden alleen geanonimiseerde gegevens verzonden.

Er zullen passende maatregelen worden genomen om gezondheidsinformatie te beschermen tegen verlies, ongeoorloofde toegang, gebruik, wijziging of openbaarmaking of ander misbruik. Voor het verzamelen van weefsel wordt de patiëntinformatie geanonimiseerd en wordt een nieuwe unieke alfanumerieke identificatiecode toegewezen aan elke deelnemer voor alle weefselspecimens. Identificatie van personen is alleen mogelijk door verwijzing naar een hoofdindex, die op papier wordt bewaard in een afgesloten bestand in een beveiligde ruimte, en in een met een wachtwoord beveiligde gecodeerde database. Als weefsel of geïsoleerde moleculaire producten naar het buitenland worden verzonden voor gespecialiseerde wetenschappelijke studies, wordt alleen de geanonimiseerde studie-ID verstrekt.

Klinische gegevens worden verzameld door de hoofdonderzoeker, projectmanager, lokale klinische leider of andere gezondheidsprofessional onder goedkeuring van de lokale klinische leider, uit de medische dossiers van patiënten in een met een wachtwoord beveiligde centrale database op een beveiligde server onder verantwoordelijkheid van de universiteit van Auckland. Alle gegevens worden geanonimiseerd op het punt van extractie uit de database voorafgaand aan enige analyse.

Er zal geen direct identificeerbare informatie worden opgenomen in publicaties die voortkomen uit dit onderzoek, noch zullen NHI-nummers, geboortedata of namen van donoren worden gedeeld met medewerkers, met uitzondering van medewerkers die betrokken zijn bij de zorg voor de patiënt.

Artsen die betrokken zijn bij patiëntenzorg krijgen toegang tot de profileringsresultaten als patiënten hiervoor toestemming hebben gegeven.