作为临床护理和研究的一部分的肿瘤患者分析 (PROSPER)

PROSPER 是一个试点项目，将评估将基因组结果整合到患者护理和研究中的能力。

所有患者都将同意参与。 参与将是完全自愿的。 将接触在奥克兰市立医院接受肿瘤内科癌症治疗的妇科癌症患者或可能符合 I 期试验条件的患者，以考虑参与本研究。 将考虑所有 18 岁以上且可能有资格接受进一步治疗（标准护理或作为临床试验的一部分）的患者。

同意参加 PROSPER 的患者将提供存档的肿瘤标本（原发肿瘤和/或转移瘤；肿瘤块或 15-20 张未染色石蜡包埋载玻片 [如果块不可用，则至少 15 张未染色载玻片]，外加一张 H&E 染色载玻片）。 分子谱分析将在奥克兰大学利用当地专业知识进行。 将使用获得一组 578 个癌症基因的 500x-1000x 覆盖的杂交捕获 DNA 测序方法。 Cristin Print 教授的奥克兰大学实验室（NimbleGen 综合癌症小组）最近使用这种方法成功分析了 40 多个成对的肿瘤和正常 FFPE 组织。 分子谱分析后剩余的肿瘤组织将被储存（征得患者同意），并可能进行额外的基因组测序分析（例如 全基因组测序）、RNA 表达分析（Affymetrix Primeview）、蛋白质表达分析（例如 蛋白质印迹、IHC）和/或 DNA 拷贝数分析（例如 阵列 CGH、定量 PCR、FISH）基于可用资源。 只有经过验证的这些分析结果才会传达给主治医生，并在患者病历中提供。

患者必须同意为生物样本库提供全血。 这将为区分体质和体细胞（肿瘤）分子变化提供正常 DNA 来源。 血液样本也将用于检测循环肿瘤 DNA，以评估其作为新鲜活检的替代方法。

在记录复发患者时，将要求（在可行的情况下）提供肿瘤活检和血液样本以供进一步分析。 随着活检成为临床试验中越来越普遍的要求，患者的意愿、程序安全和有用的组织获取是成功的关键因素。 在高级别浆液性卵巢癌患者中，研究活检已被证明是安全和可行的。 在这个项目中，研究人员将收集 ctDNA（循环肿瘤 DNA）和肿瘤活检，以关联和验证 ctDNA 作为活检的非侵入性替代方法的作用。 将基线表达谱与每位患者的治疗结果相关联，将有助于通过改善患者选择和监测来优化药物治疗。 该项目将建立在已经在乳腺癌、结直肠癌和神经内分泌癌中进行的血浆基因组计划的基础上。

所有关于活检和取样部位的可取性的决定将由对参与者负有初级保健责任的临床医生自行决定。 将向患者充分解释在复发或出现耐药性时获取额外新鲜肿瘤样本的可能风险和益处。 同意接受活检以获得新鲜肿瘤将完全是自愿的，不会影响患者参与 PROSPER 或参与相关临床试验的资格。 参与者将被允许在任何阶段拒绝活检，即使他们之前已经同意。 复发时的活组织检查可以通过手术或放射学方式进行，具体取决于可行性以及作为护理标准的一部分正在采取的其他干预措施。 这些孤立复发的患者中有一小部分可能会接受手术，在这种情况下，此时将采集样本。 如果要通过放射学进行活检，将收集至少三个 14-16 规格核心肿瘤活检。

PROSPER 将评估分析计划的临床意义和可行性。 受益的衡量标准将包括作为临床试验的一部分接受治疗的患者的百分比；接受基于分子畸变的靶向治疗的患者数量；分子信息在实践中的整合。 该研究的目标是在第一年对 50-100 名患者进行分析。 在奥克兰医院，每年有 150 名新的卵巢癌、宫颈癌或子宫内膜癌患者接受治疗。 此外，每年治疗 100-150 名复发性疾病患者。 这会产生大量有资格参与该项目的人口。

将建立一个安全的 PROSPER 数据库来登记患者的临床详细信息。 在整个研究期间，将根据当地 SOP 遵循数据管理流程，以最大限度地提高数据质量和安全性。

注册表将受密码保护，并且仅供注册用户访问。 推荐患者加入 PROSPER 的医生将能够以可识别的格式查看每个患者的结果，以用于临床决策。 其他注册医生将能够以去识别化的方式查看所有其他患者详细信息，从而允许他们查看类似患者的临床详细信息和化验结果。 如果作为研究的一部分将患者的信息发送到海外，则只会发送去识别化的数据。

将采取适当的步骤来保护健康信息免遭丢失、未经授权的访问、使用、修改或披露或其他滥用。 对于组织的收集，患者信息将被取消识别，并且将为所有组织样本的每个参与者分配一个新的唯一字母数字标识符。 只有参考主索引才能识别个人身份，主索引将以硬拷贝形式保存在安全区域的锁定文件中，并保存在受密码保护的加密数据库中。 如果组织或分离的分子产品被送往海外进行专门的科学研究，则只提供匿名的研究 ID。

临床数据将由主要研究者、项目经理、当地临床负责人或其他卫生专业人员在当地临床负责人的批准下从患者的医疗记录收集到受密码保护的中央数据库，中央数据库位于大学负责的安全服务器上奥克兰。 在进行任何分析之前，所有数据都将在从数据库中提取时去除身份信息。

本研究的出版物中不会包含直接可识别的信息，也不会与合作者共享 NHI 编号、出生日期或捐赠者姓名，参与患者护理的合作者除外。

如果患者同意，参与患者护理的临床医生将可以访问分析结果。