Профилирование онкологических больных как часть клинической помощи и исследований (PROSPER)

PROSPER — это пилотный проект, который оценит способность интегрировать результаты геномной диагностики в лечение пациентов и исследования.

Все пациенты дадут согласие на участие. Участие будет полностью добровольным. Пациентам с гинекологическим раком или пациентам, потенциально подходящим для участия в фазе I испытания, которые получают лечение рака в отделении медицинской онкологии в городской больнице Окленда, будет предложено рассмотреть возможность участия в этом исследовании. Будут рассмотрены все пациенты старше 18 лет, потенциально имеющие право на дальнейшее лечение (стандартное лечение или в рамках клинического исследования).

Пациенты, которые соглашаются участвовать в PROSPER, должны предоставить архивные образцы опухоли (первичная опухоль и/или метастазы; опухолевый блок или 15–20 неокрашенных предметных стекол, залитых парафином [минимум 15 неокрашенных предметных стекол, если блок недоступен], плюс один предметный столик, окрашенный H&E). Молекулярное профилирование будет проводиться в Оклендском университете с использованием местного опыта. Будет использоваться метод секвенирования ДНК с захватом гибридизации, обеспечивающий 500-1000-кратное покрытие панели из 578 генов рака. Этот подход недавно был использован для успешного анализа более 40 парных опухолевых и нормальных тканей FFPE в лаборатории профессора Кристин Принт в Оклендском университете (комплексная онкологическая панель NimbleGen). Опухолевая ткань, которая остается после молекулярного профилирования, будет помещена в банк (с согласия пациентов) и может быть подвергнута дополнительному анализу геномного секвенирования (например, секвенирование всего генома), анализ экспрессии РНК (Affymetrix Primeview), анализ экспрессии белков (например, Вестерн-блоттинг, IHC) и/или анализ числа копий ДНК (например, массив CGH, количественная ПЦР, FISH) на основе доступных ресурсов. Только подтвержденные результаты этих анализов будут переданы лечащим врачам и доступны в медицинских картах пациентов.

Пациенты должны дать согласие на предоставление цельной крови для биобанкинга. Это обеспечит источник нормальной ДНК для дифференциации конституциональных и соматических (опухолевых) молекулярных изменений. Образцы крови также будут использоваться для обнаружения циркулирующей ДНК опухоли в качестве альтернативы свежей биопсии.

При документировании рецидива пациентов попросят (где это возможно) предоставить биопсию опухоли и образец крови для дальнейшего изучения. По мере того, как биопсия становится все более распространенным требованием в клинических испытаниях, готовность пациентов, безопасность процедуры и получение полезных тканей являются критическими элементами успеха. Было показано, что у пациентов с серозным раком яичников высокой степени биопсия является безопасной и выполнимой. В рамках этого проекта исследователи будут собирать цтДНК (циркулирующую опухолевую ДНК) вместе с биоптатами опухоли, чтобы обеспечить корреляцию и подтверждение роли цтДНК как неинвазивной альтернативы биопсии. Связь базовых профилей экспрессии с результатами лечения для каждого пациента поможет оптимизировать лекарственную терапию за счет улучшения отбора пациентов и мониторинга. Этот проект будет основываться на инициативах по геномике плазмы, которые уже осуществляются при раке молочной железы, колоректальном и нейроэндокринном раке.

Все решения о целесообразности биопсии и месте взятия проб будут приниматься на усмотрение клинициста(ов), которые несут основную ответственность за участников. Возможные риски и преимущества получения дополнительных свежих образцов опухоли во время рецидива или возникновения лекарственной устойчивости будут полностью объяснены пациенту. Согласие на биопсию для получения свежей опухоли будет полностью добровольным и не повлияет на право пациента на участие в PROSPER или участие в соответствующем клиническом исследовании. Участникам будет разрешено отказаться от биопсии на любом этапе, даже если они дали согласие ранее. Биопсия при рецидиве может быть взята хирургическим или рентгенологическим путем в зависимости от возможности и того, какие другие вмешательства предпринимаются в рамках стандартного лечения. Небольшая часть этих пациентов с изолированным рецидивом может быть подвергнута хирургическому вмешательству, и в этом случае образцы будут взяты в это время. Если биопсии должны быть выполнены рентгенологически, будут взяты по крайней мере три биоптата центральной опухоли размером 14-16 калибра.

PROSPER оценит клиническую значимость и осуществимость программы профилирования. Показатели пользы будут включать процент пациентов, пролеченных в рамках клинического испытания; количество пациентов, получающих таргетную терапию на основе молекулярных аберраций; и интеграция молекулярной информации на практике. Исследование направлено на профилирование 50-100 пациентов в течение первого года. В Оклендской больнице ежегодно проходят лечение 150 новых пациентов с раком яичников, шейки матки или эндометрия. Кроме того, ежегодно проходят лечение 100-150 больных с рецидивом заболевания. Это создает большое население, которое будет иметь право на участие в этом проекте.

Будет создана защищенная база данных PROSPER для регистрации клинических данных пациентов. На протяжении всего исследования процессы управления данными будут осуществляться в соответствии с местными СОП, чтобы обеспечить максимальное качество и безопасность данных.

Реестр будет защищен паролем и доступен только для зарегистрированных пользователей. Врачи, направляющие пациентов для включения в PROSPER, смогут просматривать результаты каждого пациента в идентифицируемом формате для использования при принятии клинических решений. Другие зарегистрированные врачи смогут просматривать все остальные сведения о пациентах в обезличенном виде, что позволит им просматривать клинические данные и результаты анализов таких же пациентов. Если информация о пациентах отправляется за границу в рамках исследования, будут отправлены только обезличенные данные.

Будут предприняты соответствующие шаги для защиты медицинской информации от потери, несанкционированного доступа, использования, изменения или раскрытия или другого неправомерного использования. Для сбора ткани информация о пациенте будет деидентифицирована, и каждому участнику для всех образцов ткани будет присвоен новый уникальный буквенно-цифровой идентификатор. Идентификация лиц будет возможна только по ссылке на основной индекс, который будет храниться в печатном виде в закрытом файле в защищенной области и в зашифрованной базе данных, защищенной паролем. Если ткани или изолированные молекулярные продукты отправляются за границу для специализированных научных исследований, будет предоставлен только анонимный идентификатор исследования.

Клинические данные будут собираться главным исследователем, руководителем проекта, местным клиническим руководителем или другим медицинским работником с одобрения местного клинического руководителя из медицинских карт пациентов в защищенную паролем центральную базу данных, размещенную на защищенном сервере под ответственностью Университета. Окленда. Все данные будут деидентифицированы в момент извлечения из базы данных перед любым анализом.

Никакая непосредственно идентифицируемая информация не будет включена в публикации, основанные на этом исследовании, а также номера NHI, даты рождения или имена доноров не будут переданы сотрудникам, за исключением сотрудников, участвующих в уходе за пациентом.

Клиницисты, занимающиеся уходом за пациентами, будут иметь доступ к результатам профилирования, если пациенты дали на это согласие.