Sekvenování celého genomu na jednotce intenzivní péče pro novorozence

1.0 Cíle

1.1 Cíle studie Cílem tohoto výzkumného projektu je posoudit potenciál pro aplikaci sekvenování celého genomu (WGS) jako diagnostického nástroje na jednotce intenzivní péče novorozenců. Novorozenci, kteří vyžadují léčbu na novorozenecké jednotce intenzivní péče (JIP), často trpí genetickými vadami, jejichž povaha je obtížně diagnostikovatelná. Vyšetřovatelé v současné době znají více než 5000 genů, ve kterých mohou mutace způsobit onemocnění, která mohou postihnout novorozené děti, takže určit, který z nich je odpovědný za onemocnění nového novorozeneckého pacienta, je skličující. Mnohé z těchto onemocnění však lze účinně léčit, pokud jsou diagnostikovány včas. Výzkumníci navrhují použít novou sekvenační instrumentaci spojenou s rychlými analytickými nástroji k sekvenování pacientů NICU spolu s oběma rodiči, aby se zjistilo, zda pacient nese de novo mutaci nebo složené heterozygotní varianty v jednom ze známých genů onemocnění. Pokud ano, mutace bude potvrzena v interní laboratoři CLIA a výsledky budou poskytnuty do 72 hodin ošetřujícím neonatologům, kteří informují o rozhodnutí o léčbě.

1.2 Primární cílové body studie

Primárním cílem tohoto protokolu bude posouzení míry, do jaké WGS zlepšuje diagnostiku pacientů přijatých na JIP. Vyšetřovatelé navrhují provést sekvenování u přibližně 50 pacientů v průběhu tohoto projektu. Vyšetřovatelé budou průběžně vyhodnocovat úspěšnost identifikace klinicky použitelných genetických defektů u vybraných pacientů, zejména proto, že by to bylo podkladem pro počáteční výběrová kritéria použitá pro zařazení pacienta. Tyto informace budou užitečné k určení, zda takové úsilí o sekvenování může zlepšit výsledek pacientů na NICU a která skupina pacientů bude mít z postupu největší užitek.

1.3 Cíle sekundární studie

Druhým cílem bude posouzení účinnosti cíleného sekvenování celého exomu nebo panelu 5000 genů při identifikaci genetických defektů odhalených sekvenováním celého genomu a relativní finanční a časové náročnosti různých přístupů. To by mohlo přinést podstatně efektivnější a nákladově efektivní metodu než ta, která je v současnosti popsána jinde.

Nakonec výzkumníci navrhují použít data k zahájení vypracování analýzy nákladů a přínosů WGS v NICU. Vyšetřovatelé posoudí, do jaké míry WGS poskytla diagnózu odlišnou od té, kterou původně navrhli neonatologové, a do jaké míry tato změna diagnózy změnila léčebný režim. Pokud by nová diagnóza ve skutečnosti změnila léčbu, vyšetřovatelé by použili historická data k posouzení míry, do jaké tato změněná léčba ovlivnila počet dní, kdy pacient zůstal na JIP. Vyšetřovatelé pak mohou odhadnout úsporu/ztrátu nákladů jako počet ušetřených dní na JIP krát náklady na den pobytu na JIP oproti nákladům na provedení sekvenování v rámci celé kohorty sekvenovaných pacientů. I když to není tak přísné jako randomizovaná klinická studie, ukazuje to na to, zda se jedná o metodologii, kterou stojí za to prozkoumat hlouběji.