Helgenomsekvensering på neonatalintensivvårdsavdelningen

1.0 Mål

1.1 Studiemål Målet med detta forskningsprojekt är att bedöma potentialen för att tillämpa helgenomsekvensering (WGS) som ett diagnostiskt verktyg på neonatal intensivvårdsavdelning. Nyfödda barn som behöver behandling på neonatal intensivvårdsavdelning (NICU) lider ofta av genetiska defekter som är svåra att diagnostisera. Utredarna känner för närvarande till mer än 5 000 gener i vilka mutationer kan orsaka sjukdomar som kan drabba nyfödda barn, så att avgöra vilken som är ansvarig för en ny neonatal patients sjukdom är skrämmande. Men många av dessa sjukdomar kan behandlas effektivt om de diagnostiseras i tid. Utredarna föreslår att använda ny sekvenseringsinstrumentering i kombination med snabba analytiska verktyg för att sekvensera patienter på NICU tillsammans med båda föräldrarna för att identifiera om en patient bär på en de novo-mutation eller sammansatta heterozygota varianter i en av de kända sjukdomsgenerna. Om så är fallet kommer mutationen att bekräftas i ett internt CLIA-laboratorium och resultaten ges inom 72 timmar till behandlande neonatologer för att informera om behandlingsbeslut.

1.2 Primära studieslutpunkter

Det primära målet med detta protokoll kommer att vara en bedömning av i vilken grad WGS förbättrar diagnosen av patienter som är inlagda på NICU. Utredarna föreslår att utföra sekvensering på cirka 50 patienter under projektets gång. Utredarna kommer fortlöpande att utvärdera framgångsfrekvensen för att identifiera kliniskt genomförbara genetiska defekter hos de utvalda patienterna, särskilt eftersom det skulle informera om de initiala urvalskriterierna som användes för att registrera patienten. Denna information kommer att vara användbar för att avgöra om sådana sekvenseringsinsatser kan förbättra resultatet för NICU-patienter och vilken klass av patienter som mest sannolikt kommer att dra nytta av proceduren.

1.3 Sekundära studieslutpunkter

Ett andra mål kommer att vara en bedömning av effektiviteten av riktad sekvensering av hela exomet eller en panel med 5000 gener för att identifiera de genetiska defekterna som avslöjas av helgenomsekvensering och den relativa kostnaden i pengar och tid för de olika tillvägagångssätten. Detta skulle kunna ge en betydligt mer effektiv och kostnadseffektiv metod än den som för närvarande beskrivs på annat håll.

Slutligen föreslår utredarna att använda data för att börja utveckla en kostnads-nyttoanalys av WGS i NICU. Utredarna kommer att bedöma i vilken utsträckning WGS gav en diagnos som skiljer sig från den som ursprungligen föreslogs av neonatologerna och i vilken utsträckning denna förändring i diagnos förändrade behandlingsregimen. Om den nya diagnosen faktiskt förändrade behandlingen, skulle utredarna använda historiska data för att bedöma i vilken grad den förändrade behandlingen påverkade antalet dagar som patienten stannade på NICU. Utredarna kan sedan uppskatta kostnadsbesparingarna/förlusterna som antalet sparade NICU-dagar gånger kostnaden per dag för NICU-boende kontra kostnaden för att utföra sekvenseringen över hela kohorten av sekvenserade patienter. Även om detta inte är lika rigoröst som en randomiserad klinisk prövning, skulle det peka på om detta är en metod som är värd att utforska mer på djupet.