Полногеномное секвенирование в отделении интенсивной терапии новорожденных

1.0 Цели

1.1 Цели исследования Целью данного исследовательского проекта является оценка потенциала применения полногеномного секвенирования (WGS) в качестве диагностического инструмента в отделении интенсивной терапии новорожденных. Новорожденные дети, нуждающиеся в лечении в отделении интенсивной терапии новорожденных (ОИТН), часто страдают генетическими дефектами, природу которых трудно диагностировать. В настоящее время исследователям известно более 5000 генов, мутации в которых могут вызывать заболевания, которые могут поражать новорожденных детей, поэтому определение того, какой из них отвечает за новое заболевание новорожденных, представляет собой сложную задачу. Однако многие из этих заболеваний поддаются эффективному лечению при своевременной диагностике. Исследователи предлагают использовать новое оборудование для секвенирования в сочетании с быстрыми аналитическими инструментами для секвенирования пациентов отделения интенсивной терапии новорожденных вместе с обоими родителями, чтобы определить, несет ли пациент мутацию de novo или сложные гетерозиготные варианты в одном из известных генов болезни. Если это так, мутация будет подтверждена в собственной лаборатории CLIA, и результаты будут предоставлены в течение 72 часов лечащим неонатологам для принятия решения о лечении.

1.2 Основные конечные точки исследования

Основной целью этого протокола будет оценка степени, в которой WGS улучшает диагностику пациентов, поступивших в отделение интенсивной терапии новорожденных. Исследователи предлагают провести секвенирование примерно 50 пациентов в ходе этого проекта. Исследователи будут на постоянной основе оценивать вероятность успеха в выявлении клинически действенных генетических дефектов у выбранных пациентов, в частности, поскольку это повлияет на первоначальные критерии отбора, используемые для включения пациента. Эта информация будет полезна для определения того, могут ли такие усилия по секвенированию улучшить результаты лечения пациентов отделения интенсивной терапии и какой класс пациентов, скорее всего, выиграет от процедуры.

1.3 Вторичные конечные точки исследования

Второй целью будет оценка эффективности целевого секвенирования всего экзома или панели из 5000 генов при выявлении генетических дефектов, выявленных с помощью полногеномного секвенирования, и относительной стоимости различных подходов в деньгах и времени. Это может привести к значительно более эффективному и рентабельному методу по сравнению с описанным в настоящее время в другом месте.

Наконец, исследователи предлагают использовать данные, чтобы начать разработку анализа затрат и выгод WGS в отделении интенсивной терапии. Исследователи оценят, в какой степени WGS предоставил диагноз, отличный от первоначально предложенного неонатологами, и в какой степени это изменение диагноза изменило схему лечения. Если бы новый диагноз действительно изменил лечение, исследователи использовали бы исторические данные, чтобы оценить степень, в которой это измененное лечение повлияло на количество дней, в течение которых пациент оставался в отделении интенсивной терапии. Затем исследователи могут оценить экономию/потерю затрат как количество сэкономленных дней в отделении интенсивной терапии, умноженное на стоимость одного дня пребывания в отделении интенсивной терапии, по сравнению со стоимостью выполнения секвенирования для всей когорты секвенированных пациентов. Хотя это не так строго, как рандомизированное клиническое исследование, оно указывает на то, стоит ли изучать эту методологию более подробно.