Helgenomsekvensering i neonatal intensivavdeling

1.0 Mål

1.1 Studiemål Målet med dette forskningsprosjektet er å vurdere potensialet for å anvende helgenomsekvensering (WGS) som et diagnostisk verktøy på neonatal intensivavdeling. Nyfødte barn som trenger behandling på neonatal intensivavdeling (NICU) lider ofte av genetiske defekter, som er vanskelig å diagnostisere. Etterforskerne kjenner for tiden til mer enn 5000 gener der mutasjoner kan forårsake sykdommer som kan påvirke nyfødte barn, så det er skremmende å avgjøre hvilken som er ansvarlig for en ny neonatal pasients sykdom. Imidlertid kan mange av disse sykdommene behandles effektivt hvis de blir diagnostisert i tide. Etterforskerne foreslår å bruke ny sekvenseringsinstrumentering kombinert med raske analytiske verktøy for å sekvensere NICU-pasienter sammen med begge foreldrene for å identifisere om en pasient bærer en de novo-mutasjon eller sammensatte heterozygote varianter i et av de kjente sykdomsgenene. I så fall vil mutasjonen bli bekreftet i et internt CLIA-laboratorium og resultatene leveres innen 72 timer til behandlende neonatologer for å informere behandlingsbeslutninger.

1.2 Primære endepunkter for studien

Hovedmålet med denne protokollen vil være en vurdering av i hvilken grad WGS forbedrer diagnostisering av pasienter innlagt på NICU. Etterforskerne foreslår å utføre sekvensering på omtrent 50 pasienter i løpet av dette prosjektet. Etterforskerne vil fortløpende evaluere suksessraten for å identifisere klinisk handlingsdyktige genetiske defekter hos de utvalgte pasientene, spesielt ettersom dette vil informere om de første utvelgelseskriteriene som ble brukt for å registrere pasienten. Denne informasjonen vil være nyttig for å avgjøre om slik sekvenseringsinnsats kan forbedre resultatet for NICU-pasienter og hvilken klasse av pasienter som mest sannsynlig vil ha nytte av prosedyren.

1.3 Sekundære endepunkter

Et annet mål vil være en vurdering av effektiviteten av målrettet sekvensering av hele eksomet eller et panel på 5000 gener for å identifisere de genetiske defektene som avsløres av helgenomsekvensering og den relative kostnaden i penger og tid for de ulike tilnærmingene. Dette kan gi en betydelig mer effektiv og kostnadseffektiv metode enn den som er beskrevet andre steder.

Til slutt foreslår etterforskerne å bruke dataene til å begynne å utvikle en kostnad-nytte-analyse av WGS i NICU. Etterforskerne vil vurdere i hvilken grad WGS ga en diagnose som var forskjellig fra den som opprinnelig ble foreslått av neonatologene, og i hvilken grad denne endringen i diagnose endret behandlingsregimet. Hvis den nye diagnosen faktisk endret behandlingen, ville etterforskerne bruke historiske data for å vurdere i hvilken grad den endrede behandlingen påvirket antall dager pasienten ble liggende på NICU. Etterforskerne kan deretter estimere kostnadsbesparelsene/tapet som antall lagrede døgnavdelinger ganger kostnaden per oppholdsdag på intensivavdelingen kontra kostnadene ved å utføre sekvenseringen over hele kohorten av sekvenserte pasienter. Selv om dette ikke er så strengt som en randomisert klinisk studie, vil det peke på om dette er en metodikk som er verdt å utforske nærmere.