Séquençage du génome entier dans l'unité de soins intensifs néonatals

1.0 Objectifs

1.1 Objectifs de l'étude Le but de ce projet de recherche est d'évaluer le potentiel d'application du séquençage du génome entier (WGS) comme outil de diagnostic dans l'unité de soins intensifs néonatals. Les nouveau-nés qui nécessitent un traitement en unité néonatale de soins intensifs (USIN) souffrent souvent de malformations génétiques dont la nature est difficile à diagnostiquer. Les chercheurs connaissent actuellement plus de 5000 gènes dans lesquels des mutations peuvent provoquer des maladies pouvant affecter les nouveau-nés. Il est donc difficile de déterminer lequel est responsable de la maladie d'un nouveau patient néonatal. Cependant, bon nombre de ces maladies peuvent être traitées efficacement si elles sont diagnostiquées en temps opportun. Les chercheurs proposent d'utiliser une nouvelle instrumentation de séquençage couplée à des outils d'analyse rapide pour séquencer les patients de l'USIN avec les deux parents afin d'identifier si un patient est porteur d'une mutation de novo ou de variants hétérozygotes composés dans l'un des gènes connus de la maladie. Si c'est le cas, la mutation sera confirmée dans un laboratoire CLIA interne et les résultats seront fournis dans les 72 heures aux néonatologistes présents pour éclairer les décisions de traitement.

1.2 Principaux critères d'évaluation de l'étude

L'objectif principal de ce protocole sera une évaluation de la mesure dans laquelle WGS améliore le diagnostic des patients admis à l'USIN. Les investigateurs proposent de réaliser le séquençage d'environ 50 patients au cours de ce projet. Les enquêteurs évalueront en permanence le taux de réussite de l'identification des défauts génétiques cliniquement exploitables chez les patients sélectionnés, en particulier car cela éclairerait les critères de sélection initiaux utilisés pour inscrire le patient. Ces informations seront utiles pour déterminer si de tels efforts de séquençage peuvent améliorer les résultats des patients de l'USIN et quelle classe de patients est la plus susceptible de bénéficier de la procédure.

1.3 Critères secondaires de l'étude

Un deuxième objectif sera d'évaluer l'efficacité du séquençage ciblé de l'exome entier ou d'un panel de 5000 gènes pour identifier les défauts génétiques révélés par le séquençage du génome entier et le coût relatif en argent et en temps des différentes approches. Cela pourrait donner une méthode beaucoup plus efficace et économique que celle actuellement décrite ailleurs.

Enfin, les enquêteurs proposent d'utiliser les données pour commencer à développer une analyse coûts-avantages du WGS dans l'USIN. Les enquêteurs évalueront dans quelle mesure WGS a fourni un diagnostic distinct de celui initialement proposé par les néonatologistes et dans quelle mesure ce changement de diagnostic a modifié le schéma thérapeutique. Si le nouveau diagnostic modifiait en fait le traitement, les enquêteurs utiliseraient des données historiques pour évaluer dans quelle mesure ce traitement modifié a affecté le nombre de jours pendant lesquels le patient est resté à l'USIN. Les enquêteurs peuvent alors estimer les économies/pertes de coûts comme le nombre de jours NICU économisés fois le coût par jour de résidence NICU par rapport au coût d'exécution du séquençage sur l'ensemble de la cohorte de patients séquencés. Bien que ce ne soit pas aussi rigoureux qu'un essai clinique randomisé, cela indiquerait s'il s'agit d'une méthodologie qui mérite d'être explorée plus en profondeur.