Sequenziamento dell'intero genoma nell'unità di terapia intensiva neonatale

1.0 Obiettivi

1.1 Obiettivi dello studio L'obiettivo di questo progetto di ricerca è valutare il potenziale per l'applicazione del sequenziamento dell'intero genoma (WGS) come strumento diagnostico nell'unità di terapia intensiva neonatale. I neonati che richiedono cure nell'unità di terapia intensiva neonatale (NICU) spesso soffrono di difetti genetici, la cui natura è difficile da diagnosticare. I ricercatori attualmente conoscono più di 5000 geni in cui le mutazioni possono causare malattie che possono colpire i neonati, quindi determinare quale sia responsabile della malattia di un nuovo paziente neonatale è scoraggiante. Tuttavia, molte di queste malattie possono essere trattate efficacemente se vengono diagnosticate tempestivamente. I ricercatori propongono di utilizzare una nuova strumentazione di sequenziamento abbinata a strumenti analitici rapidi per sequenziare i pazienti in terapia intensiva neonatale insieme a entrambi i genitori per identificare se un paziente porta una mutazione de novo o varianti eterozigoti composte in uno dei geni della malattia noti. In tal caso, la mutazione sarà confermata in un laboratorio CLIA interno e i risultati forniti entro 72 ore ai neonatologi presenti per informare le decisioni terapeutiche.

1.2 Endpoint primari dello studio

L'obiettivo principale di questo protocollo sarà una valutazione del grado in cui WGS migliora la diagnosi dei pazienti ricoverati in terapia intensiva neonatale. I ricercatori propongono di eseguire il sequenziamento su circa 50 pazienti nel corso di questo progetto. Gli investigatori valuteranno su base continuativa il tasso di successo per l'identificazione di difetti genetici clinicamente perseguibili nei pazienti selezionati, in particolare in quanto ciò informerebbe i criteri di selezione iniziali utilizzati per arruolare il paziente. Queste informazioni saranno utili per determinare se tali sforzi di sequenziamento possono migliorare l'esito dei pazienti in terapia intensiva neonatale e quale classe di pazienti ha maggiori probabilità di beneficiare della procedura.

1.3 Obiettivi di studio secondari

Un secondo obiettivo sarà una valutazione dell'efficacia del sequenziamento mirato dell'intero esoma o di un pannello di 5000 geni nell'identificazione dei difetti genetici rivelati dal sequenziamento dell'intero genoma e del relativo costo in denaro e tempo dei vari approcci. Ciò potrebbe produrre un metodo significativamente più efficiente ed economico rispetto a quello attualmente descritto altrove.

Infine, i ricercatori propongono di utilizzare i dati per iniziare a sviluppare un'analisi costi-benefici del WGS nelle UTIN. Gli investigatori valuteranno la misura in cui WGS ha fornito una diagnosi distinta da quella inizialmente proposta dai neonatologi e la misura in cui tale cambiamento nella diagnosi ha alterato il regime di trattamento. Se la nuova diagnosi avesse, infatti, alterato il trattamento, gli investigatori avrebbero utilizzato i dati storici per valutare il grado in cui quel trattamento alterato ha influito sul numero di giorni in cui il paziente è rimasto in terapia intensiva neonatale. Gli investigatori possono quindi stimare il risparmio/perdita sui costi come il numero di giorni risparmiati in terapia intensiva neonatale moltiplicato per il costo giornaliero della residenza in terapia intensiva neonatale rispetto al costo dell'esecuzione del sequenziamento sull'intera coorte di pazienti sequenziati. Sebbene questo non sia rigoroso come uno studio clinico randomizzato, indicherebbe se si tratta di una metodologia che vale la pena esplorare in modo più approfondito.