Sekwencjonowanie całego genomu na oddziale intensywnej terapii noworodków

1.0 Cele

1.1 Cele badania Celem tego projektu badawczego jest ocena możliwości zastosowania sekwencjonowania całego genomu (WGS) jako narzędzia diagnostycznego na oddziale intensywnej terapii noworodków. Noworodki wymagające leczenia na oddziale intensywnej terapii noworodków często cierpią na wady genetyczne, których charakter jest trudny do zdiagnozowania. Badacze znają obecnie ponad 5000 genów, w których mutacje mogą powodować choroby, które mogą wpływać na noworodki, więc ustalenie, który z nich jest odpowiedzialny za chorobę nowego pacjenta, jest zniechęcające. Jednak wiele z tych chorób można skutecznie leczyć, jeśli zostaną zdiagnozowane w odpowiednim czasie. Badacze proponują zastosowanie nowego oprzyrządowania do sekwencjonowania w połączeniu z szybkimi narzędziami analitycznymi do sekwencjonowania pacjentów OIOM-ów wraz z obojgiem rodziców w celu określenia, czy pacjent jest nosicielem mutacji de novo lub złożonych wariantów heterozygotycznych w jednym ze znanych genów chorobowych. Jeśli tak, mutacja zostanie potwierdzona w wewnętrznym laboratorium CLIA, a wyniki zostaną przekazane w ciągu 72 godzin neonatologom prowadzącym w celu podjęcia decyzji dotyczących leczenia.

1.2 Główne punkty końcowe badania

Podstawowym celem tego protokołu będzie ocena stopnia, w jakim WGS poprawia diagnostykę pacjentów przyjmowanych na OIOM. Badacze proponują przeprowadzenie sekwencjonowania około 50 pacjentów w trakcie tego projektu. Badacze będą na bieżąco oceniać wskaźnik sukcesu w identyfikowaniu dających się zastosować klinicznie defektów genetycznych u wybranych pacjentów, szczególnie w przypadku, gdy będzie to informować o wstępnych kryteriach selekcji zastosowanych do zapisania pacjenta. Informacje te będą przydatne do ustalenia, czy takie wysiłki w zakresie sekwencjonowania mogą poprawić wyniki pacjentów NICU i która klasa pacjentów najprawdopodobniej skorzysta z procedury.

1.3 Punkty końcowe badania drugorzędnego

Drugim celem będzie ocena skuteczności ukierunkowanego sekwencjonowania całego egzomu lub panelu 5000 genów w identyfikacji defektów genetycznych ujawnionych przez sekwencjonowanie całego genomu oraz względnego kosztu finansowego i czasowego różnych podejść. Może to dać znacznie bardziej wydajną i kosztowną metodę w porównaniu z obecnie opisaną w innym miejscu.

Na koniec badacze proponują wykorzystanie danych do rozpoczęcia opracowywania analizy kosztów i korzyści WGS na OIOM-ie dla noworodków. Badacze ocenią, w jakim stopniu WGS postawiło diagnozę odmienną od pierwotnie zaproponowanej przez neonatologów oraz w jakim stopniu ta zmiana w diagnozie zmieniła schemat leczenia. Gdyby nowa diagnoza rzeczywiście zmieniła leczenie, badacze wykorzystaliby dane historyczne do oceny stopnia, w jakim to zmienione leczenie wpłynęło na liczbę dni, przez które pacjent pozostawał na OIOM-ie dla noworodków. Badacze mogą następnie oszacować oszczędności/straty kosztów jako liczbę zaoszczędzonych dni na OIOM-ie razy koszt pobytu na OIOM-ie w porównaniu z kosztem wykonania sekwencjonowania całej kohorty sekwencjonowanych pacjentów. Chociaż nie jest to tak rygorystyczne jak randomizowane badanie kliniczne, wskazuje, czy jest to metodologia warta głębszego zbadania.