Sequenciamento completo do genoma na unidade de terapia intensiva neonatal

1.0 Objetivos

1.1 Objetivos do estudo O objetivo deste projeto de pesquisa é avaliar o potencial de aplicação do sequenciamento do genoma completo (WGS) como uma ferramenta de diagnóstico na unidade de terapia intensiva neonatal. As crianças recém-nascidas que necessitam de tratamento na unidade de terapia intensiva neonatal (UTIN) muitas vezes sofrem de defeitos genéticos, cuja natureza é difícil de diagnosticar. Os pesquisadores atualmente conhecem mais de 5.000 genes nos quais mutações podem causar doenças que podem afetar recém-nascidos, portanto, determinar qual deles é responsável por uma nova doença de paciente neonatal é assustador. No entanto, muitas dessas doenças podem ser efetivamente tratadas se forem diagnosticadas em tempo hábil. Os pesquisadores propõem usar uma nova instrumentação de sequenciamento juntamente com ferramentas analíticas rápidas para sequenciar pacientes da UTIN junto com ambos os pais para identificar se um paciente carrega uma mutação de novo ou variantes heterozigóticas compostas em um dos genes da doença conhecida. Nesse caso, a mutação será confirmada em um laboratório CLIA interno e os resultados fornecidos em 72 horas aos neonatologistas assistentes para informar as decisões de tratamento.

1.2 Desfechos Primários do Estudo

O objetivo principal deste protocolo será uma avaliação do grau em que o WGS melhora o diagnóstico de pacientes internados na UTIN. Os investigadores propõem realizar o sequenciamento de aproximadamente 50 pacientes ao longo deste projeto. Os investigadores avaliarão continuamente a taxa de sucesso para identificar defeitos genéticos clinicamente acionáveis ​​nos pacientes selecionados, especialmente porque isso informaria os critérios de seleção iniciais usados ​​para inscrever o paciente. Esta informação será útil para determinar se tais esforços de sequenciamento podem melhorar o resultado dos pacientes da UTIN e qual classe de pacientes tem maior probabilidade de se beneficiar do procedimento.

1.3 Pontos finais do estudo secundário

Um segundo objetivo será uma avaliação da eficácia do sequenciamento direcionado de todo o exoma ou um painel de 5.000 genes na identificação dos defeitos genéticos revelados pelo sequenciamento completo do genoma e o custo relativo em dinheiro e tempo das várias abordagens. Isso poderia produzir um método significativamente mais eficiente e com efeito de custo em relação ao atualmente descrito em outro lugar.

Finalmente, os investigadores propõem usar os dados para começar a desenvolver uma análise de custo-benefício do WGS na UTIN. Os investigadores avaliarão até que ponto o WGS forneceu um diagnóstico distinto daquele inicialmente proposto pelos neonatologistas e até que ponto essa mudança no diagnóstico alterou o regime de tratamento. Se o novo diagnóstico realmente alterasse o tratamento, os investigadores usariam dados históricos para avaliar o grau em que esse tratamento alterado afetou o número de dias que o paciente permaneceu na UTIN. Os investigadores podem então estimar a economia/perda de custo como o número de dias economizados na UTIN vezes o custo por dia de residência na UTIN versus o custo de realizar o sequenciamento em toda a coorte de pacientes sequenciados. Embora isso não seja tão rigoroso quanto um ensaio clínico randomizado, apontaria se essa é uma metodologia que vale a pena explorar com mais profundidade.