Koko genomin sekvensointi vastasyntyneiden teho-osastolla

1.0 Tavoitteet

1.1 Tutkimuksen tavoitteet Tämän tutkimusprojektin tavoitteena on arvioida mahdollisuuksia soveltaa koko genomisekvenssiä (WGS) diagnostisena työkaluna vastasyntyneiden teho-osastolla. Vastasyntyneet lapset, jotka tarvitsevat hoitoa vastasyntyneiden teho-osastolla (NICU), kärsivät usein geneettisistä vioista, joiden luonnetta on vaikea diagnosoida. Tutkijat tietävät tällä hetkellä yli 5000 geeniä, joissa mutaatiot voivat aiheuttaa sairauksia, jotka voivat vaikuttaa vastasyntyneisiin lapsiin, joten sen määrittäminen, mikä on vastuussa uuden vastasyntyneen potilaan taudista, on pelottavaa. Monet näistä sairauksista voidaan kuitenkin hoitaa tehokkaasti, jos ne diagnosoidaan ajoissa. Tutkijat ehdottavat uuden sekvensointilaitteiston käyttämistä yhdessä nopeiden analyyttisten työkalujen kanssa NICU-potilaiden sekvensoimiseksi yhdessä molempien vanhempien kanssa, jotta voidaan selvittää, onko potilaalla de novo -mutaatio tai yhdistetty heterotsygoottinen variantti yhdessä tunnetuista sairausgeeneistä. Jos näin on, mutaatio varmistetaan talon sisäisessä CLIA-laboratoriossa ja tulokset toimitetaan 72 tunnin kuluessa hoitaville neonatologeille hoitopäätösten tekemiseksi.

1.2 Ensisijaisen tutkimuksen päätepisteet

Tämän protokollan ensisijaisena tavoitteena on arvioida, missä määrin WGS parantaa NICU:hun otettujen potilaiden diagnoosia. Tutkijat ehdottavat sekvensointia noin 50 potilaalle tämän projektin aikana. Tutkijat arvioivat jatkuvasti kliinisesti toimivien geneettisten vikojen tunnistamisen onnistumisprosenttia valituista potilaista, erityisesti siksi, että se antaisi tietoja potilaan rekisteröintiin käytetyistä alkuperäisistä valintakriteereistä. Nämä tiedot ovat hyödyllisiä määritettäessä, voivatko tällaiset sekvensointitoimenpiteet parantaa NICU-potilaiden tuloksia ja mikä potilasluokka todennäköisimmin hyötyy menettelystä.

1.3 Toissijaisen tutkimuksen päätepisteet

Toinen tavoite on arvio koko eksomin tai 5000 geenin paneelin kohdistetun sekvensoinnin tehokkuudesta koko genomin sekvensoinnin paljastamien geneettisten vikojen tunnistamisessa sekä eri lähestymistapojen suhteellisia raha- ja aikakustannuksia. Tämä voisi tuottaa huomattavasti tehokkaamman ja kustannustehokkaamman menetelmän kuin muualla tällä hetkellä kuvattu.

Lopuksi tutkijat ehdottavat tietojen käyttämistä WGS:n kustannus-hyötyanalyysin kehittämiseen NICU:ssa. Tutkijat arvioivat, missä määrin WGS antoi diagnoosin, joka erosi neonatologien alun perin ehdottamasta diagnoosista ja missä määrin tämä diagnoosin muutos muutti hoito-ohjelmaa. Jos uusi diagnoosi itse asiassa muutti hoitoa, tutkijat käyttäisivät historiallisia tietoja arvioidakseen, missä määrin tämä muuttunut hoito vaikutti päivien määrään, jonka potilas oli NICU:ssa. Tutkijat voivat sitten arvioida kustannussäästöt/tappiot, koska säästettyjen NICU-päivien lukumäärä kerrotaan NICU-asumisen päiväkohtaisilla kustannuksilla verrattuna sekvensoinnin suorittamisen kustannuksiin koko sekvensoitujen potilaiden kohortissa. Vaikka tämä ei ole niin tiukka kuin satunnaistettu kliininen tutkimus, se osoittaisi, onko tämä menetelmä, jota kannattaa tutkia perusteellisemmin.