Teljes genom szekvenálás az újszülött intenzív osztályon

1.0 Célok

1.1 A vizsgálat célkitűzései A kutatási projekt célja a teljes genomszekvenálás (WGS) diagnosztikai eszközként való alkalmazásának lehetőségeinek felmérése az újszülött intenzív osztályon. Az újszülött gyermekek, akiket az újszülött intenzív osztályon (NICU) igényelnek, gyakran szenvednek genetikai hibáktól, amelyek természetét nehéz diagnosztizálni. A kutatók jelenleg több mint 5000 génről tudnak, amelyekben a mutációk olyan betegségeket okozhatnak, amelyek újszülötteket is érinthetnek, így annak megállapítása, hogy melyik felelős egy újszülött beteg betegségéért, ijesztő. Sok ilyen betegség azonban hatékonyan kezelhető, ha időben diagnosztizálják őket. A kutatók azt javasolják, hogy új, gyors analitikai eszközökkel párosuló szekvenáló műszereket alkalmazzanak a NICU-ban szenvedő betegek és mindkét szülő szekvenálására annak megállapítására, hogy a beteg hordoz-e de novo mutációt vagy összetett heterozigóta variánsokat valamelyik ismert betegséggénben. Ha igen, a mutációt egy házon belüli CLIA-laboratóriumban igazolják, és az eredményeket 72 órán belül átadják a kezelő neonatológusoknak, hogy tájékoztassák a kezelési döntéseket.

1.2 Elsődleges vizsgálati végpontok

Ennek a protokollnak az elsődleges célja annak felmérése, hogy a WGS milyen mértékben javítja a NICU-ra felvett betegek diagnózisát. A kutatók azt javasolják, hogy a projekt során körülbelül 50 betegen végezzenek szekvenálást. A vizsgálók folyamatosan értékelik a kiválasztott betegek klinikailag befolyásolható genetikai defektusainak azonosításának sikerességi arányát, különösen azért, mert ez a beteg felvételéhez használt kezdeti kiválasztási kritériumok alapján történik. Ez az információ hasznos lesz annak meghatározásában, hogy az ilyen szekvenálási erőfeszítések javíthatják-e a NICU-betegek kimenetelét, és hogy a betegek melyik csoportja részesül a legnagyobb valószínűséggel az eljárásból.

1.3 A másodlagos vizsgálat végpontjai

A második cél a teljes exóm vagy egy 5000 génből álló panel célzott szekvenálásának hatékonyságának felmérése a teljes genom szekvenálása során feltárt genetikai hibák azonosításában, valamint a különböző megközelítések relatív pénz- és időköltsége. Ez lényegesen hatékonyabb és költséghatékonyabb módszert eredményezhet a jelenleg máshol leírtakhoz képest.

Végül a kutatók azt javasolják, hogy az adatok felhasználásával kezdjék meg a WGS költség-haszon elemzését a NICU-ban. A kutatók felmérik, hogy a WGS milyen mértékben különbözött a neonatológusok által eredetileg javasolttól, és milyen mértékben változtatta meg a diagnózis változása a kezelési rendet. Ha az új diagnózis valóban megváltoztatta a kezelést, a vizsgálók történeti adatokat használnának fel annak felmérésére, hogy a megváltozott kezelés milyen mértékben befolyásolta a beteg NICU-ban töltött napjainak számát. A vizsgálók ezután meg tudják becsülni a költségmegtakarítást/veszteséget, mivel a megtakarított NICU-napok száma szorozva a NICU-ban való tartózkodás napi költségével, illetve a szekvenálás végrehajtásának költségével a szekvenált betegek teljes csoportjában. Bár ez nem olyan szigorú, mint egy randomizált klinikai vizsgálat, rámutat arra, hogy érdemes-e ezt a módszert alaposabban megvizsgálni.