Helgenomsekventering på neonatal intensiv afdeling

1.0 Mål

1.1 Studiemål Målet med dette forskningsprojekt er at vurdere potentialet for at anvende hele genomsekventering (WGS) som et diagnostisk værktøj på neonatal intensivafdeling. Nyfødte børn, som kræver behandling på neonatal intensiv afdeling (NICU), lider ofte af genetiske defekter, hvis karakter er svær at diagnosticere. Forskerne kender i øjeblikket til mere end 5000 gener, hvor mutationer kan forårsage sygdomme, der kan påvirke nyfødte børn, så det er skræmmende at afgøre, hvilken der er ansvarlig for en ny neonatal patients sygdom. Men mange af disse sygdomme kan behandles effektivt, hvis de diagnosticeres rettidigt. Efterforskerne foreslår at bruge ny sekventeringsinstrumentering kombineret med hurtige analytiske værktøjer til at sekvensere NICU-patienter sammen med begge forældre for at identificere, om en patient bærer en de novo-mutation eller sammensatte heterozygote varianter i et af de kendte sygdomsgener. Hvis det er tilfældet, vil mutationen blive bekræftet i et internt CLIA-laboratorium, og resultaterne leveres inden for 72 timer til behandlende neonatologer for at informere om behandlingsbeslutninger.

1.2 Primære undersøgelsesendepunkter

Det primære mål med denne protokol vil være en vurdering af, i hvilken grad WGS forbedrer diagnosticering af patienter indlagt på NICU. Efterforskerne foreslår at udføre sekventering på cirka 50 patienter i løbet af dette projekt. Efterforskerne vil løbende evaluere succesraten for at identificere klinisk handlingsbare genetiske defekter hos de udvalgte patienter, især da det ville informere om de indledende udvælgelseskriterier, der blev brugt til at indskrive patienten. Disse oplysninger vil være nyttige til at afgøre, om en sådan sekventeringsindsats kan forbedre resultatet for NICU-patienter, og hvilken gruppe patienter der er mest tilbøjelige til at drage fordel af proceduren.

1.3 Sekundære undersøgelsesendepunkter

Et andet mål vil være en vurdering af effektiviteten af ​​målrettet sekventering af hele exomet eller et panel på 5000 gener til at identificere de genetiske defekter afsløret af helgenomsekventering og de relative omkostninger i penge og tid af de forskellige tilgange. Dette kunne give en væsentligt mere effektiv og omkostningseffektiv metode end den, der i øjeblikket er beskrevet andetsteds.

Endelig foreslår efterforskerne at bruge dataene til at begynde at udvikle en cost-benefit-analyse af WGS i NICU. Efterforskerne vil vurdere, i hvilket omfang WGS stillede en diagnose, der adskiller sig fra den, som oprindeligt blev foreslået af neonatologerne, og i hvilket omfang denne ændring i diagnosen ændrede behandlingsregimet. Hvis den nye diagnose faktisk ændrede behandlingen, ville efterforskerne bruge historiske data til at vurdere, i hvilken grad den ændrede behandling påvirkede antallet af dage, patienten forblev på NICU. Efterforskerne kan derefter estimere omkostningsbesparelser/tab som antallet af sparede NICU-dage gange prisen pr. dag for NICU-ophold kontra omkostningerne ved at udføre sekventeringen over hele kohorten af ​​sekventerede patienter. Selvom dette ikke er så strengt som et randomiseret klinisk forsøg, peger det på, om dette er en metode, der er værd at udforske mere i dybden.