Exprese a epigenetické umlčení mikroRNA pro predikci terapeutické odpovědi a prognózy HPV-negativní HNSCC
20. května 2025 aktualizováno: New Mexico Cancer Research Alliance
INST 1008: Exprese a epigenetické umlčování mikroRNA pro predikci terapeutické odpovědi a prognózy HPV-negativního spinocelulárního karcinomu hlavy a krku (HNSCC)
Bude provedena dvoudílná molekulární epidemiologická studie s cílem komplexně posoudit souvislost mezi expresí miR a metylací promotoru miR a odpovědí na terapii a prognózou u primárních, HPV-negativních pacientů s HNSCC.
Část 1 bude prospektivní sbírka 25 párů čerstvé normální slizniční tkáně vzdálené od nádoru u pacientů s HNSCC.
Nakonec bude 15 HPV-negativních párů nádor-sliznice využito pro objevnou práci při identifikaci miR, jejichž exprese je v nádorech regulována směrem nahoru nebo dolů.
Část 2 bude testovat souvislost mezi expresí miR a methylací promotoru miR a terapeutickou odpovědí a přežitím ve všech archivovaných chirurgických případech HPV-negativní HNSCC v nemocnici University of New Mexico Hospital (UNMH) shromážděných po roce 1990.
Přehled studie
Postavení
Dokončeno
Podmínky
Intervence / Léčba
Detailní popis
* Část 1, Prospektivní sbírka normálních párů čerstvých vzdálených nádorů
Výzkumníci prospektivně odeberou 25 párů čerstvé normální slizniční tkáně vzdálené od nádoru HNSCC.
* Část 2, Retrospektivní molekulární epidemiologická studie asociace miR s terapeutickou odpovědí a prognózou u HNSCC.
Vyšetřovatelé budou komplexně testovat souvislost mezi expresí miR a methylací promotoru miR a reakci na terapii a přežití ve všech případech chirurgického HPV-negativního HNSCC na UNMH získaných po roce 1990. Případy rtů a nekeratinizujících nazofaryngeálních případů budou vyloučeny, protože jsou etiologicky odlišné a souvisí s kožním SCC nebo s infekcí virem EB. Žádné případy nebudou vyloučeny z důvodu pohlaví, věku, rasy nebo etnického původu.
Typ studie
Pozorovací
Zápis (Odhadovaný)
25
Kontakty a umístění
Tato část poskytuje kontaktní údaje pro ty, kteří studii provádějí, a informace o tom, kde se tato studie provádí.
Studijní místa
-
-
New Mexico
-
Albuquerque, New Mexico, Spojené státy, 87106
- University of New Mexico - Cancer Center
-
-
Kritéria účasti
Výzkumníci hledají lidi, kteří odpovídají určitému popisu, kterému se říká kritéria způsobilosti. Některé příklady těchto kritérií jsou celkový zdravotní stav osoby nebo předchozí léčba.
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
18 let a starší (Dospělý, Starší dospělý)
Přijímá zdravé dobrovolníky
Ne
Metoda odběru vzorků
Vzorek nepravděpodobnosti
Studijní populace
Pacienti se známou nebo suspektní HNSCC
Popis
Kritéria pro zařazení:
Pacienti se známou nebo suspektní diagnózou HNSCC
- Může být zahrnuto jakékoli primární místo, kromě nekeratinizujícího nazofaryngeálního SCC nebo SCC rtu.
- U pacientů jsou plánovány diagnostické biopsie pro podezření na HNSCC nebo terapeutická operace pro HNSCC.
- Pacienti jsou před výzkumnými biopsiemi naivní na ozařování hlavy a krku.
- Před výzkumnými biopsiemi pacienti nedostávali chemoterapii pro diagnózu HNSCC.
- Věk > 18 let.
- Stav výkonnosti Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) 0-2.
- Pacienti podepisují informovaný souhlas, souhlasí s čerstvou biopsií nádoru i se vzdálenou normální biopsií sliznice pro účely popsaného výzkumu. Výzkumné biopsie budou navíc k plánované operaci. V případech, kdy je plánována resekce nádoru, bude reprezentativní část nádoru předložena k výzkumným účelům.
Kritéria vyloučení:
- Nekeratinizující nazofaryngeální karcinom
- Spinocelulární karcinom rtu
Studijní plán
Tato část poskytuje podrobnosti o studijním plánu, včetně toho, jak je studie navržena a co studie měří.
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Identifikujte nádorově specifické mikroRNA (miRs), jejichž exprese se zvyšuje nebo snižuje více než 2krát v čerstvém nádoru ve srovnání se vzdálenou normální sliznicí u pacientů s spinocelulárním karcinomem hlavy a krku (HNSCC) negativním na lidský papilomavirus (HPV)
Časové okno: Tak dlouho, jak je potřeba k odběru 15 párů vzorků HPV negativních nádorů a sliznic a kompletní sekvenování, až 10 let
|
Sekvenování SOLID čerstvých normálních párů vzdálených od nádoru objeví miR, jejichž exprese je změněna v nádorech HNSCC.
Sekvenování SOLiD poskytne plně kvantitativní data pro expresi známých a nových miR.
Protože nádory související s HPV tvoří přibližně 20 % všech HNSCC a jsou biologicky odlišné od HPV negativních nádorů klasicky spojených s tabákem a alkoholem, bude v tomto objevném experimentu použit pouze HNSCC bez nadměrné exprese p16.
Toto omezení zvýší homogenitu vzorků a schopnost detekovat miR spojené s etiologií HPV-negativní HNSCC.
Identifikované miR budou validovány pomocí testu qPCR v párech nádor-normální a v p16-negativních buněčných liniích HNSCC (n>15).
Kromě toho miR, které byly dříve hlášeny jako dysregulované v HNSCC, budou podrobeny podobné validaci, i když nebudou identifikovány během fáze objevu sekvenování SOLiD.
|
Tak dlouho, jak je potřeba k odběru 15 párů vzorků HPV negativních nádorů a sliznic a kompletní sekvenování, až 10 let
|
|
Identifikujte miR, jejichž snížená exprese v HPV-negativní HNSCC je způsobena methylací promotoru
Časové okno: Tak dlouho, jak je potřeba k dokončení sekvenování a analýze výsledků, až 5 let
|
miR se sníženou expresí v nádorové tkáni identifikované ve výsledku 1 budou zkoumány na promotory bohaté na CpG kontrolou databáze UCSC.
Methylační stav promotorů miR bohatých na CpG bude zkoumán testem COBRA v párech nádor vs. normální (n=15) a v p16-negativních buněčných liniích HNSCC (n>15).
Heterogenita methylačního stavu napříč promotorem bohatým na CpG bude charakterizována bisulfátovým sekvenováním pomocí produktu COBRA PCR.
Umlčení miR methylací promotoru bude zkoumáno porovnáním středních úrovní exprese miR mezi methylačními kategoriemi pro páry nádor-normální a pro buněčné linie HNSCC.
Jedná se především o deskriptivní studii.
|
Tak dlouho, jak je potřeba k dokončení sekvenování a analýze výsledků, až 5 let
|
|
Definujte statistickou asociaci mezi expresí nádorově specifických miR, miR metylací a terapeutickou odpovědí a prognózou HPV-negativní HNSCC pomocí lékařských záznamů pacientů
Časové okno: Po dobu nezbytně nutnou ke sběru a analýze informací ze zdravotní dokumentace až 5 let
|
Terapeutická odpověď a prognóza HPV-negativní HNSCC budou shromažďovány ze dvou zdrojů: ze spisu pacienta z registru nádorů v Novém Mexiku (NMTR) az lékařského záznamu UNMH pacienta.
qRT PCR bude navržena pro kvantifikaci exprese miR v RNA extrahované z tkání fixovaných ve formalínu a zalitých v parafínu (FFPE).
Bude navržena methylačně specifická PCR (MSP), aby se usnadnilo rozsáhlé typování methylu ve všech retrospektivních klinických vzorcích.
Primární analýza bude provedena u HPV-negativní HNSCC.
Bude provedena sekundární analýza, aby zahrnovala všechny HNSCC, s nadměrnou expresí p16 a bez ní.
Stav nadměrné exprese p16 bude upraven v sekundární analýze.
Souvislost mezi stavem exprese miR (vysoká nebo nízká) a stavem methylace miR (ano nebo ne) a PFS a OS pacienta bude zkoumána pomocí Kaplan-Meierových grafů přežití a log-rank testu.
|
Po dobu nezbytně nutnou ke sběru a analýze informací ze zdravotní dokumentace až 5 let
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Zde najdete lidi a organizace zapojené do této studie.
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
- Vrchní vyšetřovatel: Garth Olson, MD, University of New Mexico Comprehensive Cancer Center
Termíny studijních záznamů
Tato data sledují průběh záznamů studie a předkládání souhrnných výsledků na ClinicalTrials.gov. Záznamy ze studií a hlášené výsledky jsou před zveřejněním na veřejné webové stránce přezkoumány Národní lékařskou knihovnou (NLM), aby se ujistily, že splňují specifické standardy kontroly kvality.
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
17. prosince 2010
Primární dokončení (Aktuální)
13. února 2020
Dokončení studie (Aktuální)
14. března 2023
Termíny zápisu do studia
První předloženo
8. května 2019
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
14. května 2019
První zveřejněno (Aktuální)
16. května 2019
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
22. května 2025
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
20. května 2025
Naposledy ověřeno
1. května 2025
Více informací
Termíny související s touto studií
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
- INST 1008
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
NE
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Ne
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Ne
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .