Экспрессия и эпигенетическое молчание микроРНК для предсказания терапевтического ответа и прогноза ВПЧ-негативного ПРГШ
20 мая 2025 г. обновлено: New Mexico Cancer Research Alliance
INST 1008: Экспрессия и эпигенетическое молчание микроРНК для прогнозирования терапевтического ответа и прогноза ВПЧ-отрицательной плоскоклеточной карциномы головы и шеи (HNSCC)
Молекулярно-эпидемиологическое исследование, состоящее из двух частей, будет проведено для всесторонней оценки связи между экспрессией miR и метилированием промотора miR и реакцией на терапию и прогнозом у первичных, HPV-негативных пациентов с HNSCC.
Часть 1 будет представлять собой проспективную коллекцию из 25 пар свежей ткани нормальной слизистой оболочки, удаленной от опухоли, у пациентов с ПРГШ.
В конечном счете, 15 ВПЧ-негативных пар опухоль-слизистая оболочка будут использованы для исследовательской работы по выявлению миР, экспрессия которых в опухолях регулируется вверх или вниз.
Во второй части будет проверена связь между экспрессией miR и метилированием промотора miR, а также терапевтическим ответом и выживаемостью во всех архивных хирургических случаях HPV-отрицательного HNSCC в больнице Университета Нью-Мексико (UNMH), собранных после 1990 года.
Обзор исследования
Статус
Завершенный
Условия
Вмешательство/лечение
Подробное описание
* Часть 1, Проспективная коллекция свежих пар опухоль-отдалённая нормальная опухоль
Исследователи проспективно соберут 25 пар свежей ткани HNSCC, удаленной от опухоли, нормальной слизистой оболочки.
* Часть 2, Ретроспективное молекулярно-эпидемиологическое исследование связи микроРНК с терапевтическим ответом и прогнозом при HNSCC.
Исследователи будут всесторонне проверять связь между экспрессией miR и метилированием промотора miR, а также реакцией на терапию и выживаемостью во всех случаях хирургического ВПЧ-негативного HNSCC в НМГ, собранных после 1990 года. Случаи заболевания губ и носоглотки без ороговения будут исключены, поскольку они этиологически различны и связаны с кожным плоскоклеточным раком или инфекцией, вызванной вирусом ЭБ, соответственно. Никакие случаи не будут исключены из-за пола, возраста, расы или этнической принадлежности.
Тип исследования
Наблюдательный
Регистрация (Оцененный)
25
Контакты и местонахождение
В этом разделе приведены контактные данные лиц, проводящих исследование, и информация о том, где проводится это исследование.
Места учебы
-
-
New Mexico
-
Albuquerque, New Mexico, Соединенные Штаты, 87106
- University of New Mexico - Cancer Center
-
-
Критерии участия
Исследователи ищут людей, которые соответствуют определенному описанию, называемому критериям приемлемости. Некоторыми примерами этих критериев являются общее состояние здоровья человека или предшествующее лечение.
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
18 лет и старше (Взрослый, Пожилой взрослый)
Принимает здоровых добровольцев
Нет
Метод выборки
Невероятностная выборка
Исследуемая популяция
Пациенты с известным или подозреваемым HNSCC
Описание
Критерии включения:
Пациенты с известным или предполагаемым диагнозом HNSCC
- Может быть включена любая первичная локализация, кроме неороговевающего плоскоклеточного рака носоглотки или плоскоклеточного рака губы.
- Планируются пациенты для диагностической биопсии при подозрении на HNSCC или для терапевтической хирургии при HNSCC.
- Пациенты не подвергались облучению головы и шеи до проведения исследовательской биопсии.
- Пациенты не получали химиотерапию для диагностики HNSCC до исследования биопсии.
- Возраст > 18 лет.
- Восточная кооперативная онкологическая группа (ECOG) 0-2.
- Пациенты подписывают информированное согласие, соглашаясь на биопсию свежей опухоли, а также отдаленную биопсию нормальной слизистой оболочки для целей описываемого исследования. Исследовательские биопсии будут проводиться в дополнение к плановой операции. В случаях, когда планируется резекция опухоли, репрезентативная часть опухоли будет передана для исследования.
Критерий исключения:
- Некератинизирующая карцинома носоглотки
- Плоскоклеточный рак губы
Учебный план
В этом разделе представлена подробная информация о плане исследования, в том числе о том, как планируется исследование и что оно измеряет.
Как устроено исследование?
Детали дизайна
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Идентифицировать опухолеспецифические микроРНК (миР), экспрессия которых увеличивается или уменьшается более чем в 2 раза в свежей опухоли по сравнению с отдаленной нормальной слизистой оболочкой у пациентов с плоскоклеточным раком головы и шеи (HNSCC), отрицательным для вируса папилломы человека (ВПЧ)
Временное ограничение: До тех пор, пока это необходимо для сбора 15 ВПЧ-отрицательных пар образцов опухоли и слизистой оболочки и завершения секвенирования, до 10 лет.
|
Секвенирование SOLiD свежих пар удаленных от опухоли нормальных обнаружит miR, экспрессия которых изменена в опухолях HNSCC.
Секвенирование SOLiD предоставит полностью количественные данные об экспрессии известных и новых микроРНК.
Поскольку опухоли, связанные с ВПЧ, составляют примерно 20% всех ПРГШ и биологически отличаются от ВПЧ-негативных опухолей, классически связанных с табаком и алкоголем, в этом исследовательском эксперименте будет использоваться только ПРГШ без сверхэкспрессии p16.
Это ограничение повысит гомогенность образцов и способность обнаруживать микроРНК, связанные с этиологией ВПЧ-негативного ПРГШ.
Идентифицированные miR будут проверены с помощью анализа qPCR в парах опухоль-нормальные и в p16-отрицательных клеточных линиях HNSCC (n> 15).
Кроме того, miRs, о которых ранее сообщалось, что они не регулируются при HNSCC, будут подвергнуты аналогичной проверке, даже если они не будут идентифицированы на этапе обнаружения секвенирования SOLiD.
|
До тех пор, пока это необходимо для сбора 15 ВПЧ-отрицательных пар образцов опухоли и слизистой оболочки и завершения секвенирования, до 10 лет.
|
|
Идентифицировать миР, чья сниженная экспрессия в ВПЧ-негативном ПРГШ обусловлена метилированием промотора.
Временное ограничение: До тех пор, пока это необходимо для завершения секвенирования и анализа результатов, до 5 лет.
|
miR со сниженной экспрессией в опухолевой ткани, идентифицированные в результате 1, будут тщательно изучены на наличие промоторов, богатых CpG, путем проверки базы данных UCSC.
Статус метилирования CpG-богатых промоторов miR будет исследоваться с помощью анализа COBRA в парах опухоли и нормальных клеток (n = 15) и в p16-негативных клеточных линиях HNSCC (n> 15).
Неоднородность статуса метилирования в промоторе, богатом CpG, будет характеризоваться бисульфатным секвенированием с использованием продукта ПЦР COBRA.
Сайленсинг miR путем метилирования промотора будет изучен путем сравнения средних уровней экспрессии miR между категориями метилирования для пар опухоль-нормальные и для клеточных линий HNSCC.
Это прежде всего описательное исследование.
|
До тех пор, пока это необходимо для завершения секвенирования и анализа результатов, до 5 лет.
|
|
Определить статистическую связь между экспрессией опухолеспецифических миР, метилированием миР и терапевтическим ответом и прогнозом ВПЧ-негативного ПРГШ, используя медицинские записи пациентов.
Временное ограничение: До тех пор, пока это необходимо для сбора и анализа информации из медицинских карт, до 5 лет.
|
Терапевтический ответ и прогноз ВПЧ-негативного ПРГШ будут собираться из двух источников: истории болезни пациента из Регистра опухолей Нью-Мексико (NMTR) и из медицинской карты пациента UNMH.
qRT PCR будет разработан для количественной оценки экспрессии miR в РНК, выделенной из тканей, фиксированных формалином и залитых парафином (FFPE).
ПЦР, специфичная для метилирования (MSP), будет разработана для облегчения крупномасштабного метил-типирования во всех ретроспективных клинических образцах.
Первичный анализ будет проводиться при ВПЧ-отрицательном ПРГШ.
Будет проведен вторичный анализ, чтобы включить все HNSCC, со сверхэкспрессией p16 и без нее.
Статус сверхэкспрессии p16 будет скорректирован во вторичном анализе.
Связь между статусом экспрессии miR (высокий или низкий) и статусом метилирования miR (да или нет), а также PFS и OS пациента будет исследована с использованием графиков выживаемости Каплана-Мейера и теста логарифмического ранга.
|
До тех пор, пока это необходимо для сбора и анализа информации из медицинских карт, до 5 лет.
|
Соавторы и исследователи
Здесь вы найдете людей и организации, участвующие в этом исследовании.
Следователи
- Главный следователь: Garth Olson, MD, University of New Mexico Comprehensive Cancer Center
Даты записи исследования
Эти даты отслеживают ход отправки отчетов об исследованиях и сводных результатов на сайт ClinicalTrials.gov. Записи исследований и сообщаемые результаты проверяются Национальной медицинской библиотекой (NLM), чтобы убедиться, что они соответствуют определенным стандартам контроля качества, прежде чем публиковать их на общедоступном веб-сайте.
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
17 декабря 2010 г.
Первичное завершение (Действительный)
13 февраля 2020 г.
Завершение исследования (Действительный)
14 марта 2023 г.
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
8 мая 2019 г.
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
14 мая 2019 г.
Первый опубликованный (Действительный)
16 мая 2019 г.
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
22 мая 2025 г.
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
20 мая 2025 г.
Последняя проверка
1 мая 2025 г.
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- INST 1008
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
НЕТ
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Нет
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Нет
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .