MicroRNA 的表达和表观遗传沉默预测 HPV 阴性 HNSCC 的治疗反应和预后
2024年1月9日 更新者：New Mexico Cancer Care Alliance
INST 1008：用于预测 HPV 阴性头颈鳞状细胞癌 (HNSCC) 的治疗反应和预后的 MicroRNA 的表达和表观遗传沉默
将进行一项分为两部分的分子流行病学研究，以全面评估 miR 表达和 miR 启动子甲基化之间的关联以及原发性 HPV 阴性 HNSCC 患者对治疗和预后的反应。
第 1 部分将是 HNSCC 患者的 25 对新鲜肿瘤远处正常粘膜组织的前瞻性收集。
最终，15 个 HPV 阴性肿瘤-粘膜对将用于发现工作，以识别在肿瘤中表达上调或下调的 miR。
第 2 部分将测试 miR 表达与 miR 启动子甲基化之间的关联，以及新墨西哥大学医院 (UNMH) 1990 年后收集的所有存档的 HPV 阴性 HNSCC 手术病例的治疗反应和存活率。
研究概览
详细说明
* 第 1 部分，新鲜肿瘤远处正常对的前瞻性收集
研究人员将前瞻性地收集 25 对新鲜的 HNSCC 肿瘤远处正常粘膜组织。
* 第 2 部分，miR 与 HNSCC 治疗反应和预后相关性的回顾性分子流行病学研究。
研究人员将全面测试 miR 表达与 miR 启动子甲基化之间的关联，以及 UNMH 1990 年后收集的所有手术 HPV 阴性 HNSCC 病例对治疗和存活的反应。 唇部和非角化性鼻咽部病例将被排除在外，因为这些病例在病因学上是不同的，并且分别与皮肤 SCC 或 EB 病毒感染相关。 不会因性别、年龄、种族或族裔而排除任何个案。
研究类型
观察性的
注册 (估计的)
25
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习地点
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New Mexico
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Albuquerque、New Mexico、美国、87106
- University of New Mexico - Cancer Center
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参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
18年 及以上 (成人、年长者)
接受健康志愿者
不
取样方法
非概率样本
研究人群
已知或疑似 HNSCC 患者
描述
纳入标准：
已知或疑似诊断为 HNSCC 的患者
- 可以包括任何原发部位，但非角化性鼻咽 SCC 或唇部 SCC 除外。
- 患者计划对疑似 HNSCC 进行诊断性活检，或对 HNSCC 进行治疗性手术。
- 在研究活检之前，患者未接受过头部和颈部的放射治疗。
- 在研究活检之前，患者未接受过用于诊断 HNSCC 的化疗。
- 年龄 > 18 岁。
- 东部肿瘤合作组 (ECOG) 表现状态为 0-2。
- 患者签署知情同意书，同意为所述研究目的进行新鲜肿瘤活检和远处正常粘膜活检。 研究活组织检查将在计划的手术之外进行。 在计划切除肿瘤的情况下，将提交肿瘤的代表性部分用于研究目的。
排除标准：
- 非角化性鼻咽癌
- 唇鳞状细胞癌
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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识别肿瘤特异性 microRNAs (miRs)，其表达在新鲜肿瘤中增加或减少超过 2 倍，与来自头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 人乳头瘤病毒 (HPV) 阴性患者的远处正常粘膜相比
大体时间：只要需要收集15对HPV阴性的肿瘤-粘膜样本对并完成测序，长达10年
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新鲜的远离肿瘤的正常对的 SOLiD 测序将发现其表达在 HNSCC 肿瘤中发生改变的 miR。
SOLiD 测序将为已知和新型 miR 的表达提供完全定量的数据。
由于 HPV 相关肿瘤约占所有 HNSCC 的 20%，并且在生物学上不同于传统上与烟草和酒精相关的 HPV 阴性肿瘤，因此在该发现实验中将仅使用没有 p16 过表达的 HNSCC。
这种限制将增加样品的同质性和检测与 HPV 阴性 HNSCC 病因相关的 miR 的能力。
鉴定出的 miR 将在肿瘤-正常对和 p16 阴性 HNSCC 细胞系 (n>15) 中使用 qPCR 测定进行验证。
此外，先前报告在 HNSCC 中失调的 miR 将接受类似的验证，即使在 SOLiD 测序发现阶段未被识别。
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只要需要收集15对HPV阴性的肿瘤-粘膜样本对并完成测序，长达10年
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鉴定在 HPV 阴性 HNSCC 中表达减少是由于启动子甲基化的 miR
大体时间：只要需要完成测序和分析结果，最长5年
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在结果 1 下鉴定的肿瘤组织中表达减少的 miRs 将通过检查 UCSC 数据库来仔细检查富含 CpG 的启动子。
将通过 COBRA 测定在肿瘤对正常对 (n=15) 和 p16 阴性 HNSCC 细胞系 (n>15) 中检查富含 CpG 的 miR 启动子的甲基化状态。
富含 CpG 启动子的甲基化状态的异质性将通过使用 COBRA PCR 产物的硫酸氢盐测序来表征。
将通过比较肿瘤-正常对和 HNSCC 细胞系的甲基化类别之间的平均 miR 表达水平来检查启动子甲基化对 miR 的沉默。
这主要是一项描述性研究。
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只要需要完成测序和分析结果，最长5年
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使用患者病历确定肿瘤特异性 miR 的表达、miR 甲基化与 HPV 阴性 HNSCC 的治疗反应和预后之间的统计关联
大体时间：只要需要从医疗记录中收集和分析信息，最多 5 年
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HPV 阴性 HNSCC 的治疗反应和预后将从两个来源收集：来自新墨西哥州肿瘤登记处 (NMTR) 的患者病例档案和患者的 UNMH 医疗记录。
qRT PCR 将设计用于量化从福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取的 RNA 中的 miR 表达。
将设计甲基化特异性 PCR (MSP) 以促进所有回顾性临床样本中的大规模甲基分型。
主要分析将在 HPV 阴性 HNSCC 中进行。
将进行二次分析以包括所有 HNSCC，有和没有 p16 过表达。
p16 过表达状态将在二次分析中进行调整。
miR 表达状态（高或低）和 miR 甲基化状态（是或否）与患者的 PFS 和 OS 之间的关联将使用 Kaplan-Meier 生存图和对数秩检验进行检查。
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只要需要从医疗记录中收集和分析信息，最多 5 年
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合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
调查人员
- 首席研究员：Garth Olson, MD、University of New Mexico Comprehensive Cancer Center
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2010年12月17日
初级完成 (实际的)
2020年2月13日
研究完成 (估计的)
2026年12月31日
研究注册日期
首次提交
2019年5月8日
首先提交符合 QC 标准的
2019年5月14日
首次发布 (实际的)
2019年5月16日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2024年1月11日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2024年1月9日
最后验证
2024年1月1日
更多信息
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不介入的临床试验
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H. Lee Moffitt Cancer Center and Research InstituteJames and Esther King Biomedical Research Program完全的