MikroRNA:n ilmentyminen ja epigeneettinen hiljentäminen HPV-negatiivisen HNSCC:n terapeuttisen vasteen ja ennusteen ennustamiseksi
tiistai 20. toukokuuta 2025 päivittänyt: New Mexico Cancer Research Alliance
INST 1008: MikroRNA:n ilmentyminen ja epigeneettinen vaimentaminen HPV-negatiivisen pään ja kaulan levyepiteelikarsinooman (HNSCC) terapeuttisen vasteen ja ennusteen ennustamiseksi
Kaksiosaisella molekyyliepidemiologisella tutkimuksella arvioidaan kattavasti miR-ilmentymisen ja miR-promoottorin metylaation yhteyttä sekä hoitovastetta ja ennustetta primaarisilla, HPV-negatiivisilla HNSCC-potilailla.
Osa 1 on mahdollinen kokoelma 25 parista tuoretta kasvaimesta kaukana olevaa normaalia limakalvokudosta potilailla, joilla on HNSCC.
Lopulta 15 HPV-negatiivista kasvain-limakalvoparia hyödynnetään löytötyössä sellaisten miR:ien tunnistamiseksi, joiden ilmentyminen kasvaimissa on ylös- tai alasäädelty.
Osassa 2 testataan miR-ilmentymisen ja miR-promoottorin metylaation sekä terapeuttisen vasteen ja eloonjäämisen välistä yhteyttä kaikissa arkistoiduissa HPV-negatiivisen HNSCC:n kirurgisissa tapauksissa New Mexicon yliopiston sairaalassa (UNMH), jotka kerättiin vuoden 1990 jälkeen.
Tutkimuksen yleiskatsaus
Yksityiskohtainen kuvaus
* Osa 1, Tuoreiden kasvainten ja etäisten normaaleiden parien mahdollinen kokoelma
Tutkijat keräävät 25 paria tuoretta HNSCC-tuumoria etäällä olevaa normaalia limakalvokudosta.
* Osa 2, Retrospektiivinen molekyyliepidemiologia tutkimus miR:ien ja terapeuttisen vasteen ja ennusteen yhdistämisestä HNSCC:ssä.
Tutkijat testaavat kattavasti miR-ilmentymisen ja miR-promoottorin metylaation välistä yhteyttä sekä hoitovastetta ja eloonjäämistä kaikissa kirurgisissa HPV-negatiivisen HNSCC-tapauksissa vuoden 1990 jälkeen kerätyssä UNMH:ssa. Huulten ja ei-keratinoituvat nenänielun tapaukset suljetaan pois, koska ne ovat etiologisesti erilaisia ja liittyvät ihon SCC- tai EB-virusinfektioon, vastaavasti. Tapauksia ei suljeta pois sukupuolen, iän, rodun tai etnisen taustan vuoksi.
Opintotyyppi
Havainnollistava
Ilmoittautuminen (Arvioitu)
25
Yhteystiedot ja paikat
Tässä osiossa on tutkimuksen suorittajien yhteystiedot ja tiedot siitä, missä tämä tutkimus suoritetaan.
Opiskelupaikat
-
-
New Mexico
-
Albuquerque, New Mexico, Yhdysvallat, 87106
- University of New Mexico - Cancer Center
-
-
Osallistumiskriteerit
Tutkijat etsivät ihmisiä, jotka sopivat tiettyyn kuvaukseen, jota kutsutaan kelpoisuuskriteereiksi. Joitakin esimerkkejä näistä kriteereistä ovat henkilön yleinen terveydentila tai aiemmat hoidot.
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
18 vuotta ja vanhemmat (Aikuinen, Vanhempi Aikuinen)
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Ei
Näytteenottomenetelmä
Ei-todennäköisyysnäyte
Tutkimusväestö
Potilaat, joilla on tunnettu tai epäilty HNSCC
Kuvaus
Sisällyttämiskriteerit:
Potilaat, joilla tiedetään tai epäillään HNSCC-diagnoosia
- Mikä tahansa primaarinen kohta voidaan sisällyttää lukuun ottamatta keratinisoivaa nenänielun SCC:tä tai huulen SCC:tä.
- Potilaille suunnitellaan diagnostisia biopsioita epäillyn HNSCC:n vuoksi tai terapeuttiseen leikkaukseen HNSCC:n vuoksi.
- Potilaat eivät ole naiivia pään ja kaulan säteilylle ennen tutkimusbiopsiaa.
- Potilaat eivät ole saaneet kemoterapiaa HNSCC:n diagnosoimiseksi ennen tutkimusbiopsiaa.
- Ikä > 18 vuotta.
- Eastern Cooperative Oncology Groupin (ECOG) suorituskykytila 0-2.
- Potilaat allekirjoittavat tietoisen suostumuksen ja suostuvat tuoreeseen kasvainbiopsiaan sekä kaukaiseen normaaliin limakalvobiopsiaan kuvattua tutkimusta varten. Tutkimusbiopsiat tulevat suunnitellun leikkauksen lisäksi. Tapauksissa, joissa suunnitellaan kasvaimen resektiota, edustava osa kasvaimesta toimitetaan tutkimustarkoituksiin.
Poissulkemiskriteerit:
- Ei-keratinoiva nenänielun syöpä
- Huulten okasolusyöpä
Opintosuunnitelma
Tässä osiossa on tietoja tutkimussuunnitelmasta, mukaan lukien kuinka tutkimus on suunniteltu ja mitä tutkimuksella mitataan.
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Tunnista kasvainspesifiset mikroRNA:t (miR:t), joiden ilmentyminen lisääntyy tai vähenee yli 2-kertaisesti tuoreessa kasvaimessa verrattuna kaukaiseen normaaliin limakalvoon potilailta, joilla on pään ja kaulan levyepiteelisyöpä (HNSCC), joka on negatiivinen ihmisen papilloomavirukselle (HPV)
Aikaikkuna: Niin kauan kuin tarvitaan 15 HPV-negatiivisen kasvain-limakalvonäyteparin keräämiseksi ja sekvensoinnin suorittamiseksi, jopa 10 vuotta
|
Tuoreiden kasvainten etäisten normaaliparien SOLiD-sekvensointi löytää miR:t, joiden ilmentyminen on muuttunut HNSCC-kasvaimissa.
SOLiD-sekvensointi tarjoaa täysin kvantitatiivista tietoa tunnettujen ja uusien miR:ien ilmentymisestä.
Koska HPV:hen liittyvät kasvaimet muodostavat noin 20 % kaikesta HNSCC:stä ja ne eroavat biologisesti HPV-negatiivisista kasvaimista, jotka liittyvät klassiseen tupakkaan ja alkoholiin, tässä löytökokeessa käytetään vain HNSCC:tä ilman p16-yli-ilmentymistä.
Tämä rajoitus lisää näytteiden homogeenisuutta ja kykyä havaita HPV-negatiivisen HNSCC:n etiologiaan liittyviä miR:itä.
Tunnistetut miR:t validoidaan käyttämällä qPCR-määritystä kasvain-normaaleissa pareissa ja p16-negatiivisissa HNSCC-solulinjoissa (n>15).
Lisäksi miR:ille, joiden on aiemmin raportoitu olevan epäsäännelty HNSCC:ssä, suoritetaan samanlainen validointi, vaikka niitä ei tunnistettaisi SOLiD-sekvensoinnin etsintävaiheen aikana.
|
Niin kauan kuin tarvitaan 15 HPV-negatiivisen kasvain-limakalvonäyteparin keräämiseksi ja sekvensoinnin suorittamiseksi, jopa 10 vuotta
|
|
Tunnista miR:t, joiden vähentynyt ilmentyminen HPV-negatiivisessa HNSCC:ssä johtuu promoottorin metylaatiosta
Aikaikkuna: Niin kauan kuin tarvitaan sekvensoinnin suorittamiseen ja tulosten analysointiin, jopa 5 vuotta
|
Tuloksen 1 alla tunnistetut miR:t, joiden ilmentyminen kasvainkudoksessa on vähentynyt, tutkitaan CpG-rikkaiden promoottorien varalta tarkistamalla UCSC-tietokannasta.
MiR:ien CpG-rikkaiden promoottorien metylaatiostatus tutkitaan COBRA-määrityksellä kasvain vs. normaalipareissa (n=15) ja p16-negatiivisissa HNSCC-solulinjoissa (n>15).
Metylaatiostatuksen heterogeenisuus CpG-rikkaan promoottorin välillä karakterisoidaan bisulfaattisekvensoinnilla COBRA PCR -tuotetta käyttäen.
MiR:ien hiljentämistä promoottorimetylaatiolla tutkitaan vertaamalla keskimääräisiä miR:n ilmentymistasoja metylaatiokategorioiden välillä kasvain-normaalien parien ja HNSCC-solulinjojen osalta.
Tämä on ensisijaisesti kuvaava tutkimus.
|
Niin kauan kuin tarvitaan sekvensoinnin suorittamiseen ja tulosten analysointiin, jopa 5 vuotta
|
|
Määrittele tilastollinen yhteys kasvainspesifisten miR:ien ilmentymisen, miR-metylaation ja HPV-negatiivisen HNSCC:n terapeuttisen vasteen ja ennusteen välillä käyttämällä potilaan sairaustietoja
Aikaikkuna: Niin kauan kuin tarvitaan tietojen keräämiseen ja analysointiin lääketieteellisistä tiedoista, enintään 5 vuotta
|
HPV-negatiivisen HNSCC:n terapeuttinen vaste ja ennuste kerätään kahdesta lähteestä: potilaan tapaustiedostot New Mexico Tumor Registrysta (NMTR) ja potilaan UNMH:n sairauskertomus.
qRT PCR suunnitellaan kvantifioimaan miR:n ilmentyminen RNA:ssa, joka on uutettu formaliinilla kiinnitetyistä, parafiiniin upotetuista (FFPE) kudoksista.
Metylaatiospesifinen PCR (MSP) suunnitellaan helpottamaan laajamittaista metyylityypitystä kaikissa retrospektiivisissä kliinisissä näytteissä.
Ensisijainen analyysi suoritetaan HPV-negatiivisessa HNSCC:ssä.
Toissijainen analyysi suoritetaan kattamaan kaikki HNSCC, p16:n yli-ilmentymisen kanssa ja ilman.
p16:n yli-ilmentymisen tila säädetään sekundaarisessa analyysissä.
MiR-ekspression tilan (korkea tai matala) ja miR-metylaatiotilan (kyllä tai ei) ja potilaan PFS:n ja OS:n välinen yhteys tutkitaan Kaplan-Meierin eloonjäämiskäyrillä ja log-rank-testillä.
|
Niin kauan kuin tarvitaan tietojen keräämiseen ja analysointiin lääketieteellisistä tiedoista, enintään 5 vuotta
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Täältä löydät tähän tutkimukseen osallistuvat ihmiset ja organisaatiot.
Sponsori
Yhteistyökumppanit
Tutkijat
- Päätutkija: Garth Olson, MD, University of New Mexico Comprehensive Cancer Center
Opintojen ennätyspäivät
Nämä päivämäärät seuraavat ClinicalTrials.gov-sivustolle lähetettyjen tutkimustietueiden ja yhteenvetojen edistymistä. National Library of Medicine (NLM) tarkistaa tutkimustiedot ja raportoidut tulokset varmistaakseen, että ne täyttävät tietyt laadunvalvontastandardit, ennen kuin ne julkaistaan julkisella verkkosivustolla.
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Perjantai 17. joulukuuta 2010
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Torstai 13. helmikuuta 2020
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Tiistai 14. maaliskuuta 2023
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Keskiviikko 8. toukokuuta 2019
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 14. toukokuuta 2019
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Torstai 16. toukokuuta 2019
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Torstai 22. toukokuuta 2025
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Tiistai 20. toukokuuta 2025
Viimeksi vahvistettu
Torstai 1. toukokuuta 2025
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- INST 1008
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
EI
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Ei
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Ei
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .