A mikroRNS expressziója és epigenetikai csendesítése a HPV-negatív HNSCC terápiás válaszának és prognózisának előrejelzésére

Azonosítsa azokat a tumorspecifikus mikroRNS-eket (miR-ek), amelyek expressziója több mint kétszeresére nő vagy csökken friss tumorban, mint a humán papillomavírusra (HPV) negatív fej-nyaki laphámsejtes karcinómában (HNSCC) szenvedő betegek távoli normál nyálkahártyájában.

A friss tumortól távoli normál párok SOLiD szekvenálása olyan miR-eket fedez fel, amelyek expressziója megváltozott HNSCC daganatokban. A SOLiD szekvenálás teljes mértékben kvantitatív adatokat szolgáltat az ismert és új miR-ek expressziójához. Mivel a HPV-vel kapcsolatos daganatok az összes HNSCC körülbelül 20%-át teszik ki, és biológiailag különböznek a dohányzással és alkohollal klasszikusan összefüggő HPV-negatív daganatoktól, ebben a felfedezési kísérletben csak a p16 túlzott expressziója nélküli HNSCC-t használjuk. Ez a korlátozás növeli a minták homogenitását és a HPV-negatív HNSCC etiológiájával kapcsolatos miR-ek kimutatásának képességét. Az azonosított miR-eket qPCR vizsgálattal validáljuk a tumor-normális párokban és a p16-negatív HNSCC sejtvonalakban (n>15). Ezenkívül a korábban a HNSCC-ben szabályozatlannak nyilvánított miR-eket hasonló validálásnak vetik alá, még akkor is, ha nem azonosították a SOLiD szekvenálás felfedezési fázisában.

Azonosítsa azokat a miR-eket, amelyek csökkent expressziója a HPV-negatív HNSCC-ben a promoter metilációjának köszönhető

Az 1. eredmény alatt azonosított tumorszövetben csökkent expressziójú miR-eket az UCSC adatbázis ellenőrzésével alaposan megvizsgáljuk a CpG-ben gazdag promoterek szempontjából. A miR-ek CpG-ben gazdag promotereinek metilációs állapotát COBRA vizsgálattal vizsgáljuk tumor vs. normál párokban (n=15) és p16-negatív HNSCC sejtvonalakban (n>15). A metilációs státusz heterogenitását a CpG-ben gazdag promoterben a COBRA PCR-terméket használó biszulfát-szekvenálással jellemezzük. A miR-ek promóter-metilációval történő elnémítását a tumor-normális párok és a HNSCC sejtvonalak metilációs kategóriáinak átlagos miR-expressziós szintjének összehasonlításával vizsgáljuk. Ez elsősorban egy leíró tanulmány.

Határozza meg a statisztikai összefüggést a tumorspecifikus miR-ek expressziója, a miR-metiláció, valamint a HPV-negatív HNSCC terápiás válasza és prognózisa között a páciens egészségügyi feljegyzései alapján

A HPV-negatív HNSCC terápiás válaszát és prognózisát két forrásból gyűjtik össze: a páciens új-mexikói daganatnyilvántartásából (NMTR) és a páciens UNMH egészségügyi nyilvántartásából. A qRT PCR-t úgy tervezik meg, hogy számszerűsítse a miR expresszióját a formalinnal rögzített, paraffinba ágyazott (FFPE) szövetekből extrahált RNS-ben. A metiláció-specifikus PCR-t (MSP) úgy tervezik, hogy megkönnyítse a nagy léptékű metil-tipizálást minden retrospektív klinikai mintában. Az elsődleges elemzést HPV-negatív HNSCC-ben végezzük. Másodlagos analízist végzünk az összes HNSCC-re, p16 túlexpresszióval és anélkül. A p16 túlzott expressziós állapotát a másodlagos analízisben módosítjuk. A miR expressziós állapota (magas vagy alacsony) és a miR metilációs állapota (igen vagy nem), valamint a páciens PFS és OS közötti összefüggést Kaplan-Meier túlélési diagramok és log-rank teszt segítségével vizsgáljuk.