Ekspresja i epigenetyczne wyciszanie mikroRNA w celu przewidywania odpowiedzi terapeutycznej i rokowania HPV-ujemnego HNSCC

Zidentyfikuj mikroRNA specyficzne dla nowotworu (miR), których ekspresja wzrasta lub zmniejsza się ponad 2-krotnie w świeżym guzie w porównaniu z odległą normalną błoną śluzową od pacjentów z rakiem płaskonabłonkowym głowy i szyi (HNSCC) ujemnym dla wirusa brodawczaka ludzkiego (HPV)

Sekwencjonowanie SOLiD świeżych normalnych par odległych od guza odkryje miR, których ekspresja jest zmieniona w guzach HNSCC. Sekwencjonowanie SOLiD dostarczy w pełni ilościowych danych do ekspresji znanych i nowych miR. Ponieważ nowotwory związane z HPV stanowią około 20% wszystkich HNSCC i są biologicznie różne od nowotworów HPV-ujemnych, klasycznie związanych z tytoniem i alkoholem, w tym eksperymencie odkrywczym zostanie użyty tylko HNSCC bez nadekspresji p16. To ograniczenie zwiększy jednorodność próbek i zdolność wykrywania miR związanych z etiologią HPV-ujemnego HNSCC. Zidentyfikowane miR zostaną zweryfikowane przy użyciu testu qPCR w parach z prawidłowym guzem iw p16-ujemnych liniach komórkowych HNSCC (n>15). Ponadto miR, o których wcześniej informowano, że są rozregulowane w HNSCC, zostaną poddane podobnej walidacji, nawet jeśli nie zostaną zidentyfikowane podczas fazy odkrywania sekwencjonowania SOLiD.

Zidentyfikuj miR, których zmniejszona ekspresja w HPV-ujemnym HNSCC jest spowodowana metylacją promotora

MiR o zmniejszonej ekspresji w tkance nowotworowej zidentyfikowane w wyniku 1 zostaną zbadane pod kątem promotorów bogatych w CpG poprzez sprawdzenie bazy danych UCSC. Stan metylacji promotorów miR bogatych w CpG będzie badany za pomocą testu COBRA w parach guza vs. normalny (n=15) iw p16-ujemnych liniach komórkowych HNSCC (n>15). Heterogeniczność statusu metylacji promotora bogatego w CpG zostanie scharakteryzowana przez sekwencjonowanie wodorosiarczanem przy użyciu produktu COBRA PCR. Wyciszanie miR przez metylację promotora zostanie zbadane przez porównanie średnich poziomów ekspresji miR między kategoriami metylacji dla par normalnych guzów i dla linii komórkowych HNSCC. Jest to przede wszystkim badanie opisowe.

Zdefiniuj związek statystyczny między ekspresją miR specyficznych dla guza, metylacją miR a odpowiedzią terapeutyczną i rokowaniem HPV-ujemnego HNSCC na podstawie dokumentacji medycznej pacjenta

Odpowiedź terapeutyczna i rokowanie HPV-ujemnego HNSCC zostaną zebrane z dwóch źródeł: dokumentacji przypadku pacjenta z Rejestru Nowotworów Nowego Meksyku (NMTR) oraz z dokumentacji medycznej pacjenta UNMH. qRT PCR zostanie zaprojektowany do ilościowego określenia ekspresji miR w RNA wyekstrahowanym z tkanek utrwalonych w formalinie i zatopionych w parafinie (FFPE). Specyficzny dla metylacji PCR (MSP) zostanie zaprojektowany w celu ułatwienia typowania metylu na dużą skalę we wszystkich retrospektywnych próbkach klinicznych. Podstawowa analiza zostanie przeprowadzona w HPV-ujemnym HNSCC. Przeprowadzona zostanie analiza wtórna obejmująca wszystkie HNSCC, z nadekspresją p16 i bez niej. status nadekspresji p16 zostanie dostosowany w analizie wtórnej. Związek między statusem ekspresji miR (wysoki lub niski) i statusem metylacji miR (tak lub nie) a PFS i OS pacjenta zostanie zbadany przy użyciu wykresów przeżycia Kaplana-Meiera i testu log-rank.