Ekspression og epigenetisk dæmpning af mikroRNA til forudsigelse af terapeutisk respons og prognose af HPV-negativ HNSCC
20. maj 2025 opdateret af: New Mexico Cancer Research Alliance
INST 1008: Ekspression og epigenetisk dæmpning af mikroRNA til forudsigelse af den terapeutiske respons og prognose af HPV-negativt hoved- og halspladecellecarcinom (HNSCC)
En todelt molekylær epidemiologisk undersøgelse vil blive udført for omfattende at vurdere sammenhængen mellem miR-ekspression og miR-promotor-methylering og responsen på terapi og prognose hos primære, HPV-negative HNSCC-patienter.
Del 1 vil være en prospektiv samling af 25 par friskt tumor-fjernt normalt slimhindevæv hos patienter med HNSCC.
I sidste ende vil 15 HPV-negative tumor-slimhindepar blive brugt til opdagelsesarbejde ved at identificere miR'er, hvis ekspression er op- eller nedreguleret i tumorer.
Del 2 vil teste sammenhængen mellem miR-ekspression og miR-promotor-methylering og terapeutisk respons og overlevelse i alle arkiverede kirurgiske tilfælde af HPV-negativ HNSCC ved University of New Mexico Hospital (UNMH) indsamlet efter 1990.
Studieoversigt
Status
Afsluttet
Betingelser
Intervention / Behandling
Detaljeret beskrivelse
* Del 1, Prospektiv samling af friske tumor-fjerne normale par
Efterforskerne vil prospektivt indsamle 25 par frisk HNSCC tumor-fjern normalt slimhindevæv.
* Del 2, Retrospective Molecular Epidemiology Study of Association of miRs with Therapeutic Response and Prognosis in HNSCC.
Efterforskerne vil udførligt teste sammenhængen mellem miR-ekspression og miR-promotor-methylering og responsen på terapi og overlevelse i alle tilfælde af kirurgisk HPV-negativ HNSCC ved UNMH indsamlet efter 1990. Læbe- og ikke-keratiniserende nasopharyngeale tilfælde vil blive udelukket, da disse er ætiologisk adskilte og relateret til henholdsvis kutan SCC eller EB-virusinfektion. Ingen tilfælde vil blive udelukket på grund af køn, alder, race eller etnicitet.
Undersøgelsestype
Observationel
Tilmelding (Anslået)
25
Kontakter og lokationer
Dette afsnit indeholder kontaktoplysninger for dem, der udfører undersøgelsen, og oplysninger om, hvor denne undersøgelse udføres.
Studiesteder
-
-
New Mexico
-
Albuquerque, New Mexico, Forenede Stater, 87106
- University of New Mexico - Cancer Center
-
-
Deltagelseskriterier
Forskere leder efter personer, der passer til en bestemt beskrivelse, kaldet berettigelseskriterier. Nogle eksempler på disse kriterier er en persons generelle helbredstilstand eller tidligere behandlinger.
Berettigelseskriterier
Aldre berettiget til at studere
18 år og ældre (Voksen, Ældre voksen)
Tager imod sunde frivillige
Ingen
Prøveudtagningsmetode
Ikke-sandsynlighedsprøve
Studiebefolkning
Patienter med kendt eller mistænkt HNSCC
Beskrivelse
Inklusionskriterier:
Patienter med en kendt eller mistænkt diagnose af HNSCC
- Ethvert primært sted kan inkluderes, undtagen ikke-keratiniserende nasopharyngeal SCC eller lip SCC.
- Patienter er planlagt til diagnostiske biopsier for mistanke om HNSCC, eller til terapeutisk kirurgi for HNSCC.
- Patienter er naive over for stråling til hoved og nakke forud for forskningsbiopsier.
- Patienter har ikke modtaget kemoterapi til diagnosticering af HNSCC forud for forskningsbiopsier.
- Alder > 18 år.
- Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) præstationsstatus på 0-2.
- Patienter underskriver et informeret samtykke og accepterer frisk tumorbiopsi samt fjern normal slimhindebiopsi med henblik på beskrevet forskning. Forskningsbiopsier vil være et supplement til den planlagte operation. I tilfælde, hvor der er planlagt tumorresektion, vil en repræsentativ del af tumoren blive indsendt til forskningsformål.
Ekskluderingskriterier:
- Ikke-keratiniserende nasopharyngeal carcinom
- Læbepladecellekarcinom
Studieplan
Dette afsnit indeholder detaljer om studieplanen, herunder hvordan undersøgelsen er designet, og hvad undersøgelsen måler.
Hvordan er undersøgelsen tilrettelagt?
Design detaljer
Hvad måler undersøgelsen?
Primære resultatmål
Resultatmål |
Foranstaltningsbeskrivelse |
Tidsramme |
|---|---|---|
|
Identificer tumorspecifikke mikroRNA'er (miR'er), hvis ekspression øges eller falder med over 2 gange i frisk tumor vs. fjern normal slimhinde fra patienter med hoved- og halspladecellekræft (HNSCC) negativt for humant papillomavirus (HPV)
Tidsramme: Så længe det er nødvendigt for at indsamle 15 HPV-negative tumor-slimhindeprøvepar og fuldstændig sekventering, op til 10 år
|
SOLiD-sekventering af friske tumor-fjerne normale par vil opdage miR'er, hvis ekspression er ændret i HNSCC-tumorer.
SOLiD-sekventering vil give fuldt kvantitative data til ekspressionen af kendte og nye miR'er.
Fordi HPV-relaterede tumorer udgør ca. 20% af alle HNSCC og er biologisk adskilte fra HPV-negative tumorer, der klassisk er forbundet med tobak og alkohol, vil kun HNSCC uden p16-overekspression blive brugt i dette opdagelseseksperiment.
Denne begrænsning vil øge homogeniteten af prøverne og evnen til at detektere miRs forbundet med ætiologien af HPV-negativ HNSCC.
De identificerede miR'er vil blive valideret ved hjælp af qPCR-assay i tumor-normale par og i p16-negative HNSCC-cellelinjer (n>15).
Derudover vil miR'er, der tidligere er rapporteret at være dysregulerede i HNSCC, blive udsat for lignende validering, selvom de ikke identificeres under SOLiD-sekventeringsopdagelsesfasen.
|
Så længe det er nødvendigt for at indsamle 15 HPV-negative tumor-slimhindeprøvepar og fuldstændig sekventering, op til 10 år
|
|
Identificer miR'er, hvis reducerede ekspression i HPV-negative HNSCC skyldes promotormethylering
Tidsramme: Så længe det er nødvendigt for at fuldføre sekventering og analysere resultater, op til 5 år
|
miR'er med reduceret ekspression i tumorvæv identificeret under resultat 1 vil blive undersøgt for CpG-rige promotorer ved at kontrollere UCSC-databasen.
Methyleringsstatussen af CpG-rige promotorer af miR'er vil blive undersøgt ved COBRA-assay i tumor vs. normale par (n=15) og i p16-negative HNSCC-cellelinjer (n>15).
Heterogeniteten af methyleringsstatus på tværs af den CpG-rige promotor vil blive karakteriseret ved bisulfat-sekventering under anvendelse af COBRA PCR-produktet.
Silencing af miR'er ved promotormethylering vil blive undersøgt ved at sammenligne gennemsnitlige miR-ekspressionsniveauer mellem methyleringskategorierne for tumor-normale par og for HNSCC-cellelinjerne.
Dette er primært en beskrivende undersøgelse.
|
Så længe det er nødvendigt for at fuldføre sekventering og analysere resultater, op til 5 år
|
|
Definer den statistiske sammenhæng mellem ekspressionen af tumorspecifikke miR'er, miR-methylering og den terapeutiske respons og prognose af HPV-negativ HNSCC ved hjælp af patientjournaler
Tidsramme: Så længe det er nødvendigt for at indsamle og analysere oplysninger fra journaler, op til 5 år
|
Den terapeutiske respons og prognose for HPV-negativ HNSCC vil blive indsamlet fra to kilder: patientens sagsmappe fra New Mexico Tumor Registry (NMTR) og fra patientens UNMH-journal.
qRT PCR vil blive designet til at kvantificere miR-ekspressionen i RNA ekstraheret fra det formalinfikserede, paraffinindlejrede (FFPE) væv.
En methyleringsspecifik PCR (MSP) vil blive designet til at lette den store methyl-typebestemmelse i alle retrospektive kliniske prøver.
Den primære analyse vil blive udført i HPV-negativ HNSCC.
En sekundær analyse vil blive udført for at inkludere alle HNSCC, med og uden p16 overekspression.
p16-overekspressionsstatus vil blive justeret i den sekundære analyse.
Forbindelsen mellem miR-ekspressionsstatus (høj eller lav) og miR-methyleringsstatus (ja eller nej) og patientens PFS og OS vil blive undersøgt ved hjælp af Kaplan-Meier-overlevelsesplot og log-rank-testen.
|
Så længe det er nødvendigt for at indsamle og analysere oplysninger fra journaler, op til 5 år
|
Samarbejdspartnere og efterforskere
Det er her, du vil finde personer og organisationer, der er involveret i denne undersøgelse.
Samarbejdspartnere
Efterforskere
- Ledende efterforsker: Garth Olson, MD, University of New Mexico Comprehensive Cancer Center
Datoer for undersøgelser
Disse datoer sporer fremskridtene for indsendelser af undersøgelsesrekord og resumeresultater til ClinicalTrials.gov. Studieregistreringer og rapporterede resultater gennemgås af National Library of Medicine (NLM) for at sikre, at de opfylder specifikke kvalitetskontrolstandarder, før de offentliggøres på den offentlige hjemmeside.
Studer store datoer
Studiestart (Faktiske)
17. december 2010
Primær færdiggørelse (Faktiske)
13. februar 2020
Studieafslutning (Faktiske)
14. marts 2023
Datoer for studieregistrering
Først indsendt
8. maj 2019
Først indsendt, der opfyldte QC-kriterier
14. maj 2019
Først opslået (Faktiske)
16. maj 2019
Opdateringer af undersøgelsesjournaler
Sidste opdatering sendt (Faktiske)
22. maj 2025
Sidste opdatering indsendt, der opfyldte kvalitetskontrolkriterier
20. maj 2025
Sidst verificeret
1. maj 2025
Mere information
Begreber relateret til denne undersøgelse
Yderligere relevante MeSH-vilkår
Andre undersøgelses-id-numre
- INST 1008
Plan for individuelle deltagerdata (IPD)
Planlægger du at dele individuelle deltagerdata (IPD)?
INGEN
Lægemiddel- og udstyrsoplysninger, undersøgelsesdokumenter
Studerer et amerikansk FDA-reguleret lægemiddelprodukt
Ingen
Studerer et amerikansk FDA-reguleret enhedsprodukt
Ingen
Disse oplysninger blev hentet direkte fra webstedet clinicaltrials.gov uden ændringer. Hvis du har nogen anmodninger om at ændre, fjerne eller opdatere dine undersøgelsesoplysninger, bedes du kontakte register@clinicaltrials.gov. Så snart en ændring er implementeret på clinicaltrials.gov, vil denne også blive opdateret automatisk på vores hjemmeside .