Expression et silence épigénétique du microARN pour prédire la réponse thérapeutique et le pronostic du HNSCC HPV négatif

Identifier les microARN spécifiques de la tumeur (miR) dont l'expression augmente ou diminue de plus de 2 fois dans la tumeur fraîche par rapport à la muqueuse normale distante de patients atteints d'un carcinome épidermoïde de la tête et du cou (HNSCC) négatif pour le papillomavirus humain (HPV)

Le séquençage SOLiD de paires normales fraîches distantes de tumeurs permettra de découvrir des miR dont l'expression est altérée dans les tumeurs HNSCC. Le séquençage SOLiD fournira des données entièrement quantitatives pour l'expression de miR connus et nouveaux. Étant donné que les tumeurs liées au VPH représentent environ 20 % de tous les HNSCC et sont biologiquement distinctes des tumeurs négatives au VPH classiquement associées au tabac et à l'alcool, seul le HNSCC sans surexpression de p16 sera utilisé dans cette expérience de découverte. Cette restriction augmentera l'homogénéité des échantillons et le pouvoir de détecter les miR associés à l'étiologie du HNSCC HPV négatif. Les miR identifiés seront validés à l'aide d'un test qPCR dans les paires tumeur-normales et dans les lignées cellulaires HNSCC p16 négatives (n> 15). De plus, les miR précédemment signalés comme étant dérégulés dans le HNSCC seront soumis à une validation similaire, même s'ils n'ont pas été identifiés lors de la phase de découverte du séquençage SOLiD.

Identifier les miR dont l'expression réduite dans le HNSCC HPV négatif est due à la méthylation du promoteur

Les miR avec une expression réduite dans le tissu tumoral identifié sous le résultat 1 seront examinés pour les promoteurs riches en CpG en vérifiant la base de données UCSC. Le statut de méthylation des promoteurs riches en CpG des miR sera examiné par test COBRA dans des paires tumorales vs normales (n = 15) et dans des lignées cellulaires HNSCC p16 négatives (n> 15). L'hétérogénéité de l'état de méthylation à travers le promoteur riche en CpG sera caractérisée par un séquençage au bisulfate à l'aide du produit PCR COBRA. Le silençage des miR par la méthylation du promoteur sera examiné en comparant les niveaux moyens d'expression de miR entre les catégories de méthylation pour les paires tumeur-normales et pour les lignées cellulaires HNSCC. Il s'agit avant tout d'une étude descriptive.

Définir l'association statistique entre l'expression de miR spécifiques à la tumeur, la méthylation de miR et la réponse thérapeutique et le pronostic du HNSCC HPV négatif à l'aide des dossiers médicaux des patients

La réponse thérapeutique et le pronostic du HNSCC HPV négatif seront recueillis à partir de deux sources : le dossier du patient du registre des tumeurs du Nouveau-Mexique (NMTR) et le dossier médical UNMH du patient. La qRT PCR sera conçue pour quantifier l'expression de miR dans l'ARN extrait des tissus fixés au formol et inclus en paraffine (FFPE). Une PCR spécifique à la méthylation (MSP) sera conçue pour faciliter le typage méthyle à grande échelle dans tous les échantillons cliniques rétrospectifs. L'analyse primaire sera effectuée dans un HNSCC HPV négatif. Une analyse secondaire sera effectuée pour inclure tous les HNSCC, avec et sans surexpression de p16. Le statut de surexpression de p16 sera ajusté dans l'analyse secondaire. L'association entre l'état d'expression de miR (élevé ou faible) et l'état de méthylation de miR (oui ou non), et la SSP et la SG du patient sera examinée à l'aide des parcelles de survie de Kaplan-Meier et du test du log-rank.