HPV 음성 HNSCC의 치료 반응 및 예후 예측을 위한 MicroRNA의 발현 및 후생적 침묵

인간 유두종 바이러스(HPV)에 대해 음성인 두경부 편평 세포 암종(HNSCC) 환자의 새로운 종양 대 원격 정상 점막에서 발현이 2배 이상 증가 또는 감소하는 종양 특이적 마이크로RNA(miR) 식별

새로운 종양-원거리 정상 쌍의 SOLiD 시퀀싱은 HNSCC 종양에서 발현이 변경된 miR을 발견할 것입니다. SOLiD 시퀀싱은 알려지거나 새로운 miR의 표현을 위한 완전한 정량적 데이터를 제공합니다. HPV 관련 종양은 모든 HNSCC의 약 20%를 구성하고 담배 및 알코올과 관련된 고전적인 HPV 음성 종양과 생물학적으로 구별되기 때문에 p16 과발현이 없는 HNSCC만 이 발견 실험에 사용됩니다. 이 제한은 샘플의 균질성과 HPV 음성 HNSCC의 병인과 관련된 miR을 감지하는 능력을 증가시킬 것입니다. 식별된 miR은 종양-정상 쌍 및 p16-음성 HNSCC 세포주(n>15)에서 qPCR 분석을 사용하여 검증될 것입니다. 또한 이전에 HNSCC에서 조절 장애가 있는 것으로 보고된 miR은 SOLiD 시퀀싱 발견 단계에서 확인되지 않더라도 유사한 검증을 받게 됩니다.

HPV 음성 HNSCC에서 감소된 발현이 프로모터 메틸화로 인한 miR 식별

결과 1에서 식별된 종양 조직에서 발현이 감소된 miR은 UCSC 데이터베이스를 확인하여 CpG가 풍부한 프로모터에 대해 면밀히 조사됩니다. miR의 CpG 풍부 프로모터의 메틸화 상태는 종양 대 정상 쌍(n=15) 및 p16-음성 HNSCC 세포주(n>15)에서 COBRA 검정에 의해 조사될 것이다. CpG가 풍부한 프로모터에 걸친 메틸화 상태의 이질성은 COBRA PCR 제품을 사용한 바이설페이트 시퀀싱으로 특징지어질 것입니다. 프로모터 메틸화에 의한 miR의 침묵은 종양-정상 쌍 및 HNSCC 세포주에 대한 메틸화 카테고리 사이의 평균 miR 발현 수준을 비교함으로써 조사될 것이다. 이것은 주로 설명적인 연구입니다.

환자 의료 기록을 사용하여 종양 특이적 miR의 발현, miR 메틸화, HPV 음성 HNSCC의 치료 반응 및 예후 사이의 통계적 연관성을 정의합니다.

HPV 음성 HNSCC의 치료 반응 및 예후는 뉴멕시코 종양 등록부(NMTR)의 환자 사례 파일과 환자의 UNMH 의료 기록의 두 가지 출처에서 수집됩니다. qRT PCR은 포르말린 고정 파라핀 포매(FFPE) 조직에서 추출한 RNA의 miR 발현을 정량화하도록 설계됩니다. 메틸화 특이적 PCR(MSP)은 모든 후향적 임상 샘플에서 대규모 메틸 유형 분석을 용이하게 하도록 설계될 것입니다. 1차 분석은 HPV 음성 HNSCC에서 수행됩니다. p16 과발현 유무에 관계없이 모든 HNSCC를 포함하기 위해 2차 분석을 수행할 것입니다. p16 과발현 상태는 2차 분석에서 조정됩니다. miR 발현 상태(높음 또는 낮음)와 miR 메틸화 상태(예 또는 아니요), 환자의 PFS 및 OS 사이의 연관성은 Kaplan-Meier 생존 플롯 및 로그 순위 테스트를 사용하여 조사됩니다.