Lactamica 9: Inokulace Neisseria Lactamica v pozdním těhotenství

Plánujeme provést nazální inokulaci N. lactamica (divoký kmen Y92-1009) u zdravých těhotných žen, abychom zjistili, zda dochází k horizontálnímu přenosu N. lactamica na jejich novorozence, a abychom charakterizovali dopad na vyvíjející se neonatální horní cesty dýchací (URT ) mikrobiom. Pokud bude tato studie úspěšná, poskytne nový model pro vyvolání a zachycení přirozené kolonizace u novorozenců. Na rozdíl od tradičních modelů kontrolovaných lidských infekcí, které zachycují kolonizaci vyvolanou očkováním, by tento model prvního člověka studoval komenzální přenos z člověka na člověka, což by umožnilo srovnání změn mikrobiomu a adaptivní komenzální mikroevoluci u párů matka-dítě. Již jsme provedli relevantní výzkum týkající se zapojení pacientů a veřejnosti, ve kterém všech 12 dotazovaných těhotných žen uvedlo souhlas s navrhovanou studií a 11 vyjádřilo, že by měly zájem se takové studie zúčastnit.

Oslovíme zdravé těhotné ženy ve druhém a třetím trimestru těhotenství. Screening způsobilosti a zařazení do studie se uskuteční ve 34+0 až 36+6 týdnech těhotenství a 20 ženám (které ještě nejsou kolonizovány N. lactamica) bude naočkováno nazálně 10^5 kolonie tvořícími jednotkami N. lactamica Y92-1009 ve věku 36+ 0 až 37+6 týdnů těhotenství. Vzorky budou odebrány od čerstvých matek (nosohltanové, orofaryngeální a ze slin) a jejich novorozenců (nosohltanové a slinné) 1 den, 1 týden, 1 měsíc a 4 měsíce po porodu. Je-li to možné a se souhlasem dobrovolníka, odebereme vzorek pupečníkové krve při porodu a vzorek žilní krve kojence 1 měsíc a 4 měsíce po porodu pro uchování a použití v budoucích studiích. Odebereme také vzorek žilní krve matky 4 měsíce po porodu, stejně jako výtěr ze slin od všech kontaktů v domácnosti ve věku do 5 let. Všichni přirození přenašeči N. lactamica identifikovaní při screeningu nebudou naočkováni, ale budou sledováni se svými novorozenci pro biologické odběry.

Výtěry z hltanu a slin budou suspendovány ve skladovacím médiu, rozděleny na alikvoty a skladovány při -80 °C. Kolonizace bakterií N. lactamica bude potvrzena pomocí selektivního agaru, Gramova barvení, mikroskopie a testování analytického profilového indexu (a pomocí matrice asistované laserové desorpce/ionizace doby letu pro neprůkazné výsledky). Hustota kolonizace N. lactamica bude kvantifikována, izoláty budou skladovány při -80 °C a identita kmene Y92-1009 bude potvrzena pomocí cílené polymerázové řetězové reakce (PCR).

Analýza mikrobiomu bude provedena na rozmražených alikvotních podílech spárovaných vzorků matka-novorozenec, extrakcí DNA, PCR genu pro 16S ribozomální ribonukleovou kyselinu (rRNA) a sekvenováním amplikonu. Nízká kvalita a čtení chimérických sekvencí budou odstraněna a vysoce kvalitní čtení budou oříznuta, zarovnána a seskupena pro taxonomickou klasifikaci a statistickou analýzu.

Spárované mateřské a neonatální izoláty potvrzené jako N. lactamica Y92-1009 budou sekvenovány a výsledné genomy budou mapovány do kompletního uzavřeného referenčního genomu N. lactamica Y92-1009, aby se vyhodnotil důkaz zřetelné mikroevoluce.

Porovnáme také profily spárovaných mikrobiomů, abychom identifikovali kandidátské organismy, které jsou přítomny u matek a jejich kojenců. Spárované alikvoty vzorku matky a novorozence se rozmrazí a nanesou na selektivní média a izoláty kandidátních druhů se identifikují pomocí Gramova barvení, mikroskopie a dalších relevantních mikrobiologických testů. Výsledné izoláty budou sekvenovány a analyzovány na důkaz sdílení kmenů mezi matkami a jejich novorozenci, což naznačuje horizontální přenos.