Lactamica 9 : Inoculation de Neisseria Lactamica en fin de grossesse

Nous prévoyons d'effectuer une inoculation nasale avec N. lactamica (souche de type sauvage Y92-1009) chez des femmes enceintes en bonne santé, afin d'établir si le transfert horizontal de N. lactamica à leurs nouveau-nés se produit et de caractériser l'impact sur le développement des voies respiratoires supérieures néonatales (URT ) microbiome. En cas de succès, cette étude fournira un nouveau modèle pour induire et capturer un événement de colonisation naturelle chez les nouveau-nés. Contrairement aux modèles traditionnels d'infection humaine contrôlée, qui capturent la colonisation induite par l'inoculation, ce premier modèle chez l'homme étudierait la transmission commensale de personne à personne, permettant la comparaison des changements du microbiome et de la microévolution commensale adaptative chez les paires mère-enfant. Nous avons déjà mené des recherches pertinentes sur la participation des patients et du public, dans lesquelles les 12 femmes enceintes interrogées ont déclaré avoir approuvé cette étude proposée, et 11 ont exprimé qu'elles auraient été intéressées à participer à une telle étude.

Nous approcherons des femmes enceintes en bonne santé au cours de leurs deuxième et troisième trimestres de grossesse. Le dépistage d'éligibilité et l'inscription auront lieu entre 34 + 0 et 36 + 6 semaines de gestation, et 20 femmes (non déjà colonisées par N. lactamica) seront inoculées par voie nasale avec 10 ^ 5 unités formant colonie N. lactamica Y92-1009 à 36 ans et plus 0 à 37+6 semaines de gestation. Des échantillons seront prélevés sur les nouvelles mères (nasopharyngé, oropharyngé et salivaire) et leurs nouveau-nés (nasopharyngé et salivaire) à 1 jour, 1 semaine, 1 mois et 4 mois post-partum. Si possible, et avec le consentement du volontaire, nous prélèverons un échantillon de sang de cordon ombilical à l'accouchement et un échantillon de sang veineux du nourrisson à 1 mois et 4 mois post-partum, pour stockage et utilisation dans de futures études. Nous prélèverons également un échantillon de sang veineux maternel à 4 mois post-partum, ainsi qu'un prélèvement de salive de tous les contacts familiaux âgés de moins de 5 ans. Tous les porteurs naturels de N. lactamica identifiés lors du dépistage ne seront pas inoculés, mais seront suivis avec leurs nouveau-nés pour un échantillonnage biologique.

Les écouvillons pharyngés et salivaires seront mis en suspension dans un milieu de stockage, aliquotés et conservés à -80 °C. La colonisation de N. lactamica sera confirmée à l'aide d'un agar sélectif, d'une coloration de Gram, d'une microscopie et d'un test d'indice de profil analytique (et d'un temps de vol de désorption/ionisation laser assisté par matrice pour des résultats non concluants). La densité de colonisation de N. lactamica sera quantifiée, les isolats seront stockés à -80 °C et l'identité de la souche Y92-1009 sera confirmée par réaction en chaîne par polymérase (PCR) ciblée.

L'analyse du microbiome sera effectuée sur des aliquotes décongelées d'échantillons mère-nouveau-né appariés, par extraction d'ADN, PCR du gène de l'acide ribonucléique ribosomal (ARNr) 16S et séquençage d'amplicon. Les lectures de mauvaise qualité et de séquences chimériques seront supprimées, et les lectures de haute qualité seront coupées, alignées et regroupées pour la classification taxonomique et l'analyse statistique.

Les isolats maternels et néonatals appariés confirmés comme N. lactamica Y92-1009 seront séquencés et les génomes résultants seront cartographiés sur un génome de référence fermé complet de N. lactamica Y92-1009, afin d'évaluer les preuves d'une microévolution distincte.

Nous comparerons également des profils de microbiome appariés pour identifier les organismes candidats présents chez les mères et leurs nourrissons. Des aliquotes d'échantillons appariés mère-nouveau-né seront décongelées et étalées sur des milieux sélectifs, et des isolats d'espèces candidates seront identifiés à l'aide de la coloration de Gram, de la microscopie et d'autres tests microbiologiques pertinents. Les isolats résultants seront séquencés et analysés pour rechercher des preuves de partage de souches entre les mères et leurs nouveau-nés, suggérant un transfert horizontal.