Lactamica 9: Szczepienie Neisseria Lactamica w późnej ciąży

Planujemy wykonać inokulację donosową N. lactamica (szczep typu dzikiego Y92-1009) u zdrowych ciężarnych kobiet, aby ustalić, czy zachodzi horyzontalny transfer N. lactamica do ich noworodków oraz scharakteryzować wpływ na rozwijające się górne drogi oddechowe noworodka (URT ) mikrobiom. Jeśli się powiedzie, badanie to dostarczy nowego modelu indukowania i wychwytywania naturalnego zdarzenia kolonizacji u noworodków. W przeciwieństwie do tradycyjnych kontrolowanych modeli infekcji u ludzi, które wychwytują kolonizację wywołaną szczepieniem, ten pierwszy model na człowieku badałby transmisję komensalną między ludźmi, umożliwiając porównanie zmian mikrobiomu i adaptacyjnej mikroewolucji komensalnej w parach matka-niemowlę. Przeprowadziliśmy już odpowiednie badanie zaangażowania pacjentów i społeczeństwa, w którym wszystkie 12 kobiet w ciąży, z którymi przeprowadzono wywiady, wyraziło zgodę na to proponowane badanie, a 11 wyraziło zainteresowanie wzięciem udziału w takim badaniu.

Podejdziemy do zdrowych kobiet w ciąży w drugim i trzecim trymestrze ciąży. Badanie kwalifikacyjne i rekrutacja odbędą się między 34+0 a 36+6 tygodniem ciąży, a 20 kobiet (nieskolonizowanych jeszcze przez N. lactamica) zostanie zaszczepionych donosowo 10^5 jednostkami tworzącymi kolonie N. lactamica Y92-1009 w wieku 36+ 0 do 37+6 tygodni ciąży. Próbki będą pobierane od nowych matek (pobranie nosowo-gardłowe, ślina ustno-gardłowa) oraz ich noworodków (pobranie śliny nosowo-gardłowej i śliny) 1 dzień, 1 tydzień, 1 miesiąc i 4 miesiące po porodzie. Jeśli to możliwe i za zgodą ochotniczki, pobierzemy próbkę krwi pępowinowej przy porodzie i próbkę krwi żylnej niemowlęcia po 1 miesiącu i 4 miesiącach po porodzie, do przechowywania i wykorzystania w przyszłych badaniach. Pobierzemy również próbkę krwi żylnej matki 4 miesiące po porodzie, a także wymaz ze śliny od wszystkich domowników w wieku poniżej 5 lat. Wszelkie naturalne nosiciele N. lactamica zidentyfikowane podczas badań przesiewowych nie zostaną zaszczepione, ale ich noworodki zostaną poddane obserwacji w celu pobrania próbek biologicznych.

Wymazy z gardła i śliny zostaną zawieszone w podłożu do przechowywania, podzielone na porcje i przechowywane w temperaturze -80°C. Kolonizacja N. lactamica zostanie potwierdzona za pomocą selektywnego agaru, barwienia metodą Grama, mikroskopii i analizy indeksu profilu analitycznego (oraz czasu przelotu desorpcji/jonizacji lasera wspomaganego matrycą w celu uzyskania niejednoznacznych wyników). Gęstość kolonizacji N. lactamica zostanie określona ilościowo, izolaty będą przechowywane w temperaturze -80°C, a tożsamość szczepu Y92-1009 zostanie potwierdzona przy użyciu ukierunkowanej reakcji łańcuchowej polimerazy (PCR).

Analiza mikrobiomu zostanie przeprowadzona na rozmrożonych porcjach sparowanych próbek matki i noworodka, poprzez ekstrakcję DNA, PCR genu 16S rybosomalnego kwasu rybonukleinowego (rRNA) i sekwencjonowanie amplikonu. Słabej jakości i chimeryczne odczyty sekwencji zostaną usunięte, a odczyty wysokiej jakości zostaną przycięte, wyrównane i zgrupowane w celu klasyfikacji taksonomicznej i analizy statystycznej.

Sparowane izolaty matczyne i noworodkowe potwierdzone jako N. lactamica Y92-1009 zostaną zsekwencjonowane, a powstałe genomy zostaną zmapowane do kompletnego zamkniętego genomu referencyjnego N. lactamica Y92-1009, w celu oceny dowodów na wyraźną mikroewolucję.

Porównamy również sparowane profile mikrobiomów, aby zidentyfikować organizmy kandydujące obecne u matek i ich niemowląt. Sparowane porcje próbek matki i noworodka zostaną rozmrożone i wysiane na selektywne podłoża, a izolaty gatunków kandydujących zostaną zidentyfikowane za pomocą barwienia metodą Grama, mikroskopii i innych odpowiednich testów mikrobiologicznych. Powstałe izolaty zostaną zsekwencjonowane i przeanalizowane pod kątem dowodów na współdzielenie szczepu między matkami i ich noworodkami, co sugeruje przeniesienie poziome.