Lactamica 9: Neisseria Lactamica-podning i sen graviditet

Vi planlægger at udføre nasal podning med N. lactamica (vildtype stamme Y92-1009) hos raske gravide kvinder, for at fastslå, om der sker horisontal N. lactamica-overførsel til deres nyfødte, og for at karakterisere påvirkningen på de udviklende neonatale øvre luftveje (URT) ) mikrobiom. Hvis det lykkes, vil denne undersøgelse give en ny model til at inducere og indfange en naturlig koloniseringsbegivenhed hos nyfødte. I modsætning til traditionelle kontrollerede humane infektionsmodeller, som fanger inokulationsinduceret kolonisering, ville denne første-i-mand-model studere person-til-person kommensal transmission, hvilket muliggør sammenligning af mikrobiomændringer og adaptiv kommensal mikroevolution i mor-spædbarn-par. Vi har allerede udført relevant forskning om patient- og offentlig involvering, hvor alle 12 interviewede gravide kvinder rapporterede godkendelse af denne foreslåede undersøgelse, og 11 gav udtryk for, at de ville have været interesserede i at deltage i en sådan undersøgelse.

Vi vil henvende os til raske gravide kvinder i deres andet og tredje trimester af graviditeten. Berettigelsesscreening og tilmelding vil finde sted ved 34+0 til 36+6 ugers svangerskab, og 20 kvinder (ikke allerede koloniseret med N. lactamica) vil blive podet nasalt med 10^5 kolonidannende enheder N. lactamica Y92-1009 ved 36+ 0 til 37+6 ugers graviditet. Prøver vil blive indhentet fra nybagte mødre (nasopharyngeal, oropharyngeal og spyt) og deres nyfødte (nasopharyngeal og spyt) 1 dag, 1 uge, 1 måned og 4 måneder efter fødslen. Hvis det er muligt, og med den frivilliges samtykke, vil vi indsamle en navlestrengsblodprøve ved fødslen og en venøs spædbarnsprøve 1 måned og 4 måneder efter fødslen til opbevaring og brug i fremtidige undersøgelser. Vi vil også indsamle en venøs blodprøve fra moderen 4 måneder efter fødslen, samt en spytpodning fra alle husstandskontakter på under 5 år. Eventuelle naturlige N. lactamica-bærere identificeret ved screening vil ikke blive podet, men vil blive fulgt op med deres nyfødte til biologisk prøvetagning.

Svælg- og spytpodninger vil blive suspenderet i opbevaringsmedium, alikvoteret og opbevaret ved -80°C. N. lactamica-kolonisering vil blive bekræftet ved hjælp af selektiv agar, Gram-farvning, mikroskopi og analytisk profilindekstest (og matrix-assisteret laserdesorption/ioniseringstid-of-flight for inkonklusive resultater). N. lactamica kolonisationsdensitet vil blive kvantificeret, isolater vil blive opbevaret ved -80°C, og Y92-1009 stammeidentitet vil blive bekræftet ved hjælp af målrettet polymerasekædereaktion (PCR).

Mikrobiomanalyse vil blive udført på optøede aliquoter af parrede mor-neonatprøver ved DNA-ekstraktion, 16S ribosomal ribonukleinsyre (rRNA) gen-PCR og amplikonsekventering. Aflæsninger af dårlig kvalitet og kimæriske sekvenser vil blive fjernet, og aflæsninger af høj kvalitet vil blive trimmet, justeret og grupperet til taksonomisk klassificering og statistisk analyse.

Parrede maternelle og neonatale isolater bekræftet som N. lactamica Y92-1009 vil blive sekventeret, og de resulterende genomer vil blive kortlagt til et komplet N. lactamica Y92-1009 lukket referencegenom for at vurdere for beviser for distinkt mikroevolution.

Vi vil også sammenligne parrede mikrobiomprofiler for at identificere kandidatorganismer, der er til stede i mødre og deres spædbørn. Parrede mor-neonatprøvealikvoter vil blive optøet og udpladet på selektive medier, og isolater af kandidatarter vil blive identificeret ved hjælp af Gram-farvning, mikroskopi og andre relevante mikrobiologiske tests. De resulterende isolater vil blive sekventeret og analyseret for tegn på stammedeling mellem mødre og deres nyfødte, hvilket tyder på horisontal overførsel.