Vliv dlouhodobé antibiotické terapie na komenzální mikrobiální komunitní genovou expresi.

Antibiotika jsou základem život zachraňujících intervencí často používaných v lékařské praxi k boji s infekcemi. Tyto léky se nejen zaměřují na patogenní bakterie, pro které jsou předepsány, ale působí také proti komenzálním bakteriálním komunitám, které obývají střevo, kůži a orofaryngu. Role, kterou tato nativní bakteriální společenství hrají v normální funkci hostitele, jako je výživa a imunita hostitele, se teprve začíná zkoumat, stejně jako změny ve společenstvích a jejich funkce v důsledku různých změn používání antibiotik. Ukázalo se, že krátké cykly antibiotik ovlivňují rozmanitost nativních bakteriálních komunit a ovlivňují množství přítomných genů rezistence na antibiotika. Například bylo prokázáno, že použití klindamycinu u lidských subjektů po dobu 7 dnů vede k přetrvávající rezistenci na klindamycin po dobu měsíců nebo let. Dopad prodloužené antibiotické terapie na hostitelský mikrobiom zahrnující jak tyto přítomné organismy, tak diverzitu antibiotických genů, nebyl studován a velmi málo rozumíme longitudinálním účinkům antimikrobiální terapie na genetický repertoár přítomný v lidských mikrobiálních komunitách. V této studii budeme zkoumat změny v mikrobiotě a také četnost genů antibakteriální rezistence uložených v kůži, slinách a mikrobiomech tlustého střeva podélně u subjektů na prodloužené antimikrobiální terapii, stejně jako u členů domácnosti osob na antibiotické terapii. Dříve zdraví pacienti s minimální předchozí expozicí antibiotikům budou zařazeni po diagnóze infekce vyžadující dlouhodobou antibiotickou léčbu, jako je osteomyelitida nebo protetická kloubní infekce, před zahájením antibiotické terapie. Budeme zkoumat mikroflóru kůže, slin a střev před antibiotiky, stejně jako četnost genů rezistence na antibiotika ukrytých v těchto mikrobiálních komunitách. Budeme porovnávat mikrobiální komunity a frekvence genů antibiotické rezistence před, během a po prodloužené léčbě antibiotiky u pacientů užívajících antibiotika. Budeme také hledat změny, ke kterým dochází mezi mikrobiomy nebo geny rezistence na antibiotika mezi členy domácnosti lidí užívajících antibiotika.