Pitkäaikaisen antibioottihoidon vaikutus kommensaalimikrobien yhteisön geeniekspressioon.

Antibiootit ovat keskeisiä hengenpelastustoimenpiteitä, joita käytetään usein lääketieteellisessä käytännössä infektioiden torjumiseksi. Nämä lääkkeet eivät kohdistu ainoastaan ​​patogeenisiin bakteereihin, joille niitä on määrätty, vaan ne toimivat myös suolistossa, ihossa ja suunnielussa asuvia kommensaalisia bakteeriyhteisöjä vastaan. Näiden alkuperäisten bakteeriyhteisöjen roolia isäntätoiminnan normaalissa toiminnassa, kuten ravitsemuksessa ja isännän immuniteetissa, ollaan vasta selvittämässä, samoin kuin muutoksia yhteisöissä ja niiden toiminnassa erilaisten antibioottien käytön muutoksien seurauksena. Lyhyiden antibioottikuurien on osoitettu vaikuttavan alkuperäisten bakteeriyhteisöjen monimuotoisuuteen ja vaikuttavan läsnä olevien antibioottiresistenssigeenien runsauteen. Esimerkiksi klindamysiinin käytön ihmisillä 7 päivän ajan on osoitettu johtavan jatkuvaan klindamysiiniresistenssiin kuukausia tai vuosia. Pitkäaikaisen antibioottihoidon vaikutusta isännän mikrobiomiin, mukaan lukien sekä läsnä olevat organismit että antibioottisten geenien monimuotoisuus, ei ole tutkittu, ja meillä on hyvin vähän ymmärrystä antimikrobisen hoidon pitkittäisvaikutuksista ihmisen mikrobiyhteisöjen geneettiseen valikoimaan. Tässä tutkimuksessa tarkastellaan mikrobiotan muutoksia sekä ihon, syljen ja paksusuolen mikrobiomien sisältämien antibakteeristen resistenssigeenien esiintymistiheyttä pitkittäin pitkittyneen mikrobihoidon aikana sekä antibioottihoitoa saavan henkilön kotitalouden jäsenillä. Aiemmin hyväkuntoiset potilaat, joilla on minimaalinen aikaisempi antibioottialtistus, otetaan mukaan, kun diagnosoidaan pitkäkestoista antibioottihoitoa vaativa infektio, kuten osteomyeliitti tai proteettinen niveltulehdus, ennen antibioottihoidon aloittamista. Tutkimme ihon, syljen ja suoliston mikrobistoa ennen antibiootteja sekä näissä mikrobiyhteisöissä olevien antibioottiresistenssigeenien esiintymistiheyttä. Vertaamme mikrobiyhteisöjä ja antibioottiresistenssigeenien esiintymistiheyksiä ennen pitkää antibioottikuuria, sen aikana ja sen jälkeen antibioottikuurilla potilailla. Etsimme myös muutoksia, joita tapahtuu antibiootteja käyttävien ihmisten mikrobiomien tai antibioottiresistenssigeenien keskuudessa.