Effekten av långvarig antibiotikaterapi på kommensalt mikrobiellt genuttryck.

Antibiotika är en stöttepelare i livräddande insatser som ofta används i medicinsk praxis för att bekämpa infektioner. Dessa mediciner är inte bara inriktade på de patogena bakterier som de är ordinerade för utan fungerar också mot kommensala bakteriesamhällen som lever i tarmen, huden och orofarynx. Den roll som dessa inhemska bakteriesamhällen spelar i normal värdfunktion, såsom näring och värdimmunitet, börjar bara undersökas, liksom förändringarna i samhällena och deras funktion som ett resultat av olika förändringar av antibiotikaanvändning. Korta antibiotikakurer har visat sig påverka mångfalden av inhemska bakteriesamhällen och påverka mängden antibiotikaresistensgener som finns. Till exempel har användning av klindamycin hos människor under 7 dagar visat sig resultera i ihållande klindamycinresistens i månader eller år. Effekten av långvarig antibiotikabehandling på värdmikrobiomet inklusive både de närvarande organismerna och mångfalden av antibiotikagener har inte studerats, och vi har mycket liten förståelse för de longitudinella effekterna av antimikrobiell terapi på den genetiska repertoaren som finns i mänskliga mikrobiella samhällen. I den här studien kommer vi att undersöka förändringar i mikrobiotan såväl som frekvensen av gener för antibakteriell resistens som finns i hud-, saliv- och kolonmikrobiomer longitudinellt hos patienter på långvarig antimikrobiell terapi, såväl som hushållsmedlemmar till personen som behandlas med antibiotika. Tidigare välmående patienter med minimal tidigare antibiotikaexponering kommer att inkluderas vid diagnos av en infektion som kräver långvarig antibiotikabehandling, såsom osteomyelit eller protesinfektion, innan antibiotikabehandling påbörjas. Vi kommer att undersöka mikrobiotan i huden, saliven och tarmen före antibiotika samt frekvensen av antibiotikaresistensgener som finns i dessa mikrobiella samhällen. Vi kommer att jämföra mikrobiella samhällen och genfrekvenser för antibiotikaresistens före, under och efter långvarig antibiotikakur hos patienter på antibiotika. Vi kommer också att leta efter förändringar som inträffar bland mikrobiomer eller antibiotikaresistensgener bland hushållsmedlemmar till personer som tar antibiotika.