Impact van langdurige antibioticatherapie op de genexpressie van de commensale microbiële gemeenschap.

Antibiotica zijn een steunpilaar van levensreddende interventies die vaak in de medische praktijk worden gebruikt om infecties te bestrijden. Deze medicijnen richten zich niet alleen op de pathogene bacteriën waarvoor ze zijn voorgeschreven, maar werken ook tegen commensale bacteriële gemeenschappen die de darmen, huid en orofarynx bewonen. De rol die deze inheemse bacteriegemeenschappen spelen in de normale gastheerfunctie, zoals voeding en immuniteit van de gastheer, wordt pas onderzocht, evenals de veranderingen in de gemeenschappen en hun functie als gevolg van verschillende veranderingen in het antibioticagebruik. Van korte antibioticakuren is aangetoond dat ze de diversiteit van inheemse bacteriële gemeenschappen beïnvloeden, en dat ze de overvloed aan aanwezige antibioticaresistentiegenen beïnvloeden. Het is bijvoorbeeld aangetoond dat het gebruik van clindamycine bij mensen gedurende 7 dagen resulteert in aanhoudende clindamycineresistentie gedurende maanden of jaren. De impact van langdurige antibiotische therapie op het microbioom van de gastheer, inclusief zowel de aanwezige organismen als de diversiteit van antibiotische genen, is niet bestudeerd, en we hebben zeer weinig inzicht in de longitudinale effecten van antimicrobiële therapie op het genetische repertoire dat aanwezig is in menselijke microbiële gemeenschappen. In deze studie zullen we longitudinaal veranderingen in de microbiota onderzoeken, evenals de frequentie van antibacteriële resistentiegenen in huid-, speeksel- en colonmicrobiomen bij proefpersonen die langdurige antimicrobiële therapie ondergaan, evenals bij gezinsleden van de persoon die antibiotische therapie volgt. Eerder gezonde patiënten met minimale eerdere blootstelling aan antibiotica zullen worden ingeschreven na de diagnose van een infectie die langdurige antibiotische therapie vereist, zoals osteomyelitis of prothetische gewrichtsinfectie, voorafgaand aan het starten van antibiotische therapie. We zullen de microbiota van de huid, het speeksel en de darmen voorafgaand aan antibiotica onderzoeken, evenals de frequentie van antibioticaresistentiegenen in deze microbiële gemeenschappen. We zullen microbiële gemeenschappen en antibioticaresistentiegenfrequenties vergelijken voor, tijdens en na langdurige antibioticakuur bij patiënten die antibiotica gebruiken. We zullen ook kijken naar veranderingen die optreden in microbiomen of antibioticaresistentiegenen bij huisgenoten van mensen die antibiotica gebruiken.