Impact de l'antibiothérapie prolongée sur l'expression génique de la communauté microbienne commensale.

Les antibiotiques sont un pilier des interventions vitales fréquemment utilisées dans la pratique médicale pour combattre les infections. Ces médicaments ciblent non seulement les bactéries pathogènes pour lesquelles ils sont prescrits, mais agissent également contre les communautés bactériennes commensales qui habitent l'intestin, la peau et l'oropharynx. Le rôle que ces communautés bactériennes indigènes jouent dans la fonction normale de l'hôte, comme dans la nutrition et l'immunité de l'hôte, commence seulement à être exploré, tout comme les changements dans les communautés et leur fonction à la suite de diverses altérations de l'utilisation des antibiotiques. Il a été démontré que des cures courtes d'antibiotiques affectent la diversité des communautés bactériennes indigènes et affectent l'abondance des gènes de résistance aux antibiotiques présents. Par exemple, il a été démontré que l'utilisation de clindamycine chez des sujets humains pendant 7 jours entraîne une résistance persistante à la clindamycine pendant des mois ou des années. L'impact d'une antibiothérapie prolongée sur le microbiome de l'hôte, y compris les organismes présents et la diversité des gènes antibiotiques, n'a pas été étudié, et nous avons très peu de connaissances sur les effets longitudinaux de l'antibiothérapie sur le répertoire génétique présent dans les communautés microbiennes humaines. Dans cette étude, nous examinerons longitudinalement les changements dans le microbiote ainsi que la fréquence des gènes de résistance aux antibactériens hébergés dans les microbiomes de la peau, de la salive et du côlon chez les sujets sous traitement antimicrobien prolongé, ainsi que les membres du ménage de la personne sous traitement antibiotique. Les patients auparavant en bonne santé avec une exposition antérieure minimale aux antibiotiques seront recrutés lors du diagnostic d'une infection nécessitant une antibiothérapie à long terme, telle qu'une ostéomyélite ou une infection de prothèse articulaire, avant de commencer l'antibiothérapie. Nous examinerons le microbiote de la peau, de la salive et de l'intestin avant les antibiotiques ainsi que la fréquence des gènes de résistance aux antibiotiques hébergés dans ces communautés microbiennes. Nous comparerons les communautés microbiennes et les fréquences des gènes de résistance aux antibiotiques avant, pendant et après une cure prolongée d'antibiotiques chez des patients sous antibiotiques. Nous rechercherons également les altérations qui se produisent parmi les microbiomes ou les gènes de résistance aux antibiotiques parmi les membres du ménage des personnes sous antibiotiques.