Kombinovaná detekční souprava KCNA3 a OTOP2 Gene Methylation (Fluorescenční metoda PCR)

Karcinom jícnu je způsoben abnormální hyperplazií dlaždicového nebo glandulárního epitelu, hlavními patologickými typy jsou spinocelulární karcinom a adenokarcinom. Celosvětově má ​​rakovina jícnu sedmý nejvyšší výskyt a šestou hlavní příčinu úmrtí na rakovinu. Statistiky ukázaly, že v roce 2020 bylo 604 000 nových případů rakoviny jícnu a 54,4 úmrtí.

Míra 5letého přežití se významně lišila u karcinomů jícnu různých stadií, například je to 84,9 % pro stadium Ia, 70,9 % pro stadium Ib, 56,2 % pro stadium IIa, 43,3 % pro stadium IIb, 37,9 % pro stadium IIIa, 23,3 % pro stadium IIIb, 12,9 % pro stadium IIIc a 3,4 % pro stadium IV. Proto je včasná diagnostika a léčba nejúčinnější strategií ke snížení incidence a mortality karcinomu jícnu.

Endoskopie a patologická biopsie jsou v současné době „zlatým standardem“ pro diagnostiku karcinomu jícnu, nicméně vzhledem k tomu, že jsou limitovány medicínskými prostředky, tolerancí a dalšími problémy, není screening populace pomocí endoskopie nákladově efektivní a použitelný. Neexistuje žádný uznávaný a účinný sérologický marker pro detekci časného karcinomu jícnu a prekancerózních lézí, účinek kombinované detekce více sérologických markerů je lepší než u jednotlivých markerů a přesnost byla 74 % ~ 85 %, ale stále není optimální .

Methylace promotorové oblasti tumor supresorového genu CpG ostrov je nejčastější změnou během tumorogeneze, studie ukázaly, že metylační události se mohou vyskytovat v časných stádiích rakoviny jícnu.

Cirkulující nádorová DNA (ctDNA) je odvozena z fragmentů DNA produkovaných apoptózou, nekrózou nebo sekrecí nádorových buněk, která je součástí cirkulující volné (cfDNA). CtDNA obsahuje stejné genové defekty jako její zdrojová nádorová DNA, jako je bodová mutace, přestavba, amplifikace, změna mikrosatelitů, epigenetická modifikace atd.

KCNA3 je členem rodiny proteinů, které kódují draslíkové kanály a ovlivňují především buněčnou viskozitu. OTOP2 je členem rodiny proteinů kódujících protonové transportní kanály, některé studie ukázaly, že hladiny metylace dvou genů v tkáních rakoviny jícnu byly významně vyšší než v sousedních tkáních a mohou být použity jako potenciální marker pro diagnostiku rakovina jícnu.

Tato souprava je založena na technologii fluorescenční PCR v reálném čase k dosažení kvalitativní detekce metylace KCNA3 a OTOP2 ve vzorcích plazmy. Před PCR amplifikací byla cfDNA transformována bisulfitem a ACTB (β-Aktin) gen je použit jako interní reference.